MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SouthAfrica7 chromosome

Total Repeats: 257

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017361	GTTTT	2	10	4793	4802	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017361	GATTT	2	10	4888	4897	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017361	TTTGT	2	10	5113	5122	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017361	AAATT	2	10	7406	7415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017361	GCTTT	2	10	13739	13748	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017361	GAAAA	2	10	23056	23065	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017361	GATTT	2	10	23523	23532	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017361	TTTGT	2	10	23759	23768	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017361	ATTTT	2	10	26432	26441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017361	TATGA	2	10	44699	44708	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017361	GGTTT	2	10	44745	44754	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017361	ATTGT	2	10	44947	44956	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017361	GCTTG	2	10	58882	58891	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017361	TTAGA	2	10	58926	58935	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017361	TTTTA	2	10	58945	58954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017361	AAGAA	2	10	59303	59312	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017361	TATCC	2	10	62494	62503	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017361	GGAAG	2	10	63561	63570	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017361	GATAC	2	10	63663	63672	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017361	CAATC	2	10	69823	69832	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017361	TTACA	2	10	78055	78064	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017361	TAAAA	2	10	79904	79913	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017361	ATTGT	2	10	79992	80001	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017361	TTTTG	2	10	82291	82300	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017361	GATTT	2	10	82302	82311	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017361	ATAAA	2	10	84487	84496	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017361	ATTTT	2	10	87616	87625	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017361	ATAAA	2	10	92892	92901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017361	TAAGA	2	10	92928	92937	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017361	TATTT	2	10	93037	93046	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017361	ATAAA	2	10	139906	139915	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017361	AGAGC	2	10	140368	140377	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017361	CAAAT	2	10	156765	156774	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017361	GTTTA	2	10	164059	164068	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017361	TTTGT	2	10	169026	169035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017361	TTCAA	2	10	194350	194359	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017361	TAAAG	2	10	201844	201853	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017361	AAACA	2	10	206154	206163	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017361	TTGGT	2	10	213315	213324	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017361	ATTTT	2	10	216447	216456	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017361	ATTTT	2	10	228554	228563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017361	ATTTG	2	10	232038	232047	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017361	TTTTA	2	10	233269	233278	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017361	TGTTT	2	10	234975	234984	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017361	AGTTT	2	10	239514	239523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017361	GCTCT	2	10	256343	256352	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017361	AATCT	2	10	259688	259697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017361	AAATA	2	10	278513	278522	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017361	ACCTT	2	10	284158	284167	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017361	TTTGT	2	10	326274	326283	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017361	GATTT	2	10	326482	326491	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017361	TTTGT	2	10	326717	326726	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017361	CTTTT	2	10	329133	329142	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017361	AAAAG	2	10	360086	360095	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017361	TAAAA	2	10	373417	373426	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017361	GTTTT	2	10	374550	374559	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017361	AAAAT	2	10	374560	374569	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017361	TTGTT	2	10	380383	380392	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017361	TGAAA	2	10	396464	396473	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017361	TTATG	2	10	411482	411491	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017361	AATCA	2	10	416592	416601	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017361	TTAAT	2	10	425920	425929	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017361	ATAAA	2	10	436279	436288	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017361	ATCAA	2	10	445406	445415	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017361	AAAGC	2	10	449169	449178	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017361	TAACA	2	10	456766	456775	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017361	AAAAC	2	10	458109	458118	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017361	ATTAA	2	10	458151	458160	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017361	TCTAA	2	10	458167	458176	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017361	TTTGA	2	10	458366	458375	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017361	GATAA	2	10	468965	468974	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017361	CTTTT	2	10	473835	473844	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017361	CTTTG	2	10	481408	481417	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017361	TTTCA	2	10	484084	484093	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017361	TAACT	2	10	487168	487177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017361	TAAAA	2	10	495897	495906	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017361	TGAGT	2	10	495915	495924	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017361	TTTTA	2	10	512144	512153	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017361	CAAAC	2	10	514330	514339	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017361	TAAAG	2	10	515969	515978	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017361	GCTAT	2	10	519112	519121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017361	ATTTT	2	10	519145	519154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017361	TAAAA	2	10	523371	523380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017361	AAATT	2	10	526128	526137	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017361	TTACA	2	10	528814	528823	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017361	TAAAA	2	10	529821	529830	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017361	AACAA	2	10	532379	532388	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017361	AAAAG	2	10	532807	532816	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017361	ACCAT	2	10	537919	537928	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017361	AAAAT	2	10	544832	544841	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017361	ACTCT	2	10	548086	548095	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017361	ATTTT	2	10	559806	559815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017361	TAAGG	2	10	561734	561743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017361	ATTTT	2	10	561965	561974	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017361	AAAAT	2	10	567339	567348	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017361	ATAAA	2	10	567763	567772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017361	GATTT	2	10	589222	589231	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017361	TTTAA	2	10	593748	593757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017361	CTTGC	2	10	596905	596914	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017361	GAAAA	2	10	605488	605497	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017361	AATAA	2	10	610946	610955	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017361	GTTAA	2	10	617265	617274	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017361	TTTAA	2	10	617823	617832	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017361	AAGTC	2	10	635375	635384	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017361	TAAAG	2	10	655370	655379	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017361	AGCAA	2	10	655839	655848	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017361	ACATT	2	10	656233	656242	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017361	TTTCC	2	10	663251	663260	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017361	CTTAT	2	10	665240	665249	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017361	TAAAA	2	10	671726	671735	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017361	TAAAA	2	10	671738	671747	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017361	TTCTT	2	10	689228	689237	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017361	AAACA	2	10	699801	699810	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017361	AACCA	2	10	705526	705535	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017361	ATTTA	2	10	706153	706162	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017361	TATCT	2	10	711918	711927	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017361	TATCA	2	10	730036	730045	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017361	TTTTA	2	10	736062	736071	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017361	GCCCT	2	10	743762	743771	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
120	NC_017361	TTTTA	2	10	761805	761814	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017361	TTTTA	2	10	771222	771231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017361	ACCCC	2	10	778056	778065	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
123	NC_017361	CTATT	2	10	788930	788939	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017361	CTTAC	2	10	797526	797535	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017361	AGCGT	2	10	797594	797603	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017361	GCAAT	2	10	810124	810133	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017361	ATGGT	2	10	812124	812133	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017361	ATTTA	2	10	817471	817480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017361	TATTT	2	10	830122	830131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017361	ATCAA	2	10	849851	849860	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017361	ATTTT	2	10	853277	853286	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017361	TGATT	2	10	857437	857446	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017361	TATAA	2	10	860346	860355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017361	CGCTT	2	10	866156	866165	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017361	TTTGT	2	10	872977	872986	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017361	GTCAA	2	10	876531	876540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017361	TAAAA	2	10	882599	882608	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017361	TTAAA	2	10	923025	923034	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017361	AAAAC	2	10	923117	923126	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017361	GATAG	2	10	924730	924739	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017361	AAAAT	2	10	926466	926475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017361	TGGTT	2	10	926481	926490	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017361	ATTTT	2	10	931731	931740	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017361	TTGTT	2	10	933641	933650	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017361	AAGTT	2	10	934402	934411	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017361	TATAT	2	10	934677	934686	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017361	ATAAC	2	10	951868	951877	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017361	CAATA	2	10	973032	973041	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017361	TTAGT	2	10	1000096	1000105	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_017361	CTAAA	2	10	1013946	1013955	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.