MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Gambia94/24 chromosome

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017371	TCATT	2	10	4912	4921	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017371	GTTTT	2	10	4924	4933	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017371	GCTTT	2	10	13800	13809	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017371	TTTTA	2	10	27581	27590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017371	TTAGC	2	10	51094	51103	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017371	GATAA	2	10	53453	53462	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017371	AACGA	2	10	62606	62615	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017371	TTAAA	2	10	62618	62627	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017371	ACAAA	2	10	62646	62655	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017371	ATATA	2	10	62963	62972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017371	GATAC	2	10	67133	67142	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017371	GGTGG	2	10	71378	71387	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017371	ATACC	2	10	72050	72059	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017371	ATCGC	2	10	72319	72328	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017371	CAAAA	2	10	76229	76238	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017371	TTACA	2	10	81095	81104	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017371	TAAAA	2	10	82763	82772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017371	TTTTG	2	10	85193	85202	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017371	GATTT	2	10	85204	85213	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017371	TAAGA	2	10	95937	95946	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017371	ATTAT	2	10	95993	96002	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017371	TTCCA	2	10	96079	96088	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017371	GGCTT	2	10	100604	100613	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017371	ATAAA	2	10	102604	102613	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017371	TAGTA	2	10	105202	105211	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017371	GAATG	2	10	116629	116638	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017371	ATTTA	2	10	120902	120911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017371	CCATA	2	10	128790	128799	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017371	ATTTT	2	10	137575	137584	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017371	TTTTA	2	10	139607	139616	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017371	CAAAT	2	10	161358	161367	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017371	TAAAA	2	10	173059	173068	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017371	AAAAC	2	10	173090	173099	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017371	GAATG	2	10	180122	180131	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017371	TTTCT	2	10	183003	183012	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017371	TTTAA	2	10	186407	186416	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017371	TTCAA	2	10	199547	199556	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017371	ATTTA	2	10	227230	227239	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017371	AAACA	2	10	227252	227261	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017371	ATTTT	2	10	237566	237575	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017371	CTTAA	2	10	252656	252665	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017371	TTTTA	2	10	253978	253987	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017371	ATTTA	2	10	258177	258186	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017371	CTAAC	2	10	260454	260463	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017371	TTGAG	2	10	271074	271083	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017371	AAATT	2	10	271166	271175	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017371	CAATC	2	10	280259	280268	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017371	GTGGG	2	10	338312	338321	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017371	ACGGA	2	10	349759	349768	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017371	TTTTA	2	10	355358	355367	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017371	TAAAA	2	10	361191	361200	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017371	AAAAC	2	10	363564	363573	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017371	TAAAA	2	10	369741	369750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017371	TAAAA	2	10	381720	381729	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017371	TAAAA	2	10	390725	390734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017371	TAGTG	2	10	428879	428888	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017371	ATAAA	2	10	429238	429247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017371	TAAAG	2	10	441786	441795	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017371	TTGTT	2	10	448394	448403	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017371	ATAAA	2	10	453757	453766	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017371	TAACA	2	10	474308	474317	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017371	TTTGA	2	10	475888	475897	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017371	AAAAT	2	10	482768	482777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017371	TTTTA	2	10	492583	492592	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017371	TAAAA	2	10	501032	501041	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017371	CATGG	2	10	501111	501120	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017371	TAACT	2	10	504172	504181	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017371	AGGCT	2	10	513506	513515	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017371	TTTAT	2	10	519976	519985	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017371	TTTTA	2	10	519995	520004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017371	CTGAT	2	10	533063	533072	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017371	ATACC	2	10	562962	562971	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017371	TTTAA	2	10	568273	568282	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017371	ATTTT	2	10	569799	569808	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017371	TTGTA	2	10	574020	574029	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017371	GTTTA	2	10	581683	581692	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017371	TATAA	2	10	582903	582912	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017371	AAAAG	2	10	583023	583032	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017371	AAAAC	2	10	595245	595254	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017371	ACTCT	2	10	598501	598510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017371	CTTAT	2	10	606341	606350	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017371	TAAGG	2	10	610178	610187	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017371	CGCTT	2	10	610290	610299	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017371	AAAAT	2	10	615751	615760	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017371	TTTAA	2	10	641617	641626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017371	TTTAA	2	10	652189	652198	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017371	TTTAA	2	10	655902	655911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017371	AAGTC	2	10	683221	683230	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017371	GGGGC	2	10	684571	684580	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017371	ATTTT	2	10	707327	707336	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017371	TTGTA	2	10	707343	707352	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017371	AAATC	2	10	713468	713477	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017371	CTTAT	2	10	716048	716057	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017371	ATATT	2	10	724376	724385	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017371	GTTTT	2	10	734938	734947	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017371	CTTTT	2	10	740825	740834	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017371	ATTTA	2	10	757765	757774	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017371	ACCAC	2	10	758255	758264	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_017371	ACTAT	2	10	761968	761977	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017371	CCAAC	2	10	771921	771930	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_017371	CCAAC	2	10	771959	771968	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
102	NC_017371	TGCGT	2	10	772961	772970	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017371	ACTTT	2	10	773222	773231	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017371	GGTTT	2	10	819660	819669	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017371	TACGA	2	10	821193	821202	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017371	TTTTA	2	10	824230	824239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017371	TTCTT	2	10	838452	838461	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017371	CCTTT	2	10	846671	846680	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017371	TCATG	2	10	846752	846761	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017371	GAATT	2	10	847654	847663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017371	TAAGA	2	10	861344	861353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017371	TTTAA	2	10	904569	904578	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017371	AAAGA	2	10	907464	907473	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017371	ATTTT	2	10	909188	909197	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017371	GCTCA	2	10	913984	913993	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017371	TATAA	2	10	917298	917307	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017371	ATTAA	2	10	930447	930456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017371	ATTAA	2	10	931064	931073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017371	AGTGG	2	10	935015	935024	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017371	TAAAA	2	10	941659	941668	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017371	AATGA	2	10	948015	948024	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017371	AAAAG	2	10	948915	948924	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017371	AAAAT	2	10	949855	949864	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017371	ATGAT	2	10	949895	949904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017371	TTCTT	2	10	958942	958951	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017371	TTTAT	2	10	959175	959184	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017371	AATAA	2	10	974083	974092	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017371	TCAAG	2	10	974120	974129	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017371	TATTT	2	10	987685	987694	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017371	GATTG	2	10	987723	987732	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017371	GATTT	2	10	993973	993982	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017371	GAAAC	2	10	996914	996923	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017371	TTAAT	2	10	1001233	1001242	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017371	TTACT	2	10	1008245	1008254	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017371	CAAAA	2	10	1010816	1010825	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017371	GGCTT	2	10	1011589	1011598	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017371	ATTCA	2	10	1013911	1013920	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017371	TCAAA	2	10	1025559	1025568	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017371	TTTTA	2	10	1045592	1045601	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017371	TTAAA	2	10	1045615	1045624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017371	ATACA	2	10	1046741	1046750	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017371	AATTA	2	10	1050157	1050166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017371	GTTAT	2	10	1050935	1050944	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017371	TAAAC	2	10	1051614	1051623	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017371	TTTGT	2	10	1051758	1051767	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017371	TTGTT	2	10	1051780	1051789	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017371	TTGCC	2	10	1052326	1052335	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017371	CATAG	2	10	1052904	1052913	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017371	CGCCA	2	10	1053093	1053102	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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152	NC_017371	CAATT	2	10	1058515	1058524	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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273	NC_017371	ATAAA	2	10	1701715	1701724	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_017371	TAAAA	2	10	1708209	1708218	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.