MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 chromosome II

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004343	CGGAGA	2	12	1040	1051	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	24217062
2	NC_004343	AGGAGA	2	12	2883	2894	50 %	0 %	50 %	0 %	294653594
3	NC_004343	TTCTTT	2	12	4075	4086	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217066
4	NC_004343	GAACCG	2	12	4512	4523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	24217066
5	NC_004343	AAAAGA	2	12	8973	8984	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24217073
6	NC_004343	ATTTTT	2	12	12282	12293	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24217076
7	NC_004343	TTTGAC	2	12	12923	12934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294653591
8	NC_004343	TTCCAA	2	12	18743	18754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294653590
9	NC_004343	TGGAAT	2	12	19068	19079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294653590
10	NC_004343	TGGAAG	2	12	20823	20834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004343	TTTAGA	2	12	21752	21763	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	24217086
12	NC_004343	TAAATT	2	12	22117	22128	50 %	50 %	0 %	0 %	24217086
13	NC_004343	GGAAAA	2	12	22416	22427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24217087
14	NC_004343	GGATTT	2	12	22718	22729	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	24217087
15	NC_004343	TTTTGT	2	12	24249	24260	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	24217089
16	NC_004343	AAAAAT	2	12	25500	25511	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	24217091
17	NC_004343	GAAAAA	2	12	25718	25729	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24217091
18	NC_004343	GACGGA	2	12	32288	32299	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	294653586
19	NC_004343	CTTGGA	2	12	32658	32669	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24217103
20	NC_004343	TGATCG	2	12	34079	34090	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24217105
21	NC_004343	TTCTCT	2	12	35048	35059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_004343	AATAGT	2	12	35662	35673	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004343	GAAAAA	2	12	36808	36819	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	294653584
24	NC_004343	GGAAAA	2	12	37030	37041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	294653584
25	NC_004343	TGGAAT	2	12	38590	38601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294653583
26	NC_004343	GTTTAA	2	12	45564	45575	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	294653579
27	NC_004343	ATTCTA	2	12	45990	46001	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294653579
28	NC_004343	CGGAAT	2	12	48083	48094	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	24217119
29	NC_004343	AACCAA	2	12	50678	50689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24217121
30	NC_004343	GAATTA	2	12	54322	54333	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	294653577
31	NC_004343	TAGGGG	2	12	54474	54485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	294653577
32	NC_004343	TTTTCT	2	12	71096	71107	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	294653573
33	NC_004343	GGAAAT	2	12	72134	72145	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	294653573
34	NC_004343	AAAAAC	2	12	73837	73848	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_004343	AGTTTT	2	12	79349	79360	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24217150
36	NC_004343	TTGAAC	2	12	79966	79977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	24217150
37	NC_004343	TTTCTT	2	12	81963	81974	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217153
38	NC_004343	CAAAAA	2	12	85115	85126	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	24217155
39	NC_004343	GAAAAA	2	12	85160	85171	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24217155
40	NC_004343	AGCAGA	2	12	86158	86169	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	24217155
41	NC_004343	AAAAAT	2	12	86309	86320	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	24217155
42	NC_004343	ATAGAA	2	12	89054	89065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	294653572
43	NC_004343	TTGCTT	2	12	89211	89222	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	294653572
44	NC_004343	TTTCGA	2	12	90137	90148	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_004343	TTTTTC	2	12	90895	90906	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217160
46	NC_004343	TTTAAT	2	12	91545	91556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004343	GAATTC	2	12	94718	94729	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	294653571
48	NC_004343	TTTCTT	2	12	99058	99069	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217169
49	NC_004343	AAATTT	2	12	101735	101746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004343	TGGAAC	2	12	102078	102089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	24217171
51	NC_004343	AAACCA	2	12	102457	102468	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	24217171
52	NC_004343	TCTAAT	2	12	105154	105165	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24217173
53	NC_004343	ATGAAT	2	12	106403	106414	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004343	TTCGAT	2	12	106896	106907	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	24217174
55	NC_004343	CAAAGT	2	12	107614	107625	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	294653570
56	NC_004343	ATCTAT	2	12	117154	117165	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_004343	TTTTCA	2	12	118926	118937	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	24217185
58	NC_004343	TTGCAG	2	12	122299	122310	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24217188
59	NC_004343	AGATCA	2	12	125912	125923	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_004343	GTTTTT	2	12	126711	126722	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004343	TCAAAA	2	12	127729	127740	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	294653566
62	NC_004343	TTGGGA	2	12	128232	128243	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	294653566
63	NC_004343	TTTCAA	2	12	128504	128515	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294653566
64	NC_004343	TAAAAA	2	12	129877	129888	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004343	GTTAAT	2	12	131184	131195	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	24217198
66	NC_004343	TTTCTT	2	12	131585	131596	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217198
67	NC_004343	CAATTT	2	12	137192	137203	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	24217202
68	NC_004343	TGCCAT	2	12	138240	138251	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	24217203
69	NC_004343	AAAACT	2	12	138741	138752	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24217204
70	NC_004343	GATAAA	2	12	142351	142362	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	24217208
71	NC_004343	CTTTTG	2	12	143254	143265	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24217209
72	NC_004343	TTTTTG	2	12	144902	144913	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	24217211
73	NC_004343	TCTAAC	2	12	146101	146112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	294653563
74	NC_004343	CAAGTC	2	12	148208	148219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	294653562
75	NC_004343	CTTTTT	2	12	149414	149425	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217215
76	NC_004343	AGTGCG	2	12	150581	150592	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	24217215
77	NC_004343	TGTCTT	2	12	152932	152943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	24217218
78	NC_004343	TTTTCG	2	12	154638	154649	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	294653560
79	NC_004343	TCTGGA	2	12	155631	155642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24217221
80	NC_004343	TTCCGA	2	12	156343	156354	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	24217221
81	NC_004343	CGGTTA	2	12	167194	167205	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24217231
82	NC_004343	AAAATT	2	12	167478	167489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	24217231
83	NC_004343	AAGGGA	2	12	171732	171743	50 %	0 %	50 %	0 %	24217237
84	NC_004343	GTTCAG	2	12	172467	172478	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	24217238
85	NC_004343	CGATTT	2	12	173240	173251	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	24217238
86	NC_004343	AAAAGA	2	12	176952	176963	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	24217242
87	NC_004343	TAAAAA	2	12	179383	179394	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	24217243
88	NC_004343	TTGATT	2	12	179429	179440	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24217243
89	NC_004343	TCGGCC	2	12	181002	181013	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_004343	AAGGAA	2	12	181973	181984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24217247
91	NC_004343	GTAGAA	2	12	187376	187387	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	294653556
92	NC_004343	AGTGTA	2	12	187927	187938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24217255
93	NC_004343	TTTTCT	2	12	189758	189769	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	24217258
94	NC_004343	AATAAA	2	12	189931	189942	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	24217258
95	NC_004343	AGAAAG	2	12	193712	193723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	24217262
96	NC_004343	TTTTGA	2	12	194863	194874	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24217263
97	NC_004343	TTTTGA	2	12	196333	196344	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24217264
98	NC_004343	ATCGTT	2	12	198827	198838	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294653553
99	NC_004343	GATTTT	2	12	200302	200313	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294653552
100	NC_004343	TTTTTA	2	12	200916	200927	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24217269
101	NC_004343	TGATTT	2	12	202169	202180	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	24217269
102	NC_004343	GTGAAT	2	12	202728	202739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	24217270
103	NC_004343	AAATCC	2	12	202850	202861	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	24217270
104	NC_004343	TTATAT	2	12	204259	204270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	24217271
105	NC_004343	TACGTT	2	12	204325	204336	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	24217271
106	NC_004343	AACGAA	2	12	205870	205881	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	24217272
107	NC_004343	ATTTTT	2	12	209048	209059	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	24217276
108	NC_004343	AGTCAA	2	12	209285	209296	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_004343	ATTCTG	2	12	209904	209915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294653551
110	NC_004343	AATCCA	2	12	210949	210960	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	294653551
111	NC_004343	TTTCAG	2	12	218134	218145	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	294653548
112	NC_004343	TATTCA	2	12	218364	218375	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	294653548
113	NC_004343	AAATAC	2	12	221775	221786	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	24217286
114	NC_004343	GTATTT	2	12	224527	224538	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294653546
115	NC_004343	TTAAAA	2	12	232436	232447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004343	ATCAAT	2	12	232921	232932	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	294653544
117	NC_004343	ATCAAA	2	12	234234	234245	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_004343	ACAAAA	2	12	234323	234334	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_004343	ACCACT	2	12	234627	234638	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	294653542
120	NC_004343	TGTTTC	2	12	235656	235667	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	294653542
121	NC_004343	TTTGAT	2	12	236166	236177	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004343	GATTTT	2	12	237429	237440	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	294653541
123	NC_004343	AAATTC	2	12	238447	238458	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	294653541
124	NC_004343	TGGAAT	2	12	238517	238528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	294653541
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129	NC_004343	TGGCTT	2	12	258194	258205	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	24217322
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152	NC_004343	AATATA	2	12	301228	301239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.