MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Hydrogenobacter thermophilus TK-6 chromosome

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017161	ATATA	2	10	35886	35895	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017161	GGCAG	2	10	50275	50284	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017161	AGGTT	2	10	60720	60729	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017161	TATAT	2	10	79362	79371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017161	TTTAA	2	10	79456	79465	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017161	TACAT	2	10	135569	135578	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017161	ATATT	2	10	201799	201808	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017161	CGTGC	2	10	242572	242581	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017161	ATACC	2	10	243514	243523	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017161	CTCGG	2	10	244223	244232	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017161	TTTCC	2	10	246267	246276	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017161	CTGAC	2	10	247099	247108	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017161	CACGA	2	10	247220	247229	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017161	GCAGA	2	10	248092	248101	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017161	TCTAC	2	10	269218	269227	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017161	TATAC	2	10	276917	276926	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017161	CTTTT	2	10	321423	321432	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017161	CTCAG	2	10	322034	322043	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017161	AAACT	2	10	322634	322643	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017161	ATTAT	2	10	333453	333462	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017161	GCTGT	2	10	352875	352884	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017161	AGTAA	2	10	353243	353252	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017161	GCTGT	2	10	384007	384016	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017161	ATATT	2	10	437267	437276	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017161	CATTC	2	10	488083	488092	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017161	GTCAA	2	10	506468	506477	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017161	TTGAC	2	10	507686	507695	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017161	CCGAG	2	10	513434	513443	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017161	GCTCA	2	10	535109	535118	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017161	TATGG	2	10	561213	561222	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017161	TATAT	2	10	570311	570320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017161	TATAA	2	10	659083	659092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017161	TATAA	2	10	681775	681784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017161	CACTG	2	10	803489	803498	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017161	GTAAA	2	10	809805	809814	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017161	ACCAC	2	10	809910	809919	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_017161	GAAGG	2	10	810124	810133	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017161	TTATA	2	10	818357	818366	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017161	ACCCC	2	10	818518	818527	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
40	NC_017161	ATATA	2	10	843387	843396	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017161	GGCAA	2	10	845242	845251	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017161	GGGGT	2	10	849151	849160	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017161	TAAAA	2	10	904098	904107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017161	TTATA	2	10	930483	930492	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017161	CTTAA	2	10	944034	944043	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017161	CTTTC	2	10	944277	944286	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017161	GCAAG	2	10	944441	944450	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017161	GCACA	2	10	944555	944564	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017161	TATGA	2	10	956117	956126	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017161	TCTTT	2	10	959162	959171	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017161	ATATT	2	10	959807	959816	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017161	ATATC	2	10	999410	999419	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017161	AAAAG	2	10	1026438	1026447	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017161	GATAA	2	10	1026979	1026988	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017161	ACTTA	2	10	1033126	1033135	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017161	AAGAC	2	10	1036480	1036489	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017161	AGGTA	2	10	1036851	1036860	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017161	AACAG	2	10	1038517	1038526	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017161	AGGAT	2	10	1039264	1039273	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017161	AAAAT	2	10	1045573	1045582	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017161	TTAAT	2	10	1045615	1045624	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017161	AAACT	2	10	1099571	1099580	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017161	CTTTT	2	10	1205942	1205951	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017161	AAGGT	2	10	1206385	1206394	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017161	TATAA	2	10	1209106	1209115	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017161	AATAT	2	10	1213691	1213700	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017161	CAGTA	2	10	1213810	1213819	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017161	TATAA	2	10	1254350	1254359	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017161	GCTGT	2	10	1260936	1260945	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017161	GAAAA	2	10	1284699	1284708	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017161	TTTTA	2	10	1295467	1295476	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017161	TTATC	2	10	1336430	1336439	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017161	GCCCA	2	10	1336881	1336890	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
74	NC_017161	TTAAA	2	10	1342706	1342715	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017161	TTTAA	2	10	1369104	1369113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017161	AAACA	2	10	1436050	1436059	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017161	TCCGA	2	10	1436441	1436450	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017161	CCGCC	2	10	1449684	1449693	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
79	NC_017161	TTAAT	2	10	1489279	1489288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017161	GCATA	2	10	1526714	1526723	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017161	AAGAA	2	10	1568827	1568836	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017161	AAAGC	2	10	1611226	1611235	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017161	TATCA	2	10	1615870	1615879	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017161	TATAA	2	10	1666119	1666128	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017161	ATATA	2	10	1714071	1714080	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.