MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi169 chromosome

Total Repeats: 219

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017740	GATTA	2	10	2248	2257	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017740	GAAAC	2	10	4645	4654	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017740	TAAAA	2	10	5248	5257	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017740	ATAAA	2	10	5267	5276	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017740	GCTTT	2	10	11397	11406	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017740	GCTTT	2	10	47543	47552	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017740	AGCTT	2	10	55956	55965	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017740	TTAAA	2	10	55982	55991	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017740	ACAAA	2	10	56011	56020	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017740	AAAGA	2	10	56612	56621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017740	GGTGG	2	10	59172	59181	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017740	TTTTA	2	10	66894	66903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017740	TTACA	2	10	68779	68788	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017740	TAAGA	2	10	83007	83016	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017740	TAAAA	2	10	83078	83087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017740	TGGCT	2	10	87466	87475	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017740	AATTT	2	10	92165	92174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017740	CAAAA	2	10	98855	98864	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017740	TTTAT	2	10	101338	101347	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017740	TTAAT	2	10	107717	107726	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017740	CAATC	2	10	116753	116762	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017740	TAGGG	2	10	127833	127842	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017740	ATAGT	2	10	142003	142012	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017740	CAAAT	2	10	148724	148733	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017740	AACAA	2	10	155984	155993	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017740	TTTAA	2	10	173048	173057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017740	AAACA	2	10	197282	197291	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017740	TGTAG	2	10	217795	217804	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017740	TTAAA	2	10	217860	217869	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017740	GCTTT	2	10	221061	221070	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017740	TAAAC	2	10	223685	223694	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017740	TTGTT	2	10	223851	223860	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017740	CATAG	2	10	224975	224984	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017740	TTGCT	2	10	226416	226425	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017740	CAATT	2	10	230591	230600	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017740	TAAAA	2	10	230696	230705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017740	AAAAC	2	10	255353	255362	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017740	CAAAC	3	15	255363	255377	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017740	AACAG	2	10	256793	256802	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017740	CTTAA	2	10	261668	261677	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017740	AAATT	2	10	279804	279813	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017740	CAATC	2	10	288836	288845	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017740	AAATA	2	10	309557	309566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017740	GTTTT	2	10	315171	315180	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017740	TTATA	2	10	358424	358433	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017740	AAGTT	2	10	365112	365121	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017740	CCTAG	2	10	391418	391427	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017740	AAAAC	2	10	394045	394054	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017740	TAAAG	2	10	454072	454081	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017740	TTAAT	2	10	455692	455701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017740	ATAAA	2	10	465891	465900	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017740	AAAAT	2	10	465924	465933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017740	GTTTT	2	10	473963	473972	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017740	AAAGC	2	10	478969	478978	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017740	TAACA	2	10	486561	486570	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017740	TACAA	2	10	486573	486582	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017740	TAAAA	2	10	486683	486692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017740	CGCTG	2	10	487176	487185	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017740	CAAAA	2	10	487542	487551	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017740	ATTGA	2	10	487921	487930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017740	AATAA	2	10	487951	487960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017740	TAAAA	2	10	488045	488054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017740	AAAAT	2	10	492694	492703	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017740	TATCC	2	10	502961	502970	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017740	AGTTT	2	10	509632	509641	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017740	ATTTT	2	10	510888	510897	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017740	TAACT	2	10	513964	513973	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017740	AGGCT	2	10	522271	522280	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017740	TTTAT	2	10	527462	527471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017740	CTTGC	2	10	527482	527491	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017740	TAAAA	2	10	527747	527756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017740	ATTTA	2	10	553502	553511	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017740	TATAA	2	10	558396	558405	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017740	GCATT	2	10	569782	569791	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017740	ATTTT	2	10	576361	576370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017740	TTGTA	2	10	580416	580425	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017740	GCTTT	2	10	580485	580494	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017740	TATAA	2	10	594055	594064	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017740	AACGA	2	10	594456	594465	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017740	TAAGG	2	10	616055	616064	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017740	ATTTT	2	10	616282	616291	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017740	TAGAT	2	10	644196	644205	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017740	TTTAA	2	10	648206	648215	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017740	TTTAA	2	10	671881	671890	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017740	TCTAT	2	10	703329	703338	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017740	GAAAA	2	10	703443	703452	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017740	CAAAA	2	10	703634	703643	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017740	AAATC	2	10	705183	705192	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017740	AAAAC	2	10	705202	705211	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017740	ATTTT	2	10	710595	710604	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017740	TAAAT	2	10	724486	724495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017740	AAAAC	2	10	730304	730313	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017740	TTCTA	2	10	740843	740852	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017740	ATCAA	2	10	754340	754349	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017740	ATTTA	2	10	762449	762458	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017740	ACCAC	2	10	762937	762946	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_017740	TCTTT	2	10	799564	799573	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017740	TTTTA	2	10	825758	825767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017740	TTTGT	2	10	831634	831643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017740	ATAAA	2	10	873915	873924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017740	TTTTA	2	10	890899	890908	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017740	TTTAA	2	10	910049	910058	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017740	ATTTT	2	10	914762	914771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017740	TATAA	2	10	922799	922808	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017740	GAAAG	2	10	925943	925952	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017740	AAATC	2	10	937136	937145	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017740	TAGCT	2	10	941853	941862	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017740	TAAAA	2	10	941928	941937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017740	CATGC	2	10	953599	953608	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017740	AAAGG	2	10	953983	953992	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017740	ATCGT	2	10	954408	954417	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017740	TCAAG	2	10	972148	972157	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017740	AAGAA	2	10	983131	983140	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017740	AATGC	2	10	983170	983179	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017740	GTTTG	2	10	983224	983233	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017740	TTTAG	2	10	987919	987928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017740	CTTAA	2	10	988765	988774	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017740	ATTCA	2	10	988893	988902	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017740	AGATT	2	10	989569	989578	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017740	GTTTT	2	10	1011453	1011462	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017740	GTCTT	2	10	1012099	1012108	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017740	CTCTT	2	10	1013397	1013406	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017740	ATGCG	2	10	1013631	1013640	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017740	ATTTT	2	10	1040752	1040761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017740	TTCAA	2	10	1042258	1042267	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017740	CTCAT	2	10	1042488	1042497	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017740	TCACT	2	10	1043967	1043976	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017740	TACTT	2	10	1044266	1044275	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017740	TAAAT	2	10	1044662	1044671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017740	TTAAA	2	10	1044678	1044687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017740	TTAAA	2	10	1044695	1044704	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017740	TTAAA	2	10	1044712	1044721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017740	TTAAA	2	10	1044729	1044738	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017740	AGCGA	2	10	1048382	1048391	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017740	AACGA	2	10	1048482	1048491	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017740	ATTTA	2	10	1049069	1049078	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017740	CAACA	2	10	1049774	1049783	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017740	AAAAT	2	10	1070735	1070744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017740	ATAAA	2	10	1092160	1092169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017740	TAAAA	2	10	1103102	1103111	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017740	TGAAA	2	10	1116899	1116908	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017740	TATCT	2	10	1130186	1130195	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017740	AAATC	2	10	1132293	1132302	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017740	AAAAC	2	10	1137141	1137150	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017740	ATTTT	2	10	1146784	1146793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017740	AAAAC	2	10	1147904	1147913	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017740	TTCAT	2	10	1148184	1148193	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.