MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 plasmid phalar01

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015955	TATAT	2	10	1342	1351	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015955	TTCGG	2	10	7915	7924	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015955	GATAA	2	10	8993	9002	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015955	TAAAA	2	10	28156	28165	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015955	AGACA	2	10	29660	29669	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015955	TTTTA	2	10	30123	30132	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015955	TTCGC	2	10	62671	62680	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015955	TGGAT	2	10	68065	68074	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015955	CTCCG	2	10	72353	72362	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_015955	TCGCT	2	10	72366	72375	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015955	TCGAA	2	10	74784	74793	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015955	TTTGG	2	10	74888	74897	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015955	AAGCG	2	10	81791	81800	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015955	AAACA	2	10	97407	97416	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015955	AAACG	2	10	99242	99251	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015955	TCCCA	2	10	99634	99643	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_015955	TGATG	2	10	111089	111098	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015955	ACTGT	2	10	117906	117915	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015955	AAAGA	2	10	118394	118403	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015955	GATTT	2	10	142799	142808	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015955	CCATC	2	10	143435	143444	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_015955	TCGAC	2	10	149148	149157	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015955	GGTTT	2	10	170690	170699	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015955	TGGTA	2	10	191179	191188	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015955	CCGTG	2	10	193918	193927	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015955	GGGCG	2	10	195231	195240	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015955	ATTCG	2	10	198687	198696	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015955	TCCGT	2	10	206549	206558	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015955	TGTGG	2	10	206988	206997	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015955	GTATA	2	10	211269	211278	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015955	ATTGT	2	10	216281	216290	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015955	AAGCG	2	10	216635	216644	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015955	GCTGG	2	10	230093	230102	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015955	GAGTG	2	10	254801	254810	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015955	GCTGT	2	10	255652	255661	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015955	ACGAT	2	10	266057	266066	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015955	ACGGC	2	10	289676	289685	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015955	TGAGT	2	10	294600	294609	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015955	CGGAG	2	10	295512	295521	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015955	CGGAG	2	10	299090	299099	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015955	GTGGC	2	10	302036	302045	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015955	AATGG	2	10	303423	303432	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015955	CCGAT	2	10	303455	303464	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015955	CGCTC	2	10	325491	325500	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_015955	ATACC	2	10	327624	327633	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015955	ACACG	2	10	336834	336843	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015955	TCGCT	2	10	340910	340919	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015955	CCCCT	2	10	350689	350698	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_015955	CATTG	2	10	363230	363239	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015955	TCACT	2	10	364381	364390	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015955	TGGGA	2	10	365199	365208	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015955	TTCAT	2	10	368374	368383	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015955	GGTGT	2	10	373779	373788	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015955	AGATC	2	10	375338	375347	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015955	GTATC	2	10	391179	391188	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_015955	GACCC	2	10	410014	410023	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_015955	GCACC	2	10	410030	410039	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_015955	GCTAC	2	10	410381	410390	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015955	TCTAT	2	10	428674	428683	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015955	CGATA	2	10	441658	441667	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015955	AATGC	2	10	456828	456837	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015955	CGGCA	2	10	458290	458299	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015955	GAGTG	2	10	469166	469175	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015955	GTAGG	2	10	470159	470168	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015955	AATTC	2	10	475582	475591	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015955	AGTAT	2	10	481218	481227	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015955	TTGTT	2	10	484088	484097	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015955	CGGAG	2	10	497855	497864	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015955	TCGGT	2	10	506533	506542	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015955	AAGTT	2	10	506637	506646	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015955	GTTCC	2	10	509611	509620	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015955	CTTCA	2	10	511184	511193	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_015955	GTAGG	2	10	511258	511267	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015955	GCCAC	2	10	515426	515435	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_015955	TGGAT	2	10	530177	530186	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015955	GAACC	2	10	537688	537697	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_015955	GCGGG	2	10	541249	541258	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015955	TCCTT	2	10	541554	541563	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015955	CAGAA	2	10	546214	546223	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015955	GTCGG	2	10	566535	566544	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015955	ACGAG	2	10	570840	570849	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015955	TTCGA	2	10	575960	575969	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015955	GGGTC	2	10	582638	582647	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015955	TCCAG	2	10	603837	603846	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015955	AAACA	2	10	610125	610134	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_015955	ACGAG	2	10	618450	618459	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015955	TAATA	2	10	624684	624693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015955	GGGCT	2	10	633727	633736	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015955	GAGAT	2	10	637655	637664	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015955	AGCGT	2	10	638121	638130	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015955	CTGGA	2	10	639168	639177	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015955	GTCCC	2	10	647683	647692	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_015955	CGCTA	2	10	650704	650713	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_015955	GTGCG	2	10	650843	650852	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_015955	GTGGG	2	10	654083	654092	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015955	AATTT	2	10	700172	700181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.