MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Rif1 chromosome

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018937	TTTTA	2	10	5116	5125	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018937	AAATT	2	10	7274	7283	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018937	GCTTT	2	10	13576	13585	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_018937	AAAAG	2	10	23259	23268	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018937	CTATT	2	10	44351	44360	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_018937	GATAA	2	10	52411	52420	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018937	AACGA	2	10	61560	61569	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_018937	TTAAA	2	10	61572	61581	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018937	TTACA	2	10	80167	80176	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018937	TTTGT	2	10	84181	84190	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018937	ATAAG	2	10	95018	95027	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018937	ATTAT	2	10	95075	95084	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018937	CAAAA	2	10	110812	110821	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018937	ATTTA	2	10	119810	119819	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018937	GATCT	2	10	119820	119829	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_018937	CAATC	2	10	129201	129210	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018937	CAATC	2	10	130871	130880	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_018937	GATGT	2	10	141685	141694	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018937	TTTTA	2	10	141864	141873	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018937	AGATT	2	10	142203	142212	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018937	CAAAT	2	10	162894	162903	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018937	AACAA	2	10	170405	170414	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_018937	AATAA	2	10	170427	170436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018937	GAATG	2	10	181723	181732	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018937	AAATC	2	10	184731	184740	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_018937	TTTAA	2	10	187780	187789	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018937	TTCAA	2	10	200888	200897	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_018937	TTTAT	2	10	208657	208666	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018937	ATTTA	2	10	212192	212201	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018937	AAACA	2	10	212214	212223	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_018937	TAAAA	2	10	222204	222213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018937	TTTAG	2	10	230895	230904	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018937	TGTTT	2	10	240172	240181	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018937	CTAAC	2	10	244867	244876	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_018937	CAAAA	2	10	246203	246212	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_018937	AAATT	2	10	255552	255561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018937	AAATA	2	10	283122	283131	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018937	GTCAT	2	10	285023	285032	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_018937	TTATA	2	10	330128	330137	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018937	AAGTT	2	10	340709	340718	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018937	GATTT	2	10	345538	345547	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018937	TGAAT	2	10	349294	349303	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018937	TTTTA	2	10	352224	352233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018937	TAAAA	2	10	367051	367060	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018937	GAATA	2	10	369457	369466	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018937	AGATA	2	10	376706	376715	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018937	TTTTA	2	10	384233	384242	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018937	TTTAT	2	10	395182	395191	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018937	CAATT	2	10	399264	399273	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_018937	AAAAG	2	10	399927	399936	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018937	GTTTT	2	10	426004	426013	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018937	GCATC	2	10	427491	427500	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_018937	AAAAG	2	10	438180	438189	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018937	AGTAA	2	10	445202	445211	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018937	AGTGA	2	10	445500	445509	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018937	AGATG	2	10	446976	446985	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018937	TTGAA	2	10	447208	447217	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018937	GATAA	2	10	448223	448232	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018937	TTGTT	2	10	448620	448629	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018937	TCTCT	2	10	448743	448752	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_018937	AAATA	2	10	468134	468143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018937	TAACA	2	10	492750	492759	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_018937	TAAAA	2	10	494234	494243	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018937	TTTTA	2	10	497464	497473	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018937	AAAAT	2	10	498906	498915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018937	TATCC	2	10	509171	509180	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_018937	ACACC	2	10	512528	512537	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_018937	TTTGT	2	10	516637	516646	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018937	AGTTT	2	10	518229	518238	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018937	TAACT	2	10	522554	522563	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_018937	TATCT	2	10	530468	530477	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018937	GTTTT	2	10	530639	530648	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018937	TACTA	2	10	537450	537459	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018937	TTCAA	2	10	537571	537580	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_018937	ATAAA	2	10	538051	538060	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018937	ATCAT	2	10	564072	564081	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018937	ATTGA	2	10	583593	583602	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018937	TTATT	2	10	584561	584570	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018937	ATTTT	2	10	585377	585386	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018937	TGCTA	2	10	586842	586851	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_018937	CAAGC	2	10	589949	589958	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_018937	GATGC	2	10	590529	590538	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018937	TTGTA	2	10	591094	591103	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018937	TCCAA	2	10	597830	597839	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_018937	ATTTT	2	10	600165	600174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018937	TAAGG	2	10	629934	629943	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018937	ATTTT	2	10	630161	630170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018937	CAACA	2	10	637024	637033	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_018937	ATAAG	2	10	647135	647144	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018937	GCAGA	2	10	649424	649433	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_018937	AACCA	2	10	650083	650092	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_018937	AATCA	2	10	655324	655333	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_018937	TGGGG	2	10	656730	656739	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018937	TTGGA	2	10	656747	656756	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018937	TAGCG	2	10	658392	658401	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018937	AATTT	2	10	659050	659059	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018937	TTTAA	2	10	684632	684641	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018937	CACAA	2	10	688676	688685	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_018937	TGCAA	2	10	715313	715322	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018937	GCTTT	2	10	715771	715780	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_018937	TCTAT	2	10	716246	716255	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_018937	GAAAA	2	10	716360	716369	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018937	TGTTT	2	10	728038	728047	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018937	GTTTT	2	10	732583	732592	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018937	CTTAT	2	10	733996	734005	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_018937	CAAAA	2	10	740457	740466	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_018937	TAAAA	2	10	740469	740478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018937	GTTTT	2	10	744559	744568	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018937	AATAA	2	10	751057	751066	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018937	GGAAT	2	10	760261	760270	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018937	ATCAA	2	10	766081	766090	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_018937	ATTCT	2	10	774182	774191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018937	TATAG	2	10	777550	777559	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018937	TTTTA	2	10	839482	839491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018937	ATTTT	2	10	865835	865844	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018937	TTTTA	2	10	888050	888059	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018937	TCTTA	2	10	888062	888071	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_018937	TAAAA	2	10	888247	888256	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018937	TTAAA	2	10	888362	888371	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018937	TTTTA	2	10	896772	896781	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018937	ATTTT	2	10	927278	927287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018937	ACTTA	2	10	932180	932189	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018937	TCGTA	2	10	952836	952845	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_018937	TTTGT	2	10	968787	968796	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018937	TTTAT	2	10	973559	973568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018937	TCAAG	2	10	988565	988574	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_018937	GGCTT	2	10	1023585	1023594	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_018937	AGTTT	2	10	1034702	1034711	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018937	TTGTT	2	10	1045228	1045237	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018937	TCTCT	2	10	1045351	1045360	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_018937	TGCTA	2	10	1050618	1050627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018937	ACTTT	2	10	1053662	1053671	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_018937	TTTCA	2	10	1054203	1054212	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_018937	ATTAA	2	10	1054310	1054319	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018937	ATTTA	2	10	1054592	1054601	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018937	TAACT	2	10	1054621	1054630	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_018937	AATCA	2	10	1054779	1054788	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_018937	TCATG	2	10	1057655	1057664	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_018937	GTTTA	2	10	1057809	1057818	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018937	TTTGA	2	10	1058054	1058063	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018937	CTTAT	2	10	1058209	1058218	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_018937	TAGAT	2	10	1060270	1060279	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018937	ATAAC	2	10	1062574	1062583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_018937	TCCAT	2	10	1064965	1064974	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_018937	TTTCA	2	10	1065429	1065438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_018937	TTTAA	2	10	1067783	1067792	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018937	ATTTA	2	10	1068739	1068748	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_018937	CATTA	2	10	1282526	1282535	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.