MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halothece sp. PCC 7418 chromosome

Total Repeats: 655

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019779	GCTTA	2	10	9234	9243	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_019779	ACAGG	2	10	24540	24549	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_019779	GGTTG	2	10	38250	38259	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019779	AGGTT	2	10	42657	42666	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_019779	AACGC	2	10	73038	73047	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_019779	AGGAG	2	10	77641	77650	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019779	AAAGT	2	10	77684	77693	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_019779	GGAAA	2	10	85772	85781	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_019779	TTTGC	2	10	85883	85892	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_019779	ATGTG	2	10	90258	90267	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_019779	AAATC	2	10	112996	113005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_019779	AAAGT	2	10	113116	113125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_019779	AACAA	2	10	125731	125740	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019779	CGAAA	2	10	129079	129088	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_019779	ATCAC	2	10	130103	130112	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_019779	TCTCT	2	10	143829	143838	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_019779	GGTTG	2	10	144282	144291	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019779	GCACT	2	10	148993	149002	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_019779	CCAAA	2	10	156360	156369	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_019779	AATTT	2	10	174032	174041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019779	TTTTC	2	10	181569	181578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_019779	TCTGG	2	10	181822	181831	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_019779	CCAGC	2	10	182233	182242	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_019779	CACGA	2	10	182634	182643	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_019779	TAAAG	2	10	187620	187629	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_019779	TCCAT	2	10	189545	189554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_019779	TTTGG	2	10	190242	190251	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_019779	TGAAG	2	10	193822	193831	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019779	TCACC	2	10	206005	206014	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
30	NC_019779	ATCAA	2	10	213268	213277	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_019779	CACTA	2	10	213305	213314	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_019779	GCTTT	2	10	214052	214061	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_019779	GGAAA	2	10	218060	218069	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_019779	ACTCT	2	10	218823	218832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_019779	AAACC	2	10	228096	228105	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_019779	GACTG	2	10	235980	235989	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_019779	TTGAA	2	10	235999	236008	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_019779	ATTGG	2	10	242429	242438	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019779	TGATA	2	10	243992	244001	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019779	GTTGA	2	10	244068	244077	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019779	GGTTG	2	10	277762	277771	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019779	CTTCT	2	10	277935	277944	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_019779	GGTTG	2	10	277956	277965	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019779	CTTCT	2	10	278129	278138	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_019779	GGTTG	2	10	278150	278159	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019779	AGTTA	2	10	287759	287768	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019779	AAAGC	2	10	291550	291559	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_019779	CGCAG	2	10	292142	292151	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_019779	TTTTA	2	10	310808	310817	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019779	TGCTT	2	10	323475	323484	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_019779	GGGAA	2	10	328252	328261	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019779	GTGAT	2	10	339710	339719	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019779	TGTAT	2	10	343767	343776	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019779	TGAAT	2	10	345553	345562	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019779	CAAAG	2	10	349406	349415	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_019779	TTGGA	2	10	349688	349697	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_019779	AGTCG	2	10	350088	350097	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_019779	AGTTT	2	10	351612	351621	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019779	GAGAA	2	10	351713	351722	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019779	ACCCC	2	10	380098	380107	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
61	NC_019779	CTTTT	2	10	384919	384928	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_019779	TTACA	2	10	387018	387027	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_019779	TAAAA	2	10	392263	392272	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019779	AAGAG	2	10	400383	400392	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019779	CAAAA	2	10	402614	402623	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_019779	AGAGA	2	10	406115	406124	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_019779	TTCCC	2	10	426928	426937	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_019779	AAAGT	2	10	426943	426952	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_019779	AATTG	2	10	429013	429022	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019779	TTTAA	2	10	440390	440399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019779	TTTAA	2	10	447564	447573	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019779	ACTAA	2	10	462070	462079	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_019779	AAAAG	2	10	462836	462845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019779	AAAGA	2	10	463379	463388	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019779	AGTTA	2	10	471080	471089	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_019779	CCAAA	2	10	471924	471933	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_019779	ATGGA	2	10	472621	472630	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_019779	GAAAA	2	10	485820	485829	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019779	GCTAG	2	10	485872	485881	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_019779	TGATC	2	10	491125	491134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_019779	ATTTA	2	10	491697	491706	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019779	TATTC	2	10	506523	506532	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_019779	CAAAA	2	10	521731	521740	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_019779	CGTTT	2	10	521815	521824	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_019779	AAAGT	2	10	524155	524164	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019779	AATTC	2	10	534281	534290	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_019779	ACTGA	2	10	547603	547612	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_019779	CCAGA	2	10	550650	550659	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_019779	TCTCC	2	10	554294	554303	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
90	NC_019779	TTTAA	2	10	559160	559169	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_019779	ACCCT	2	10	561376	561385	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_019779	GGTTG	2	10	567506	567515	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019779	AGTTG	2	10	588429	588438	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019779	ATAGA	2	10	590543	590552	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019779	AAACA	2	10	603287	603296	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_019779	CTTAC	2	10	607423	607432	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_019779	AGGGC	2	10	609335	609344	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_019779	GTGAT	2	10	609372	609381	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019779	TTGCC	2	10	609417	609426	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_019779	TTTGA	2	10	618141	618150	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_019779	TTATA	2	10	628933	628942	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019779	ATCAG	2	10	631365	631374	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_019779	TCAGA	2	10	641640	641649	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_019779	CATCT	2	10	641892	641901	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_019779	ACTCA	2	10	644442	644451	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_019779	ATTTT	2	10	650432	650441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019779	TCTAG	2	10	652662	652671	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_019779	TCTAT	2	10	652688	652697	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_019779	GATGA	2	10	664348	664357	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_019779	TTAAG	2	10	669192	669201	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019779	GGAAA	2	10	670637	670646	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019779	TATCC	2	10	675604	675613	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_019779	TCTCA	2	10	676445	676454	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_019779	CTCTC	2	10	680242	680251	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_019779	CAATC	2	10	683095	683104	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_019779	GATCT	2	10	692296	692305	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_019779	CGAAG	2	10	697083	697092	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_019779	AATTC	2	10	702605	702614	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_019779	ATCAA	2	10	719284	719293	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_019779	CGACC	2	10	722760	722769	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_019779	TTGTC	2	10	723376	723385	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_019779	AGCTT	2	10	723413	723422	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_019779	AGTTT	2	10	728691	728700	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019779	CTAAT	2	10	728704	728713	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_019779	AGCAA	2	10	728765	728774	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_019779	AATAA	2	10	740787	740796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019779	TCCAC	2	10	745722	745731	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
128	NC_019779	ATTGG	2	10	745988	745997	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019779	TAAAA	2	10	746499	746508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019779	CATGA	2	10	747977	747986	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_019779	CTTTT	2	10	753366	753375	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_019779	ACTAA	2	10	762050	762059	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_019779	TTATC	2	10	769481	769490	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_019779	TAATT	2	10	772100	772109	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019779	ACAAT	2	10	774665	774674	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_019779	GGATG	2	10	776113	776122	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019779	GAAAA	2	10	777439	777448	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019779	ACCAA	2	10	803157	803166	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_019779	TTTGA	2	10	820862	820871	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019779	TAAAT	2	10	822947	822956	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019779	TTACC	2	10	831430	831439	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_019779	AAAGT	2	10	837130	837139	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019779	TTTAA	2	10	841775	841784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019779	GCGAA	2	10	857658	857667	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_019779	TCACC	2	10	863239	863248	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_019779	AAGCG	2	10	863817	863826	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_019779	CTTAT	2	10	864489	864498	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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274	NC_019779	TTTCA	2	10	1623234	1623243	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
275	NC_019779	TAAAA	2	10	1626442	1626451	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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