MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori PeCan18 chromosome

Total Repeats: 261

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017742	TCATT	2	10	4918	4927	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017742	CAAAA	2	10	5204	5213	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017742	CAAAA	2	10	5314	5323	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017742	TTTTA	2	10	7670	7679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017742	GCTTT	2	10	13792	13801	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017742	AGCCT	2	10	26222	26231	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017742	TTGCA	2	10	44535	44544	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017742	ATTGT	2	10	44586	44595	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017742	AACGA	2	10	59900	59909	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017742	TTAAA	2	10	59912	59921	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017742	ACAAA	2	10	59940	59949	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017742	ATATA	2	10	60253	60262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017742	GGTGG	2	10	68838	68847	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017742	TTACA	2	10	78580	78589	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017742	TAAAA	2	10	80263	80272	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017742	ATAAG	2	10	93281	93290	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017742	ATTAT	2	10	93338	93347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017742	TTCCA	2	10	93424	93433	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017742	GGCTT	2	10	97781	97790	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017742	ATAAA	2	10	99788	99797	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017742	AATTT	2	10	102306	102315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017742	AAAAT	2	10	108968	108977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017742	GAATG	2	10	113691	113700	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017742	ATTTA	2	10	117966	117975	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017742	CCATA	2	10	125836	125845	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017742	ATTTT	2	10	134570	134579	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017742	ATAAA	2	10	141204	141213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017742	CAAAT	2	10	158313	158322	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017742	GAATG	2	10	176878	176887	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017742	TTTCT	2	10	179759	179768	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017742	TTTAA	2	10	183162	183171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017742	GCATT	2	10	188642	188651	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017742	AGAGG	2	10	189686	189695	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017742	TTAAG	2	10	200767	200776	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017742	AAACA	2	10	208039	208048	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017742	ATTTT	2	10	218367	218376	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017742	CAATC	2	10	260629	260638	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017742	AAATA	2	10	279413	279422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017742	GTTTT	2	10	285028	285037	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017742	CCAAA	2	10	305823	305832	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017742	TAAAA	2	10	306277	306286	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017742	AACGG	2	10	306983	306992	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017742	AAGTT	2	10	336867	336876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017742	AAAAC	2	10	345065	345074	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017742	TTGTG	2	10	345207	345216	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017742	AATAA	2	10	346610	346619	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017742	AATAA	2	10	346622	346631	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017742	AATAA	2	10	346634	346643	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017742	AATAA	2	10	346646	346655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017742	TAAAA	2	10	350886	350895	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017742	TAAAA	2	10	371712	371721	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017742	TATAA	2	10	377417	377426	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017742	ACAAT	2	10	378495	378504	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017742	CTTTT	2	10	382722	382731	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017742	AAAGG	2	10	422275	422284	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017742	TTGTT	2	10	428744	428753	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017742	ATAAA	2	10	434120	434129	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017742	AAATC	2	10	443614	443623	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017742	TTTTG	2	10	444004	444013	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017742	TAAGG	2	10	444746	444755	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017742	TAACA	2	10	455010	455019	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017742	TAAAA	2	10	456493	456502	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017742	AAAAT	2	10	463474	463483	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017742	TTTTG	2	10	473281	473290	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017742	AGTTT	2	10	481043	481052	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017742	AAGCA	2	10	482311	482320	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017742	TAACT	2	10	485384	485393	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017742	AGGCT	2	10	494705	494714	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017742	TACTA	2	10	500262	500271	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017742	ATTTT	2	10	501199	501208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017742	ATAAA	2	10	503247	503256	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017742	GCATT	2	10	543422	543431	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017742	TTTCT	2	10	543460	543469	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017742	GCTAT	2	10	549865	549874	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017742	ATTTT	2	10	549898	549907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017742	TTGTA	2	10	554122	554131	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017742	TATAA	2	10	562988	562997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017742	AAAAG	2	10	563108	563117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017742	ACTCT	2	10	578592	578601	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017742	CTTAT	2	10	586429	586438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017742	TAAGG	2	10	590252	590261	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017742	ATTTT	2	10	590479	590488	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017742	AGTAT	2	10	617319	617328	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017742	AAAAC	2	10	617531	617540	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017742	TTTAA	2	10	621698	621707	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017742	ACGCA	2	10	624659	624668	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017742	TTTTA	2	10	626478	626487	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017742	TTTAA	2	10	632264	632273	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017742	TTGGC	2	10	636613	636622	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017742	TTGCG	2	10	636917	636926	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017742	ATCTT	2	10	637896	637905	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017742	TTTAA	2	10	645431	645440	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017742	TTGGG	2	10	646614	646623	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017742	CACAA	2	10	650836	650845	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017742	AATAA	2	10	677258	677267	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017742	TTCTT	2	10	683032	683041	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017742	TCTTT	2	10	683504	683513	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017742	ATTTT	2	10	686483	686492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017742	TTGTA	2	10	686499	686508	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017742	ATTTA	2	10	686792	686801	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017742	GTTTT	2	10	688548	688557	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017742	CTTAT	2	10	698320	698329	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017742	GTTTT	2	10	717179	717188	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017742	AAGAT	2	10	727403	727412	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017742	TCTTT	3	15	740703	740717	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017742	ACTAT	2	10	744181	744190	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017742	ATTTC	2	10	752331	752340	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017742	GCGTC	2	10	753042	753051	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017742	TGCGT	2	10	755134	755143	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017742	GGTTT	2	10	801642	801651	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017742	TTTTA	2	10	806223	806232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017742	TTCTT	2	10	819903	819912	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017742	ATAAA	2	10	854413	854422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017742	TTAAA	2	10	854528	854537	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017742	TTTAA	2	10	886131	886140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017742	ATTTT	2	10	890814	890823	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017742	TATAA	2	10	898622	898631	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017742	ATTAA	2	10	911798	911807	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017742	AAAGA	2	10	912719	912728	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017742	ATTGG	2	10	915451	915460	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017742	GAAAA	2	10	915727	915736	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017742	AAATC	2	10	916072	916081	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017742	TAAAA	2	10	922204	922213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017742	ATGAT	2	10	930533	930542	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017742	TAAAA	2	10	935243	935252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017742	GATTT	2	10	935923	935932	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017742	TTTAT	2	10	940348	940357	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017742	AATAA	2	10	954913	954922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017742	TCAAG	2	10	954951	954960	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017742	TAAAA	2	10	968245	968254	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017742	ATTCA	2	10	968370	968379	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017742	GATTG	2	10	968475	968484	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017742	GATTT	2	10	974719	974728	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017742	TGCTA	2	10	1015875	1015884	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017742	ATAAG	2	10	1018636	1018645	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017742	TCAAA	2	10	1018793	1018802	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017742	TAAAC	2	10	1019040	1019049	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017742	CATGA	2	10	1019194	1019203	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017742	TTGAT	2	10	1022069	1022078	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017742	TAATT	2	10	1031293	1031302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017742	ATTAA	2	10	1031359	1031368	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017742	AATTA	2	10	1033282	1033291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017742	CTCTT	2	10	1063439	1063448	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017742	TCATT	2	10	1065131	1065140	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017742	TTATC	2	10	1068027	1068036	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017742	TTCAA	2	10	1069042	1069051	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017742	CTCAT	2	10	1069272	1069281	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017742	TCACT	2	10	1070750	1070759	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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181	NC_017742	TAAAA	2	10	1201703	1201712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017742	TAAAA	2	10	1201714	1201723	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.