MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Lactobacillus salivarius UCC118 plasmid pSF118-20

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006529	ACC	2	6	79	84	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707108
2	NC_006529	GTT	2	6	117	122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
3	NC_006529	CCA	2	6	204	209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707108
4	NC_006529	AGT	2	6	237	242	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707108
5	NC_006529	TTG	2	6	319	324	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
6	NC_006529	CAT	2	6	414	419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
7	NC_006529	TTG	2	6	493	498	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
8	NC_006529	TGC	2	6	746	751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
9	NC_006529	CTG	2	6	753	758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
10	NC_006529	TAG	2	6	772	777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707108
11	NC_006529	ATC	2	6	821	826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
12	NC_006529	TTG	2	6	862	867	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707108
13	NC_006529	TAA	2	6	871	876	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
14	NC_006529	AAT	2	6	911	916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
15	NC_006529	ATC	2	6	931	936	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
16	NC_006529	CGT	2	6	1016	1021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
17	NC_006529	GTC	2	6	1031	1036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
18	NC_006529	TCG	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707108
19	NC_006529	CTT	2	6	1122	1127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707108
20	NC_006529	AAT	2	6	1142	1147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
21	NC_006529	GCG	2	6	1213	1218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707108
22	NC_006529	ATC	2	6	1222	1227	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
23	NC_006529	ATT	2	6	1351	1356	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707108
24	NC_006529	CAA	2	6	1473	1478	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707108
25	NC_006529	CCA	2	6	1773	1778	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707108
26	NC_006529	AAT	2	6	1817	1822	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707108
27	NC_006529	CTT	2	6	2019	2024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707108
28	NC_006529	ATC	2	6	2026	2031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707108
29	NC_006529	GGC	2	6	2056	2061	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707108
30	NC_006529	CCT	2	6	2136	2141	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_006529	TGT	2	6	2167	2172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006529	CTG	2	6	2268	2273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_006529	AGG	2	6	2386	2391	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006529	AAG	2	6	2424	2429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707109
35	NC_006529	ATT	2	6	2501	2506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707109
36	NC_006529	GTG	2	6	2616	2621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006529	GAA	2	6	2826	2831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707110
38	NC_006529	TTC	2	6	3042	3047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707111
39	NC_006529	CAC	2	6	3238	3243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707111
40	NC_006529	TTG	2	6	3305	3310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707111
41	NC_006529	TGT	2	6	3399	3404	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707111
42	NC_006529	GTG	2	6	3415	3420	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707111
43	NC_006529	TTC	2	6	3431	3436	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707111
44	NC_006529	GCC	2	6	3498	3503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707111
45	NC_006529	ACT	2	6	3504	3509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707111
46	NC_006529	ATA	2	6	3857	3862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707112
47	NC_006529	TCT	2	6	3863	3868	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707112
48	NC_006529	CCG	2	6	3936	3941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707112
49	NC_006529	TGC	2	6	3944	3949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707112
50	NC_006529	CTT	2	6	4007	4012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707112
51	NC_006529	CCA	2	6	4257	4262	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56707113
52	NC_006529	TCA	2	6	4367	4372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707113
53	NC_006529	TTC	2	6	4383	4388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707113
54	NC_006529	TTG	2	6	4479	4484	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707113
55	NC_006529	TCA	2	6	4555	4560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707113
56	NC_006529	CTG	2	6	4613	4618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707113
57	NC_006529	GTC	2	6	4749	4754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707113
58	NC_006529	CTT	2	6	5096	5101	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707113
59	NC_006529	TTG	2	6	5190	5195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707113
60	NC_006529	AAC	2	6	5474	5479	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_006529	GTT	2	6	5525	5530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_006529	GTT	2	6	5727	5732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006529	ATT	2	6	5847	5852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006529	AGC	2	6	5931	5936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56707114
65	NC_006529	CTT	2	6	5999	6004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707114
66	NC_006529	TTC	2	6	6084	6089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707114
67	NC_006529	TTA	2	6	6142	6147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707115
68	NC_006529	TTG	2	6	6153	6158	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
69	NC_006529	TTA	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707115
70	NC_006529	GCT	2	6	6289	6294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707115
71	NC_006529	TCA	2	6	6301	6306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707115
72	NC_006529	CAA	2	6	6365	6370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707115
73	NC_006529	GTT	2	6	6603	6608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
74	NC_006529	AAC	2	6	6622	6627	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707115
75	NC_006529	TGT	2	6	6644	6649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
76	NC_006529	TTC	2	6	6744	6749	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707115
77	NC_006529	GTT	2	6	6799	6804	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
78	NC_006529	TAG	2	6	6831	6836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707115
79	NC_006529	GTT	2	6	6886	6891	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707115
80	NC_006529	TAA	2	6	6923	6928	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707115
81	NC_006529	TAA	2	6	6971	6976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006529	AAT	2	6	7000	7005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006529	TTG	2	6	7050	7055	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707116
84	NC_006529	TTG	2	6	7107	7112	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707116
85	NC_006529	TCA	2	6	7141	7146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707116
86	NC_006529	GCC	2	6	7160	7165	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56707116
87	NC_006529	CTT	2	6	7208	7213	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707116
88	NC_006529	GTT	2	6	7520	7525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707116
89	NC_006529	TAC	2	6	7796	7801	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_006529	CTC	2	6	7917	7922	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_006529	ATT	2	6	7925	7930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006529	ATT	3	9	8130	8138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707117
93	NC_006529	GAA	2	6	8190	8195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
94	NC_006529	ATG	2	6	8220	8225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707117
95	NC_006529	CGG	2	6	8228	8233	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56707117
96	NC_006529	GAA	2	6	8304	8309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
97	NC_006529	CAA	2	6	8348	8353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707117
98	NC_006529	TGA	2	6	8441	8446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707117
99	NC_006529	AGA	2	6	8456	8461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
100	NC_006529	GGT	2	6	8604	8609	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707117
101	NC_006529	TCT	2	6	8769	8774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707117
102	NC_006529	GAA	2	6	8787	8792	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
103	NC_006529	CTG	2	6	8890	8895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707117
104	NC_006529	TGA	2	6	9035	9040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707117
105	NC_006529	AAG	2	6	9087	9092	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
106	NC_006529	TTC	2	6	9137	9142	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56707117
107	NC_006529	CTA	2	6	9298	9303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707117
108	NC_006529	GAA	2	6	9312	9317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707117
109	NC_006529	TCA	2	6	9337	9342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707117
110	NC_006529	ACC	2	6	9538	9543	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_006529	TTC	2	6	9641	9646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_006529	AGG	2	6	9700	9705	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006529	AGA	2	6	9721	9726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707118
114	NC_006529	ATC	2	6	9861	9866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707118
115	NC_006529	GTG	2	6	9954	9959	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707118
116	NC_006529	TCA	2	6	10003	10008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707118
117	NC_006529	TCA	2	6	10024	10029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707118
118	NC_006529	CAT	2	6	10115	10120	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707118
119	NC_006529	TAC	2	6	10360	10365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_006529	ATC	2	6	10366	10371	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_006529	TAG	2	6	10561	10566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006529	TGG	2	6	10716	10721	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006529	ATC	2	6	10825	10830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_006529	TGT	2	6	10837	10842	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006529	GGT	2	6	10860	10865	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006529	GAT	2	6	10866	10871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006529	TAG	2	6	10897	10902	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707119
128	NC_006529	TTA	2	6	10906	10911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707119
129	NC_006529	ATT	2	6	11064	11069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707119
130	NC_006529	TCA	2	6	11117	11122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707119
131	NC_006529	CTA	2	6	11268	11273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707119
132	NC_006529	AGG	2	6	11431	11436	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56707119
133	NC_006529	TGG	2	6	11482	11487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56707120
134	NC_006529	ATC	2	6	11516	11521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707120
135	NC_006529	TTA	2	6	11584	11589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707120
136	NC_006529	AGG	2	6	11644	11649	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006529	ACA	2	6	11684	11689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56707121
138	NC_006529	TGA	2	6	11728	11733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56707121
139	NC_006529	TTA	2	6	11783	11788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707121
140	NC_006529	TTG	2	6	11904	11909	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707121
141	NC_006529	TGT	2	6	12016	12021	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707121
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144	NC_006529	ATC	2	6	12400	12405	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707122
145	NC_006529	ATT	2	6	12412	12417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707122
146	NC_006529	GTT	2	6	12439	12444	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56707122
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151	NC_006529	TTA	2	6	12747	12752	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_006529	AAT	2	6	12774	12779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_006529	TGT	2	6	12782	12787	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_006529	TAT	2	6	12811	12816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56707124
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156	NC_006529	AAG	2	6	13043	13048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_006529	TCT	2	6	13061	13066	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_006529	ACC	2	6	13148	13153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_006529	TTG	2	6	13249	13254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
160	NC_006529	ATC	2	6	13260	13265	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_006529	AGT	2	6	13331	13336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_006529	ATT	2	6	13381	13386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_006529	ACT	2	6	13666	13671	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56707125
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173	NC_006529	TTG	2	6	14311	14316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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235	NC_006529	ATT	2	6	18863	18868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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247	NC_006529	AAT	2	6	20001	20006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56707134
248	NC_006529	CGT	3	9	20034	20042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707134
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250	NC_006529	GCT	2	6	20127	20132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56707134
251	NC_006529	AGA	2	6	20189	20194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56707134
252	NC_006529	ATA	2	6	20353	20358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
253	NC_006529	TCT	2	6	20360	20365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.