MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori HUP-B14 chromosome

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017733	AAACAC	2	12	18184	18195	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017733	ACTTAG	2	12	44768	44779	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017733	GATGTG	2	12	58764	58775	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017733	AGCCAA	2	12	58841	58852	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017733	CCAACA	2	12	60714	60725	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017733	TAGCGA	2	12	92719	92730	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017733	ATAAAA	2	12	103889	103900	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017733	AATAAC	2	12	108389	108400	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017733	GTTTTA	2	12	127784	127795	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017733	CTAAAA	2	12	136238	136249	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017733	TATTTT	2	12	159556	159567	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017733	TTTCAC	2	12	159847	159858	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017733	TAAAAA	2	12	163755	163766	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017733	TATAAT	2	12	208449	208460	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017733	GGCGTT	2	12	208813	208824	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017733	AAAAAC	2	12	208825	208836	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017733	ACTTTA	2	12	215961	215972	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017733	ATTAAA	2	12	222242	222253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017733	CAAAAA	2	12	228399	228410	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017733	ATTTTA	2	12	245335	245346	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017733	AAATTT	2	12	261007	261018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017733	TTTTAT	2	12	367950	367961	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017733	AAAATA	2	12	426732	426743	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017733	AAAATA	2	12	434502	434513	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017733	TAAAAA	2	12	440536	440547	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017733	AAATTT	2	12	463765	463776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017733	TATTTT	2	12	465513	465524	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017733	AAGCCG	2	12	597061	597072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017733	CAAGCT	2	12	616582	616593	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017733	CCAAAA	2	12	616644	616655	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017733	TGGAAT	2	12	662562	662573	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017733	CTTACA	2	12	662613	662624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017733	CAAAAA	2	12	673749	673760	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017733	ATTGAG	2	12	720526	720537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017733	TTTGAT	2	12	768764	768775	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017733	TTAAAA	2	12	775866	775877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017733	CCCTAA	2	12	795005	795016	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017733	GTAATG	2	12	798075	798086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017733	GTTATT	2	12	813421	813432	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017733	TCTTTC	2	12	814814	814825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017733	TAGCCA	2	12	839008	839019	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017733	ATTTTT	2	12	879490	879501	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017733	AAAATA	2	12	896841	896852	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017733	TGCATT	2	12	904416	904427	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017733	ATTATA	2	12	925383	925394	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017733	TTTTTC	2	12	981471	981482	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017733	TTAAAA	2	12	983037	983048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017733	TATGGG	2	12	983099	983110	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017733	TTTCTT	2	12	1000724	1000735	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017733	TAAAAA	2	12	1003267	1003278	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017733	CTTTAA	2	12	1003578	1003589	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017733	AAAGCC	2	12	1027299	1027310	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017733	ACAAAA	2	12	1098068	1098079	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017733	AATATC	2	12	1102878	1102889	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017733	TTTCCT	2	12	1104502	1104513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017733	CTATGT	2	12	1128349	1128360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017733	AAAAAT	2	12	1168234	1168245	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017733	ATCCTT	2	12	1183145	1183156	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017733	GCGCAT	2	12	1183164	1183175	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017733	TTGTAT	2	12	1185566	1185577	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017733	AATTTT	2	12	1220832	1220843	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017733	TGTTAT	2	12	1235447	1235458	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017733	ATTTTT	2	12	1257334	1257345	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017733	AAGTTG	4	24	1275362	1275385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017733	ATTAAA	2	12	1280750	1280761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017733	TCTTTT	2	12	1334052	1334063	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017733	TGGCTT	2	12	1335614	1335625	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017733	AGTTTT	2	12	1382298	1382309	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017733	CTTTAA	2	12	1384962	1384973	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017733	AGCGGG	2	12	1394178	1394189	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017733	TGATTA	2	12	1396578	1396589	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017733	GTTTTA	2	12	1404295	1404306	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017733	AAAAAT	2	12	1405932	1405943	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017733	TAAAAA	2	12	1406127	1406138	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017733	CTAAGT	2	12	1416054	1416065	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017733	TGTTTA	2	12	1424372	1424383	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017733	AAATCA	2	12	1451520	1451531	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017733	ATCAGC	2	12	1525471	1525482	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017733	TATCAA	2	12	1543759	1543770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.