MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome I

Total Repeats: 1992

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005823	GTAGGA	2	12	730	741	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	45655915
2	NC_005823	AATTTA	2	12	4164	4175	50 %	50 %	0 %	0 %	45655916
3	NC_005823	AAAATT	2	12	5346	5357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45655917
4	NC_005823	TGGGGT	2	12	7039	7050	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	45655919
5	NC_005823	GAAGTT	2	12	7082	7093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655919
6	NC_005823	CCTCAA	2	12	7682	7693	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	45655919
7	NC_005823	ATTATG	2	12	8177	8188	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655919
8	NC_005823	AAGGAA	2	12	8348	8359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655919
9	NC_005823	AATTCG	2	12	9412	9423	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45655920
10	NC_005823	TTTCTC	2	12	11170	11181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45655921
11	NC_005823	GAAAAG	2	12	13875	13886	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655924
12	NC_005823	TTGAGA	2	12	15387	15398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655925
13	NC_005823	AAAGAG	2	12	16453	16464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655926
14	NC_005823	GGAATC	2	12	17021	17032	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	45655926
15	NC_005823	TTTAGT	2	12	19390	19401	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655928
16	NC_005823	CTCTTT	2	12	21444	21455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45655931
17	NC_005823	CGGAAG	2	12	21549	21560	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45655931
18	NC_005823	CTTTTA	2	12	23401	23412	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45655934
19	NC_005823	GAATTC	2	12	23476	23487	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45655934
20	NC_005823	ATTTTT	2	12	24224	24235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655935
21	NC_005823	GATGGA	2	12	24858	24869	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	45655935
22	NC_005823	TTGGTG	2	12	24967	24978	0 %	50 %	50 %	0 %	45655935
23	NC_005823	ATTTAT	2	12	25432	25443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45655935
24	NC_005823	TTTCAA	2	12	27073	27084	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655936
25	NC_005823	AAATCC	2	12	30129	30140	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655938
26	NC_005823	GAGAAA	2	12	35957	35968	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655943
27	NC_005823	AAGAAA	2	12	42177	42188	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655949
28	NC_005823	GGAAAA	2	12	47647	47658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655952
29	NC_005823	GAGGAA	2	12	47780	47791	50 %	0 %	50 %	0 %	45655952
30	NC_005823	ATCTTT	2	12	49382	49393	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45655954
31	NC_005823	TCAAAC	2	12	49414	49425	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655954
32	NC_005823	CGAAAA	2	12	55118	55129	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	45655958
33	NC_005823	GGAGAT	2	12	55862	55873	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	45655959
34	NC_005823	GTAGAA	2	12	56892	56903	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655960
35	NC_005823	TTTTGC	2	12	60062	60073	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655963
36	NC_005823	CAATTT	2	12	60613	60624	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655964
37	NC_005823	TAAAAG	2	12	63876	63887	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005823	TTGAAT	2	12	63954	63965	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005823	GATTGT	2	12	67501	67512	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005823	CAAAGA	2	12	67775	67786	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_005823	GCGCCT	2	12	68448	68459	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	45655969
42	NC_005823	GAAACA	2	12	71815	71826	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_005823	TAAGAA	2	12	72787	72798	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45655972
44	NC_005823	TTAAAA	2	12	78868	78879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45655975
45	NC_005823	TCAAAT	2	12	79331	79342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_005823	TTTTAG	2	12	81434	81445	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655977
47	NC_005823	GAAGTT	2	12	81559	81570	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655977
48	NC_005823	TTAGAT	2	12	83011	83022	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655977
49	NC_005823	CAAATA	2	12	88386	88397	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655984
50	NC_005823	ACTTTT	2	12	90661	90672	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45655985
51	NC_005823	AAAAAC	2	12	90818	90829	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	45655985
52	NC_005823	TTGAAA	2	12	90947	90958	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005823	GTTTTT	2	12	98223	98234	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	45655994
54	NC_005823	TTTTGA	2	12	98664	98675	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655994
55	NC_005823	TGAAAT	2	12	101089	101100	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45655997
56	NC_005823	TTTTGC	2	12	101254	101265	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655997
57	NC_005823	TATTCA	2	12	102514	102525	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655998
58	NC_005823	TCTAAT	2	12	102694	102705	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655998
59	NC_005823	TTGCGG	2	12	104714	104725	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	45655999
60	NC_005823	TTTTTC	2	12	109048	109059	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45656003
61	NC_005823	CTTTTT	2	12	113316	113327	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45656006
62	NC_005823	TTTCCT	2	12	115615	115626	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45656009
63	NC_005823	TGAACA	2	12	115894	115905	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	45656009
64	NC_005823	TCAAAA	2	12	116203	116214	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45656009
65	NC_005823	GAAGTT	2	12	118045	118056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45656010
66	NC_005823	TTTCTA	2	12	122982	122993	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45656014
67	NC_005823	GGAATT	2	12	123382	123393	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45656014
68	NC_005823	TTTGTG	2	12	126339	126350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	45656017
69	NC_005823	ACAAGA	2	12	134461	134472	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	45656027
70	NC_005823	ATAAAA	2	12	136917	136928	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005823	CCTTTT	2	12	140322	140333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45656030
72	NC_005823	AATTAG	2	12	146322	146333	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45656034
73	NC_005823	TCTGAA	2	12	148156	148167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45656035
74	NC_005823	AATTAA	2	12	151620	151631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45656036
75	NC_005823	TACACA	2	12	152296	152307	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45656037
76	NC_005823	AAGAGA	2	12	158579	158590	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45656042
77	NC_005823	TATGAA	2	12	159847	159858	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45656043
78	NC_005823	TAAAAT	2	12	160459	160470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45656044
79	NC_005823	ATTAAA	2	12	160754	160765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45656044
80	NC_005823	TTGCAA	2	12	161814	161825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45656046
81	NC_005823	CTTTTT	2	12	163287	163298	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45656046
82	NC_005823	TAAAAT	2	12	168254	168265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45656049
83	NC_005823	AGCCGC	2	12	168903	168914	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	45656050
84	NC_005823	AGAATG	2	12	170380	170391	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005823	TTTTAT	2	12	171942	171953	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45656052
86	NC_005823	TTTCAG	2	12	177336	177347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_005823	TATTCA	2	12	177566	177577	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_005823	TTTGGG	2	12	180828	180839	0 %	50 %	50 %	0 %	161621780
89	NC_005823	GAACAG	2	12	181151	181162	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	45656059
90	NC_005823	AGTTCT	2	12	182906	182917	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45656059
91	NC_005823	CCGAAG	2	12	187365	187376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45656064
92	NC_005823	TTTCAC	2	12	188283	188294	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	45656065
93	NC_005823	AATTGC	2	12	190030	190041	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45656066
94	NC_005823	AAAAGA	2	12	193148	193159	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45656067
95	NC_005823	TCGTTT	2	12	195022	195033	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_005823	TTTTCA	2	12	198150	198161	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_005823	TTCTGA	2	12	198715	198726	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45656074
98	NC_005823	GAAAAA	2	12	199592	199603	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45656075
99	NC_005823	TAAAAA	2	12	200837	200848	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45656078
100	NC_005823	GTATTG	2	12	201031	201042	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	45656078
101	NC_005823	AGAATT	2	12	205767	205778	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005823	TATGAA	2	12	206035	206046	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_005823	TTAAAT	2	12	210902	210913	50 %	50 %	0 %	0 %	45656088
104	NC_005823	TAAAAT	2	12	211099	211110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005823	CAAATC	2	12	218669	218680	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_005823	ATTTTT	2	12	219905	219916	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45656095
107	NC_005823	TTTTCA	2	12	221471	221482	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_005823	TTCCAG	2	12	225810	225821	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	45656101
109	NC_005823	AAACTG	2	12	229220	229231	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	45656105
110	NC_005823	GATTTT	2	12	229332	229343	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45656105
111	NC_005823	CCGTCT	2	12	230840	230851	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	45656106
112	NC_005823	CGGGAG	2	12	231986	231997	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	45656108
113	NC_005823	AAGATC	2	12	241983	241994	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	45656116
114	NC_005823	TCTGTT	2	12	242206	242217	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_005823	ATCTAA	2	12	249887	249898	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45656125
116	NC_005823	TTTCTG	2	12	251225	251236	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45656126
117	NC_005823	GGAAAA	2	12	254490	254501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45656127
118	NC_005823	TGGAGA	2	12	258369	258380	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	45656130
119	NC_005823	TTAAAC	2	12	258799	258810	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45656130
120	NC_005823	GATATA	2	12	259341	259352	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45656131
121	NC_005823	GAAAAA	2	12	260570	260581	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45656132
122	NC_005823	AAAACT	2	12	260722	260733	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45656132
123	NC_005823	ACAAAA	2	12	261289	261300	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	45656132
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126	NC_005823	ATTTCT	2	12	270902	270913	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45656139
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240	NC_005823	AAATTA	2	12	505304	505315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_005823	TTTTGC	2	12	508759	508770	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45656344
243	NC_005823	TCCTTT	2	12	509299	509310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	45656344
244	NC_005823	TGTTAA	2	12	512786	512797	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45656347
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247	NC_005823	ATTTGT	2	12	526079	526090	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45656361
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347	NC_005823	TTTATT	2	12	733051	733062	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45656497
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349	NC_005823	GTTCCG	2	12	735603	735614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	45656500
350	NC_005823	TCTTGG	2	12	736818	736829	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	45656501
351	NC_005823	CTAATT	2	12	737783	737794	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45656501
352	NC_005823	TTTTGG	2	12	739499	739510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	45656502
353	NC_005823	TTTCTT	2	12	742741	742752	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45656505
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355	NC_005823	TCTGCC	2	12	749515	749526	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	45656509
356	NC_005823	AAAACT	2	12	750276	750287	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45656510
357	NC_005823	GATTTC	2	12	750525	750536	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45656510
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359	NC_005823	TGGAAT	2	12	763216	763227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45656523
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361	NC_005823	GAAAAG	2	12	770157	770168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_005823	TCAAAA	2	12	1006944	1006955	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45656719
475	NC_005823	GGATTG	2	12	1007118	1007129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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478	NC_005823	ATTCAA	2	12	1008488	1008499	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45656720
479	NC_005823	CTGATT	2	12	1008622	1008633	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
480	NC_005823	TCAAAA	2	12	1010172	1010183	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45656721
481	NC_005823	ATCTTT	2	12	1010461	1010472	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
482	NC_005823	GGATTG	2	12	1011684	1011695	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
483	NC_005823	ATCAAA	2	12	1021105	1021116	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45656732
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500	NC_005823	ATTTAA	2	12	1052464	1052475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

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