MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori 52 chromosome

Total Repeats: 202

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017354	TTTTA	2	10	4954	4963	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017354	GCTTT	2	10	13689	13698	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017354	AAATT	2	10	30287	30296	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017354	TTAAA	2	10	69532	69541	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017354	ACAAA	2	10	69549	69558	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017354	TATCC	2	10	71972	71981	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017354	GGTGG	2	10	77684	77693	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017354	CAAAA	2	10	82540	82549	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017354	TTTTA	2	10	85476	85485	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017354	TAAGA	2	10	101937	101946	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017354	TAAAA	2	10	102008	102017	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017354	GGCTT	2	10	106410	106419	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017354	AATTT	2	10	111119	111128	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017354	TTAAT	2	10	126118	126127	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017354	CAAAT	2	10	165843	165852	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017354	AATCT	2	10	171689	171698	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017354	CAAAA	2	10	173111	173120	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017354	TTTAA	2	10	190049	190058	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017354	CAAAA	2	10	190076	190085	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017354	TTTAA	2	10	193104	193113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017354	AAACA	2	10	217313	217322	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017354	TTAAA	2	10	219665	219674	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017354	CCTAA	2	10	225870	225879	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017354	TCGGC	2	10	225915	225924	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017354	CCTGG	2	10	226161	226170	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017354	ATCTT	2	10	226363	226372	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017354	CTTAA	2	10	242279	242288	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017354	CTAAC	2	10	250051	250060	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017354	AAATT	2	10	260732	260741	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017354	AAATA	2	10	288461	288470	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017354	GTTTT	2	10	294070	294079	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017354	TTATA	2	10	335455	335464	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017354	GACTT	2	10	335746	335755	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017354	AAGTT	2	10	341937	341946	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017354	TAGGG	2	10	352422	352431	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017354	TAAAA	2	10	380286	380295	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017354	GTTAA	2	10	381420	381429	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017354	AAAGG	2	10	432798	432807	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017354	TCTTG	2	10	439240	439249	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017354	ATAAA	2	10	444614	444623	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017354	AAAAT	2	10	444648	444657	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017354	TTTTG	2	10	452288	452297	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017354	ATCAA	2	10	453914	453923	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017354	TTTTG	2	10	454299	454308	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017354	TAAGA	2	10	455042	455051	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017354	TAACA	2	10	465240	465249	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017354	AATAA	2	10	466630	466639	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017354	TAAAA	2	10	466724	466733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017354	AAAAT	2	10	471380	471389	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017354	AAAAT	2	10	491904	491913	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017354	TAAAA	2	10	519655	519664	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017354	TTTAA	2	10	528065	528074	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017354	ATTTT	2	10	528173	528182	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017354	AAATA	2	10	528386	528395	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017354	TGATT	2	10	529989	529998	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017354	AAATC	2	10	530235	530244	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017354	ATAAA	2	10	582216	582225	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017354	TGAGA	2	10	582251	582260	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017354	TCGTA	2	10	585272	585281	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017354	AAAAC	2	10	587225	587234	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017354	ATTAA	2	10	587253	587262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017354	GCATC	2	10	587875	587884	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017354	TAAAA	2	10	591468	591477	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017354	ATTGT	2	10	604398	604407	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017354	AAAGA	2	10	607516	607525	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017354	GTTTT	2	10	634896	634905	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017354	TATAG	2	10	641850	641859	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017354	TAAAT	2	10	646065	646074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017354	TTTAA	2	10	651818	651827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017354	TTGAT	2	10	654260	654269	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017354	ATCTT	2	10	657228	657237	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017354	TAGAA	2	10	667978	667987	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017354	GTTTT	2	10	678498	678507	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017354	TTAAT	2	10	684341	684350	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017354	AAACA	2	10	689018	689027	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017354	CTTTT	2	10	690144	690153	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017354	ATTAA	2	10	732482	732491	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017354	TTAAA	2	10	756128	756137	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017354	AAGCG	2	10	788142	788151	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017354	CCTTA	2	10	788254	788263	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017354	TAAAA	2	10	791303	791312	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017354	TGTCT	2	10	791779	791788	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017354	TACAA	2	10	823979	823988	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017354	TAAAA	2	10	828196	828205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017354	ATAGC	2	10	828230	828239	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017354	ATTAA	2	10	829721	829730	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017354	AATTT	2	10	830826	830835	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017354	AATGC	2	10	834894	834903	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017354	GTTTG	2	10	834953	834962	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017354	TATTT	2	10	848084	848093	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017354	TTGTT	2	10	850922	850931	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017354	TTGAA	2	10	877311	877320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017354	AATAT	2	10	883905	883914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017354	AGTTA	2	10	891559	891568	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017354	AAACT	2	10	895896	895905	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017354	CTAAA	2	10	900949	900958	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017354	TATAA	2	10	903406	903415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017354	CTAAT	2	10	908808	908817	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017354	AAAAG	2	10	914955	914964	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017354	ATTGA	2	10	917471	917480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017354	ATAAA	2	10	917921	917930	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017354	TCGTA	2	10	920603	920612	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017354	TAAAA	2	10	923177	923186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017354	CAAGG	2	10	926146	926155	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017354	AAAAC	2	10	927097	927106	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017354	TTTGT	2	10	935777	935786	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017354	TCAAG	2	10	954982	954991	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017354	ACTTA	2	10	988503	988512	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017354	TTAGT	2	10	999538	999547	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017354	AAACC	2	10	1010250	1010259	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017354	TTCAA	2	10	1011678	1011687	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017354	CTCAT	2	10	1011908	1011917	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017354	TCACT	2	10	1013387	1013396	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017354	TACTT	2	10	1013685	1013694	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017354	TAAAT	2	10	1014081	1014090	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017354	TTGAT	2	10	1016691	1016700	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017354	AACGA	2	10	1017775	1017784	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017354	TAGCT	2	10	1035204	1035213	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017354	AAAAT	2	10	1040102	1040111	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017354	AATTG	2	10	1057431	1057440	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017354	TAAAA	2	10	1072508	1072517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017354	TGAAA	2	10	1086766	1086775	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017354	ATTAA	2	10	1087156	1087165	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017354	AAATC	2	10	1102161	1102170	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017354	ATTAA	2	10	1107028	1107037	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017354	CAAAG	2	10	1111319	1111328	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017354	AAAAC	2	10	1117863	1117872	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017354	GATTT	2	10	1136587	1136596	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017354	AATTT	2	10	1136623	1136632	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017354	CAAAA	2	10	1137079	1137088	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017354	CACGA	2	10	1137647	1137656	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017354	TTACC	2	10	1138445	1138454	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017354	TTAAA	2	10	1146909	1146918	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017354	AAAAG	2	10	1148500	1148509	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017354	TAAAC	2	10	1165797	1165806	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017354	ATTTA	2	10	1169801	1169810	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017354	TTAAT	2	10	1172566	1172575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017354	TATTT	2	10	1172602	1172611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017354	TTGTG	2	10	1172634	1172643	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017354	TAGTT	2	10	1178616	1178625	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017354	AAATC	2	10	1178665	1178674	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017354	CCAAT	2	10	1187389	1187398	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017354	TTTGA	2	10	1189407	1189416	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017354	TAGCG	2	10	1189760	1189769	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017354	TCAAA	2	10	1189829	1189838	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017354	GCATC	2	10	1190012	1190021	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017354	AATCC	2	10	1204732	1204741	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017354	CTAGA	2	10	1205284	1205293	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_017354	CCTCC	2	10	1207529	1207538	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
150	NC_017354	TAATA	2	10	1209628	1209637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_017354	TAAAA	2	10	1240520	1240529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_017354	CATGC	2	10	1260609	1260618	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_017354	TAAGC	2	10	1278592	1278601	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_017354	TATAT	2	10	1304438	1304447	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017354	TTATT	2	10	1305046	1305055	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017354	AATAA	2	10	1305439	1305448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017354	TTTAA	2	10	1309956	1309965	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017354	AAAAT	2	10	1328724	1328733	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017354	GATTG	2	10	1352443	1352452	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017354	TGTGA	2	10	1352519	1352528	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017354	ATTAA	2	10	1352707	1352716	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_017354	ATTTT	2	10	1354953	1354962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017354	ATTTT	2	10	1354973	1354982	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017354	AAACC	2	10	1355796	1355805	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_017354	CTCAT	2	10	1357454	1357463	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
173	NC_017354	TCACT	2	10	1358933	1358942	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
174	NC_017354	TACTT	2	10	1359231	1359240	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
175	NC_017354	TAAAT	2	10	1359627	1359636	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017354	CAAAC	2	10	1367561	1367570	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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181	NC_017354	TTACC	2	10	1391039	1391048	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
182	NC_017354	CAGAT	2	10	1408081	1408090	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_017354	TTTTC	2	10	1408304	1408313	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017354	ATGTT	2	10	1409059	1409068	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017354	TATAT	2	10	1419184	1419193	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017354	CTTTT	2	10	1435864	1435873	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_017354	ATAAA	2	10	1443057	1443066	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017354	TTATT	2	10	1448098	1448107	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017354	AGTCT	2	10	1451412	1451421	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
190	NC_017354	TAATA	2	10	1458825	1458834	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017354	TATTT	2	10	1461545	1461554	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017354	AGTTT	2	10	1465864	1465873	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017354	GCTTG	2	10	1483535	1483544	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
194	NC_017354	TATAA	2	10	1494863	1494872	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017354	AGCCA	3	15	1513636	1513650	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
196	NC_017354	AAGAT	2	10	1513839	1513848	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_017354	AATCA	2	10	1515474	1515483	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
198	NC_017354	TTAAA	2	10	1549398	1549407	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_017354	TTTTG	2	10	1563320	1563329	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
200	NC_017354	ATAAA	2	10	1563415	1563424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_017354	TAAAA	3	15	1567369	1567383	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_017354	TTAAA	2	10	1567786	1567795	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.