MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi112 chromosome

Total Repeats: 227

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017741	GAAAC	2	10	4649	4658	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017741	TTTTA	2	10	4922	4931	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017741	TAAAT	2	10	7059	7068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017741	GCTTT	2	10	13303	13312	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017741	AAAAG	2	10	22731	22740	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017741	TTAAA	2	10	53581	53590	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017741	ACAAA	2	10	53610	53619	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017741	TATCC	2	10	57061	57070	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017741	ATTGG	2	10	59635	59644	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017741	CTACT	2	10	59718	59727	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017741	CAATA	2	10	59857	59866	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017741	AAGAT	2	10	60291	60300	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017741	TTTTA	2	10	70626	70635	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017741	TTACA	2	10	72511	72520	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017741	TAAGA	2	10	85785	85794	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017741	TAAAA	2	10	85856	85865	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017741	AATTT	2	10	94934	94943	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017741	CAAAA	2	10	101623	101632	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017741	GAATG	2	10	106307	106316	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017741	TTAAT	2	10	110465	110474	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017741	TAGGG	2	10	129028	129037	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017741	CAAAT	2	10	149919	149928	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017741	AACAA	2	10	157180	157189	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017741	TTTCT	2	10	171253	171262	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017741	AAATC	2	10	171602	171611	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017741	CAAAA	2	10	171620	171629	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017741	TTTAA	2	10	174647	174656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017741	GAGAT	2	10	180269	180278	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017741	AGAGG	2	10	181161	181170	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017741	TTTGA	2	10	208889	208898	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017741	AAACA	2	10	211490	211499	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017741	AAGCG	2	10	229755	229764	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017741	AAAAC	2	10	230158	230167	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017741	AACAG	2	10	231589	231598	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017741	CAAAA	2	10	245467	245476	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017741	CAAAA	2	10	245714	245723	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017741	GAAAG	2	10	247936	247945	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017741	TTTAA	2	10	266062	266071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017741	AAATC	2	10	268059	268068	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017741	AAAGC	2	10	272785	272794	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017741	TCATG	2	10	277792	277801	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017741	TTTAA	2	10	277870	277879	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017741	AGGGT	2	10	277929	277938	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017741	AGAAA	2	10	277978	277987	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017741	AGGTT	2	10	278125	278134	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017741	TGTCT	2	10	278322	278331	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017741	ATTAA	2	10	278461	278470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017741	TCAAA	2	10	280164	280173	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017741	TAGCA	2	10	280657	280666	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017741	TTCAT	2	10	281278	281287	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017741	AAATT	2	10	303147	303156	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017741	CAATC	2	10	312227	312236	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017741	AAATA	2	10	330918	330927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017741	GTTTT	2	10	336532	336541	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017741	TTATA	2	10	379761	379770	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017741	AAGTT	2	10	386701	386710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017741	CCTAG	2	10	410434	410443	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017741	AAAAC	2	10	413062	413071	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017741	AATCC	2	10	414490	414499	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017741	TGTTT	2	10	415150	415159	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017741	TTATT	2	10	444466	444475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017741	AATCA	2	10	463860	463869	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017741	AAAGG	2	10	476597	476606	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017741	TTAAT	2	10	478211	478220	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017741	CCTTG	2	10	483017	483026	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017741	ATAAA	2	10	488416	488425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017741	AAAAT	2	10	488449	488458	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017741	GTTTT	2	10	496493	496502	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017741	AAAGC	2	10	501496	501505	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017741	TAAAA	2	10	510570	510579	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017741	AAAAT	2	10	515208	515217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017741	GCTTT	2	10	516111	516120	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017741	TATCC	2	10	522359	522368	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_017741	CATGA	2	10	527762	527771	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017741	AAAAT	2	10	533010	533019	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017741	TTAAA	2	10	537724	537733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017741	TAAAA	2	10	556767	556776	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017741	TAAAA	2	10	557341	557350	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017741	ATTTT	2	10	565840	565849	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017741	AGTTT	2	10	590562	590571	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017741	ATAAA	2	10	614068	614077	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017741	TGAGA	2	10	614103	614112	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017741	ATTAT	2	10	618616	618625	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017741	AAAGA	2	10	640906	640915	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017741	AGAAT	2	10	653970	653979	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017741	GTTTT	2	10	667272	667281	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017741	TAAAT	2	10	677749	677758	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017741	TTTAA	2	10	683406	683415	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017741	TTGAT	2	10	685858	685867	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017741	TAGAA	2	10	699305	699314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017741	GTTTT	2	10	709823	709832	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017741	TTAAT	2	10	712998	713007	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017741	AAACA	2	10	717713	717722	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017741	CTTTT	2	10	718771	718780	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017741	TGACT	2	10	724855	724864	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017741	AAAAC	2	10	725229	725238	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017741	AAATT	2	10	726070	726079	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017741	ATTAA	2	10	765190	765199	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017741	CCTTA	2	10	820444	820453	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017741	TCGTT	2	10	842040	842049	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017741	TACAA	2	10	856014	856023	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017741	GCATC	2	10	856396	856405	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017741	GCTTG	2	10	856976	856985	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017741	TAAAA	2	10	860058	860067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017741	TTTAA	2	10	860137	860146	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017741	ATTAA	2	10	861579	861588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017741	AATGC	2	10	865966	865975	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017741	GTTTG	2	10	866036	866045	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017741	AAAAC	2	10	879099	879108	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017741	TTATA	2	10	879157	879166	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017741	TTGTT	2	10	884046	884055	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017741	TTAAA	2	10	884159	884168	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017741	TTTTA	2	10	909965	909974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017741	CCAAA	2	10	910083	910092	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017741	AATTT	2	10	912076	912085	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017741	AGCCT	2	10	915705	915714	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017741	AGTTA	2	10	923965	923974	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017741	TATAA	2	10	934988	934997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017741	ATTGG	2	10	948939	948948	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017741	GAAAA	2	10	949212	949221	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017741	TCGTA	2	10	951954	951963	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017741	TAAAA	2	10	954350	954359	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017741	AATAA	2	10	958874	958883	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017741	TAATA	2	10	975601	975610	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017741	TCAAG	2	10	985467	985476	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017741	TTCAA	2	10	1046324	1046333	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017741	CTCAT	2	10	1046554	1046563	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017741	TCACT	2	10	1048032	1048041	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017741	TACTT	2	10	1048331	1048340	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017741	ATAAG	2	10	1048731	1048740	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017741	TTAAA	2	10	1048818	1048827	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017741	TAAAA	2	10	1048890	1048899	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017741	AAAAT	2	10	1072207	1072216	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017741	AATTG	2	10	1089539	1089548	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017741	ATAAA	2	10	1093606	1093615	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017741	AATTC	2	10	1097521	1097530	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017741	AAGGT	2	10	1097965	1097974	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017741	GATTG	2	10	1098353	1098362	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017741	TAAAA	2	10	1104577	1104586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017741	GTTTT	2	10	1108010	1108019	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017741	TGAAA	2	10	1117334	1117343	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017741	AAATC	2	10	1132713	1132722	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017741	CTCTC	2	10	1136112	1136121	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
144	NC_017741	AAAAC	2	10	1137557	1137566	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017741	ATTAA	2	10	1137586	1137595	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017741	ATTTT	2	10	1149255	1149264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017741	AAAAC	2	10	1150376	1150385	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_017741	AAAAT	2	10	1153026	1153035	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_017741	AATAA	2	10	1343196	1343205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_017741	ACAAA	2	10	1365144	1365153	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017741	CTTTT	2	10	1416337	1416346	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_017741	TTTAA	2	10	1434743	1434752	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017741	CTACA	2	10	1434808	1434817	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
194	NC_017741	ATTTT	2	10	1436300	1436309	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017741	ATTTT	2	10	1452061	1452070	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017741	TTCAA	2	10	1453562	1453571	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
197	NC_017741	CTCAT	2	10	1453792	1453801	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
198	NC_017741	TCACT	2	10	1455270	1455279	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
199	NC_017741	TACTT	2	10	1455569	1455578	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.