MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 plasmid pHM300

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017943	CTAC	2	8	3204	3211	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017943	TTGA	2	8	3803	3810	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017943	TCGC	2	8	4578	4585	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017943	GACG	2	8	10598	10605	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017943	ACTT	2	8	12239	12246	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017943	TTTC	2	8	12577	12584	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017943	GGAT	2	8	15767	15774	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017943	GCAG	2	8	16016	16023	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017943	TAGC	2	8	20774	20781	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017943	CGAG	2	8	20930	20937	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017943	TGGG	2	8	21588	21595	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017943	GTTC	2	8	21629	21636	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_017943	CCTG	2	8	25736	25743	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017943	TCGT	2	8	27164	27171	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017943	ACCC	2	8	29595	29602	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_017943	GCTA	2	8	38248	38255	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017943	TTGG	2	8	39712	39719	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017943	TCCC	2	8	42987	42994	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_017943	GAAC	2	8	45451	45458	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017943	TTCT	2	8	54378	54385	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017943	ATGA	2	8	58011	58018	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017943	ATTT	2	8	59871	59878	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017943	GACA	2	8	81673	81680	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017943	ATAG	3	12	82283	82294	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017943	GTTG	2	8	82347	82354	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017943	AGTC	2	8	87748	87755	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_017943	ACTG	2	8	87775	87782	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017943	CGGT	2	8	99485	99492	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017943	CGAG	2	8	102191	102198	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017943	CCGC	2	8	102259	102266	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
31	NC_017943	CTCA	2	8	107753	107760	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017943	CTAA	2	8	115789	115796	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017943	GTTA	2	8	115800	115807	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017943	CATA	2	8	118043	118050	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_017943	CCGC	2	8	121266	121273	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_017943	CATT	2	8	121297	121304	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017943	ATGT	2	8	121353	121360	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017943	GCAC	2	8	121846	121853	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017943	CGAC	2	8	123566	123573	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_017943	TGTC	2	8	123927	123934	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017943	TTGG	2	8	123966	123973	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017943	TCTA	2	8	124131	124138	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017943	AGTG	2	8	132022	132029	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017943	GTCG	2	8	133014	133021	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017943	CAGT	2	8	135077	135084	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017943	GTCG	2	8	135086	135093	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017943	CGAG	2	8	136479	136486	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017943	CAAG	2	8	136700	136707	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017943	AATC	2	8	137466	137473	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017943	GATT	2	8	137943	137950	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017943	TGCT	2	8	140239	140246	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017943	CGGC	2	8	140252	140259	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017943	TCCC	2	8	142472	142479	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
54	NC_017943	ACAA	2	8	144314	144321	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017943	TCGC	2	8	151365	151372	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017943	CCGC	2	8	151437	151444	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NC_017943	CTGT	3	12	153700	153711	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017943	CGAG	2	8	153767	153774	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017943	GTCT	2	8	153914	153921	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017943	CACC	2	8	154020	154027	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
61	NC_017943	CACT	2	8	154068	154075	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017943	GGAA	2	8	156052	156059	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017943	CGAG	2	8	156583	156590	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017943	CGTT	2	8	158446	158453	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017943	ACTG	3	12	158892	158903	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017943	AGAT	2	8	159810	159817	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017943	CGGT	2	8	162687	162694	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017943	GTTG	2	8	164182	164189	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017943	GGGA	2	8	171709	171716	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017943	GCGT	2	8	171724	171731	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017943	ACTA	2	8	172043	172050	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017943	TAAA	2	8	172181	172188	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017943	TGTC	2	8	172231	172238	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017943	ACTA	2	8	180626	180633	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017943	TCCC	2	8	180877	180884	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_017943	CCAA	2	8	181064	181071	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017943	GACA	2	8	185721	185728	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017943	GAGG	2	8	185899	185906	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017943	ACGG	2	8	187487	187494	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017943	TGGT	2	8	189123	189130	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017943	GGTT	2	8	189226	189233	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017943	GTGG	2	8	189618	189625	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017943	GAGT	2	8	195031	195038	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017943	CCTG	2	8	195313	195320	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017943	GTTC	2	8	195369	195376	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017943	TGCT	2	8	195783	195790	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017943	GTGA	2	8	198741	198748	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017943	CTTC	2	8	198777	198784	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017943	ATTG	2	8	200915	200922	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017943	TCCC	2	8	203527	203534	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_017943	AACT	2	8	204408	204415	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017943	TAGT	2	8	206874	206881	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017943	CGTC	2	8	206901	206908	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017943	CCCA	2	8	206985	206992	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
95	NC_017943	TCAC	2	8	207009	207016	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017943	ACAT	2	8	207236	207243	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017943	TAGT	2	8	236351	236358	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017943	CAGG	2	8	237278	237285	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017943	GCCC	2	8	238197	238204	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_017943	TCGT	2	8	241504	241511	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017943	TCGG	2	8	241731	241738	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017943	CGAC	2	8	242196	242203	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017943	TAGT	2	8	242233	242240	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017943	ACAA	2	8	243557	243564	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017943	CTTC	2	8	245438	245445	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017943	CAGC	2	8	248479	248486	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017943	CTGA	2	8	250049	250056	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017943	CGAC	2	8	253962	253969	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017943	GCCG	2	8	257084	257091	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017943	GACA	2	8	257261	257268	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017943	AGAA	2	8	257298	257305	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017943	GGTG	2	8	260420	260427	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017943	ACAG	2	8	285561	285568	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017943	AACG	2	8	296603	296610	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017943	GCTG	2	8	296713	296720	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017943	AGTG	2	8	299169	299176	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017943	TATC	2	8	301504	301511	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_017943	CCCG	2	8	302221	302228	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
119	NC_017943	AAGT	2	8	302336	302343	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017943	GAAG	2	8	302670	302677	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017943	TGGC	2	8	305506	305513	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017943	ATGA	2	8	305763	305770	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017943	CGGG	2	8	307694	307701	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017943	TTCA	2	8	310155	310162	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017943	CATT	2	8	311052	311059	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017943	TGTT	2	8	311081	311088	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017943	TAAT	2	8	311094	311101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017943	ACAT	2	8	312051	312058	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017943	TCAA	2	8	313930	313937	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017943	CTGT	2	8	314039	314046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017943	TTAA	2	8	316601	316608	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017943	GACA	2	8	316726	316733	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017943	TACG	2	8	316820	316827	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017943	TTCA	2	8	320396	320403	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017943	AGTA	2	8	320556	320563	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017943	AGTT	2	8	321323	321330	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017943	TTAT	2	8	321364	321371	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017943	TCGT	2	8	321609	321616	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017943	TTTC	2	8	321711	321718	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.