MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SouthAfrica20

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022130	TTTTA	2	10	4924	4933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022130	TAAAA	2	10	9518	9527	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022130	AAGAT	2	10	9603	9612	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022130	TTAAA	2	10	9745	9754	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022130	GCTTT	2	10	13441	13450	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022130	GAAAA	2	10	22738	22747	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022130	TTTTG	2	10	23074	23083	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022130	ATTTT	2	10	25800	25809	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022130	TATGA	2	10	44060	44069	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022130	GGTTT	2	10	44107	44116	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022130	ATTGT	2	10	44306	44315	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022130	AATAA	2	10	52134	52143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022130	GCTTG	2	10	61841	61850	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_022130	TTAGA	2	10	61885	61894	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022130	TTTTA	2	10	61904	61913	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022130	ACTTC	2	10	61960	61969	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_022130	AAAAG	2	10	62230	62239	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022130	TTACA	2	10	81312	81321	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022130	TAAAA	2	10	83159	83168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022130	TTTTG	2	10	85208	85217	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022130	GATTT	2	10	85219	85228	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022130	ATAAA	2	10	87317	87326	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022130	TTAAT	2	10	89388	89397	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022130	ATAAA	2	10	95720	95729	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022130	TAAGA	2	10	95756	95765	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022130	TTTAT	2	10	95867	95876	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022130	AAAGC	2	10	112477	112486	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022130	ATTTT	2	10	136729	136738	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022130	TTTTA	2	10	138244	138253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022130	CAAAT	2	10	160043	160052	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_022130	TTCAA	2	10	197648	197657	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022130	GATTT	2	10	205098	205107	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022130	TAAAG	2	10	205128	205137	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022130	AAACA	2	10	209388	209397	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022130	CTTGA	2	10	215415	215424	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022130	TGGGG	2	10	228433	228442	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022130	ATTTT	2	10	232101	232110	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022130	CTTAA	2	10	235477	235486	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022130	GTTTT	2	10	236796	236805	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022130	TGTTT	2	10	238500	238509	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022130	AAAAC	2	10	243217	243226	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_022130	GCTCT	2	10	259994	260003	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022130	AATCT	2	10	263324	263333	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_022130	AAATA	2	10	282158	282167	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022130	CTTAT	2	10	287807	287816	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_022130	AATTT	2	10	287841	287850	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022130	AACAT	2	10	310166	310175	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_022130	AAAAG	2	10	360684	360693	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022130	TAAAA	2	10	374013	374022	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022130	GTTTT	2	10	375146	375155	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022130	AAAAT	2	10	375156	375165	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022130	AGGGC	2	10	375668	375677	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022130	TGAAA	2	10	397969	397978	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022130	TTATG	2	10	412988	412997	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022130	GGGTA	2	10	418443	418452	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022130	TTAAT	2	10	427451	427460	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022130	AAAGC	2	10	450791	450800	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_022130	TAACA	2	10	458384	458393	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022130	ATTAA	2	10	459769	459778	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022130	TTTCA	2	10	486301	486310	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_022130	TAACT	2	10	489369	489378	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022130	TCAAT	2	10	505671	505680	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_022130	TCTTT	2	10	505875	505884	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022130	TGGCA	2	10	506862	506871	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022130	CTTTT	2	10	507790	507799	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022130	TTTTA	2	10	514351	514360	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022130	GCTAT	2	10	521450	521459	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022130	ATTTT	2	10	521483	521492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022130	TAAAA	2	10	525709	525718	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022130	AGCAT	2	10	525739	525748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022130	TCAAA	2	10	525762	525771	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022130	AAATT	2	10	528465	528474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022130	TTACA	2	10	531152	531161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022130	TAAAA	2	10	532159	532168	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022130	ACCAT	2	10	539630	539639	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_022130	ACTCT	2	10	549801	549810	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_022130	ATTTT	2	10	559498	559507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022130	TAAGG	2	10	561427	561436	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022130	ACCCA	2	10	586416	586425	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_022130	AAAAC	2	10	588379	588388	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022130	TTTAA	2	10	593320	593329	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022130	GAAAA	2	10	605055	605064	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022130	AATAA	2	10	610328	610337	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022130	CAAAA	2	10	622424	622433	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022130	CGCTA	2	10	631149	631158	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_022130	GCGTG	2	10	631805	631814	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022130	AAGTC	2	10	634555	634564	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022130	TGCAA	2	10	648912	648921	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_022130	TTTTG	2	10	659991	660000	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022130	AAAAG	2	10	672774	672783	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022130	GGGTT	2	10	693289	693298	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022130	TTCAC	2	10	700963	700972	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_022130	AGCGA	2	10	710455	710464	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022130	CAAAA	2	10	724604	724613	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_022130	TCAAA	2	10	729169	729178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_022130	CTACT	2	10	752453	752462	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_022130	TCTTT	2	10	771298	771307	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_022130	TTCAT	2	10	774970	774979	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_022130	TTCTC	2	10	779708	779717	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_022130	TTTGA	2	10	781917	781926	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022130	TTTGA	2	10	782538	782547	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022130	TCATT	2	10	792958	792967	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_022130	ATTTT	2	10	802205	802214	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022130	TGGGG	2	10	807142	807151	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022130	ATGGT	2	10	816611	816620	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022130	AAAAC	2	10	816963	816972	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_022130	TTTAA	2	10	823189	823198	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022130	TGATT	2	10	864951	864960	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022130	CATCT	2	10	876674	876683	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_022130	ATTAA	2	10	880666	880675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022130	CAAAA	2	10	881848	881857	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_022130	AAAGA	2	10	881931	881940	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022130	GTCAA	2	10	885032	885041	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_022130	AGTCA	2	10	923017	923026	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_022130	TTTCA	2	10	938142	938151	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_022130	ATCCA	2	10	956100	956109	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_022130	GACTA	2	10	979571	979580	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_022130	GTGAT	2	10	980030	980039	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022130	TTCAA	2	10	985286	985295	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_022130	CTCAT	2	10	985516	985525	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_022130	TCACT	2	10	986995	987004	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_022130	TACTT	2	10	987293	987302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_022130	AATTC	2	10	1037673	1037682	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_022130	CGCTA	2	10	1039275	1039284	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_022130	ATAAA	2	10	1039936	1039945	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022130	TATAT	2	10	1040126	1040135	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022130	TTTGA	2	10	1093950	1093959	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022130	CGATC	2	10	1098701	1098710	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_022130	AAAGC	2	10	1099576	1099585	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_022130	GGTTT	2	10	1113361	1113370	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022130	TTTGA	2	10	1132606	1132615	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022130	ATTTA	2	10	1132617	1132626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022130	TAAAA	2	10	1151661	1151670	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022130	ATCTT	2	10	1151904	1151913	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_022130	CACGA	2	10	1153043	1153052	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_022130	TTACC	2	10	1153841	1153850	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_022130	ACGCT	2	10	1154918	1154927	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_022130	ATTCA	2	10	1155958	1155967	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_022130	CTTTT	2	10	1182080	1182089	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_022130	AAAAT	2	10	1184239	1184248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022130	AAAGA	2	10	1185996	1186005	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022130	TAATG	2	10	1203216	1203225	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022130	TTACT	2	10	1218408	1218417	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_022130	TTACC	2	10	1218560	1218569	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_022130	TCTCT	2	10	1237697	1237706	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_022130	TTGGT	2	10	1255955	1255964	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022130	TTTTG	2	10	1276777	1276786	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022130	TTTAA	2	10	1276808	1276817	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022130	TATTT	2	10	1276963	1276972	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022130	GAAAA	2	10	1324460	1324469	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022130	CCCTA	2	10	1328745	1328754	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
152	NC_022130	TGGCG	2	10	1341108	1341117	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
153	NC_022130	CAATA	2	10	1346742	1346751	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_022130	TTCAA	2	10	1350556	1350565	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_022130	CTCAT	2	10	1350786	1350795	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
156	NC_022130	TCACT	2	10	1352265	1352274	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
157	NC_022130	TACTT	2	10	1352564	1352573	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
158	NC_022130	ACCAT	2	10	1353023	1353032	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
159	NC_022130	ATGAT	2	10	1366958	1366967	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
160	NC_022130	ATTTT	2	10	1367390	1367399	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_022130	CTTTT	2	10	1372989	1372998	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
162	NC_022130	CACGA	2	10	1381760	1381769	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
163	NC_022130	TTACC	2	10	1382558	1382567	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_022130	TTTGA	2	10	1397790	1397799	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_022130	CAAGG	2	10	1411210	1411219	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
166	NC_022130	GAAAA	2	10	1445455	1445464	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_022130	AGAAA	2	10	1445540	1445549	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
168	NC_022130	TTTTA	2	10	1508310	1508319	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_022130	CAAAA	2	10	1525905	1525914	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
170	NC_022130	ATTGA	2	10	1551803	1551812	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_022130	AATTC	2	10	1559188	1559197	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_022130	TAGAA	2	10	1565590	1565599	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_022130	TCAAT	2	10	1568053	1568062	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
174	NC_022130	TTCTT	2	10	1600379	1600388	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
175	NC_022130	CTGTT	2	10	1612850	1612859	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_022130	ATTAC	2	10	1618080	1618089	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
177	NC_022130	TTAAA	2	10	1621025	1621034	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_022130	TCTGA	2	10	1622443	1622452	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.