MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halanaerobium praevalens DSM 2228 chromosome

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017455	TAAAAA	2	12	9373	9384	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017455	CAAATT	2	12	10348	10359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017455	TTATAT	2	12	13694	13705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017455	CATTAG	2	12	14244	14255	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017455	ATTTAA	2	12	25895	25906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017455	TTTAAA	2	12	38728	38739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017455	CTTAAA	2	12	44337	44348	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017455	TAATAT	2	12	56626	56637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017455	AAATTA	2	12	73629	73640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017455	AAAGAA	2	12	74711	74722	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017455	AATTAA	2	12	83088	83099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017455	ATATAA	2	12	103267	103278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017455	ATTTTT	2	12	117702	117713	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017455	TTTTAA	2	12	126014	126025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017455	TTATAA	2	12	134810	134821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017455	TAAGTT	2	12	149659	149670	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017455	TTAATT	2	12	156611	156622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017455	AATTAA	2	12	165839	165850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017455	AATTTA	2	12	166678	166689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017455	ACTATA	2	12	177452	177463	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017455	ATGAGA	2	12	199652	199663	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017455	TTTAAA	2	12	201327	201338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017455	AATTAC	2	12	245685	245696	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017455	GATTTT	2	12	247344	247355	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017455	ATTTTT	2	12	247460	247471	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017455	TTAAAG	2	12	274460	274471	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017455	AAACAA	2	12	280802	280813	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017455	TTAAAT	2	12	283162	283173	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017455	TTTATA	2	12	291342	291353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017455	TTTTAA	2	12	293102	293113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017455	TTTTAA	2	12	316945	316956	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017455	TATAAA	2	12	317087	317098	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017455	AATTTA	2	12	333296	333307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017455	AAAATT	2	12	338123	338134	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017455	ATTAAA	2	12	338221	338232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017455	GAAAAA	2	12	367419	367430	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017455	TCAGTT	2	12	368079	368090	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017455	TATAAT	2	12	392353	392364	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017455	TGCAGT	2	12	402764	402775	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017455	TTTTCA	2	12	409975	409986	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017455	TTATTT	2	12	410215	410226	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017455	AAAGAA	2	12	430064	430075	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017455	AAGTAT	2	12	432358	432369	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017455	ATTAAA	2	12	435124	435135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017455	ATTAAA	2	12	440761	440772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017455	TTTAAA	2	12	450054	450065	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017455	AAATTT	2	12	453376	453387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017455	GAACTA	2	12	461353	461364	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017455	TTAAAA	2	12	499761	499772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017455	TGTTTT	2	12	510220	510231	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017455	TGAAAT	2	12	518305	518316	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017455	ATTTTT	2	12	532600	532611	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017455	TAAAAT	2	12	532705	532716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017455	TTTTAT	2	12	535777	535788	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017455	ATATTT	2	12	541715	541726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017455	ATATTT	2	12	548445	548456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017455	TAAAAT	2	12	563460	563471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017455	TTTTTA	2	12	573330	573341	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017455	ATAGTG	2	12	582044	582055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017455	TAAAAA	2	12	586546	586557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017455	ATAATT	2	12	586717	586728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017455	TAGAAT	2	12	588515	588526	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017455	TAAAAA	2	12	590448	590459	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017455	TTTTGA	2	12	611277	611288	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017455	GAAAAA	2	12	689177	689188	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017455	TTTATT	2	12	710496	710507	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017455	CTTTCT	2	12	724243	724254	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017455	CAAATT	2	12	779479	779490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017455	TTATAT	2	12	782826	782837	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017455	CATTAG	2	12	783375	783386	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017455	TTTAGA	2	12	788518	788529	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017455	TTTTAA	2	12	788537	788548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017455	AATAAA	2	12	818792	818803	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017455	TGTTTA	2	12	823018	823029	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017455	CTAAAA	2	12	829887	829898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017455	AATTAT	2	12	831147	831158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017455	TTTAAG	2	12	862906	862917	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017455	AAACTT	2	12	881032	881043	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017455	AAAATA	2	12	896814	896825	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017455	ATTTGA	2	12	1010962	1010973	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017455	TAAGTT	2	12	1091915	1091926	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017455	ATTTTA	2	12	1099025	1099036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017455	TGTTTT	2	12	1131817	1131828	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017455	AATCTA	2	12	1142890	1142901	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017455	ACTAAA	2	12	1144041	1144052	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017455	ATTTAA	2	12	1146956	1146967	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017455	TTTAAA	2	12	1152754	1152765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017455	AATTTC	2	12	1153142	1153153	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017455	AATTAA	2	12	1153764	1153775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017455	TCAACT	2	12	1169650	1169661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017455	TTTCTT	2	12	1190194	1190205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017455	TTTAAC	2	12	1190714	1190725	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017455	TTATTT	2	12	1201866	1201877	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017455	GGAAGT	2	12	1203581	1203592	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017455	TAAAAG	2	12	1208644	1208655	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017455	TAATTT	2	12	1236471	1236482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017455	TAAAAA	2	12	1250837	1250848	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017455	TTAAAT	2	12	1252922	1252933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017455	AATTAT	2	12	1258900	1258911	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017455	TTTGAC	2	12	1261652	1261663	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017455	TATATT	2	12	1278455	1278466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017455	AAAAAC	2	12	1281708	1281719	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017455	AAAATT	2	12	1287015	1287026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017455	CTAGTT	2	12	1308429	1308440	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017455	AGTGAG	2	12	1318020	1318031	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017455	AAATTT	2	12	1402333	1402344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017455	AATTAA	2	12	1404818	1404829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017455	TCAACT	2	12	1406682	1406693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017455	TTTTAA	2	12	1425487	1425498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017455	TAAATT	2	12	1451869	1451880	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017455	ATTTAT	2	12	1451965	1451976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017455	GTAAAT	2	12	1457822	1457833	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017455	ATTGCA	2	12	1460350	1460361	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017455	TCCTGC	2	12	1460373	1460384	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017455	CTTTTT	2	12	1460866	1460877	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017455	TAAAAG	2	12	1466235	1466246	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017455	TAAAAA	2	12	1466286	1466297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017455	AACTAA	2	12	1478744	1478755	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017455	AAATAA	2	12	1498570	1498581	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017455	AATTTT	2	12	1500642	1500653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017455	AAATTA	2	12	1500712	1500723	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017455	AAATTA	2	12	1501998	1502009	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017455	TTTATA	2	12	1504662	1504673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017455	TTTAAA	2	12	1504698	1504709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017455	TTTAAT	2	12	1510384	1510395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017455	CTCTTT	2	12	1521339	1521350	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017455	CTATTA	2	12	1522013	1522024	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017455	TCTCTT	2	12	1524876	1524887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017455	TCAACT	2	12	1530577	1530588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017455	TCAACT	2	12	1534041	1534052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017455	TAAAAA	2	12	1536434	1536445	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.