MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 chromosome

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015954	AGGTGG	2	12	13327	13338	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015954	CAGAGC	2	12	19494	19505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015954	CGGTGT	2	12	94601	94612	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015954	CGGTGT	2	12	102911	102922	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_015954	GTCCCT	2	12	111452	111463	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_015954	CTGGGG	2	12	115140	115151	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015954	GGGAGG	2	12	118161	118172	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015954	CGAACA	2	12	124005	124016	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015954	GGCATC	2	12	138855	138866	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015954	CTCATC	2	12	142190	142201	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015954	GTCGCC	2	12	152466	152477	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015954	CGACGG	2	12	155820	155831	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015954	GTTCCA	2	12	185321	185332	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015954	GCGAGG	2	12	187910	187921	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015954	ACGATT	2	12	191285	191296	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015954	AGAGAT	2	12	204794	204805	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015954	CAGCGC	2	12	296543	296554	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015954	CCGAGC	2	12	335399	335410	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015954	CGACTC	2	12	337868	337879	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_015954	CGACGG	2	12	352429	352440	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015954	CCGAGG	2	12	352446	352457	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015954	CCCGGC	2	12	385157	385168	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_015954	TTCACT	2	12	436539	436550	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_015954	CGTCTC	2	12	471129	471140	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015954	CGTCTC	2	12	474040	474051	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_015954	GAAGAT	2	12	474411	474422	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015954	AGCCAG	2	12	479603	479614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015954	TCCGGG	2	12	503295	503306	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015954	CTATTA	2	12	535058	535069	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015954	GCCGTC	2	12	558776	558787	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015954	CGTCTC	2	12	565810	565821	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015954	CATACT	2	12	661263	661274	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015954	GCGTTG	2	12	676155	676166	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015954	GATTTG	2	12	676895	676906	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015954	GTGAAC	2	12	683807	683818	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015954	TCGGTG	2	12	694820	694831	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015954	TGGTCT	2	12	746267	746278	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015954	ACGCGT	2	12	747702	747713	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015954	GCTCCG	2	12	795960	795971	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015954	TGAAAG	2	12	808277	808288	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015954	CGACCC	2	12	831207	831218	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_015954	TTTATA	2	12	846025	846036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015954	GGCGCG	2	12	848543	848554	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015954	GCCGAA	2	12	890041	890052	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015954	CGACGG	2	12	948363	948374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015954	CGTCGC	2	12	970170	970181	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_015954	GCTCGC	2	12	975192	975203	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015954	TTCCCG	2	12	1049861	1049872	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_015954	CAACAC	2	12	1061211	1061222	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015954	GCGCGA	2	12	1085065	1085076	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_015954	GGAGGT	2	12	1173520	1173531	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015954	CGTCCA	2	12	1183136	1183147	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015954	CGTTCA	2	12	1190922	1190933	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015954	CGATCA	2	12	1196094	1196105	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015954	GCGGTG	2	12	1204234	1204245	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015954	TCCTGC	2	12	1232212	1232223	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015954	ATATCG	2	12	1276902	1276913	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015954	CTGTGC	2	12	1282182	1282193	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015954	TGGAGA	2	12	1308170	1308181	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015954	GTCTCG	2	12	1308841	1308852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015954	CCCGCA	2	12	1313204	1313215	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_015954	CGCCGT	3	18	1317597	1317614	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015954	GATGGC	2	12	1340932	1340943	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015954	CGGCAG	2	12	1341322	1341333	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015954	CCGAAG	2	12	1386536	1386547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015954	GACCAA	2	12	1386621	1386632	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015954	CGACTC	2	12	1451680	1451691	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015954	GTTGGC	2	12	1455932	1455943	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_015954	CGAATG	2	12	1456185	1456196	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015954	TGTAGT	2	12	1461031	1461042	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015954	CGACGG	2	12	1474459	1474470	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015954	CGCATC	2	12	1487594	1487605	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_015954	GTCATC	2	12	1487653	1487664	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015954	CGTCAG	2	12	1529247	1529258	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015954	CGTGCT	2	12	1534809	1534820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015954	TACCGG	2	12	1567588	1567599	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015954	GAGCCA	2	12	1567788	1567799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015954	CGAAGC	2	12	1602930	1602941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015954	ACCGAG	2	12	1602973	1602984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_015954	CGCGCC	2	12	1621512	1621523	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_015954	GGCGTT	2	12	1622639	1622650	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015954	CGAACT	2	12	1623099	1623110	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_015954	GTGGCC	2	12	1635066	1635077	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015954	TGACGA	2	12	1643355	1643366	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015954	CCAGCG	2	12	1643811	1643822	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_015954	ATCGCC	2	12	1643956	1643967	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_015954	GTTTGG	3	18	1644431	1644448	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015954	GAACCA	2	12	1660835	1660846	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015954	CGTCTC	2	12	1672908	1672919	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_015954	GGTTCG	2	12	1744403	1744414	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015954	TACGAC	2	12	1745574	1745585	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015954	TTCGGT	2	12	1747021	1747032	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015954	GTTGCT	2	12	1762002	1762013	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_015954	CGACCG	2	12	1781961	1781972	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015954	CGGTGG	2	12	1799713	1799724	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_015954	GCGGGT	2	12	1812746	1812757	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015954	CGGTTG	2	12	1821082	1821093	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015954	CGTCGG	2	12	1821418	1821429	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015954	TCGGCG	2	12	1824569	1824580	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015954	CACGGC	2	12	1826695	1826706	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015954	GCGTCG	2	12	1877136	1877147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015954	GGCGTC	2	12	1898265	1898276	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015954	CGTCCT	2	12	1901836	1901847	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_015954	AGCGCG	2	12	1904627	1904638	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015954	CCGTAT	2	12	1930060	1930071	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_015954	CCAAGG	2	12	1954615	1954626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015954	CGCGGC	2	12	1954651	1954662	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_015954	AACACG	2	12	1955982	1955993	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_015954	TCGGAG	2	12	1956287	1956298	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015954	GAGCGC	2	12	1979509	1979520	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015954	TCGTGC	2	12	1980097	1980108	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_015954	GATTTA	2	12	1993872	1993883	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015954	GCTCGC	2	12	2005069	2005080	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015954	TCCGCG	2	12	2005583	2005594	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_015954	CGACAG	2	12	2013150	2013161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015954	TCGGCG	2	12	2019587	2019598	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_015954	GTCGCT	2	12	2032803	2032814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015954	GGCGTA	2	12	2034003	2034014	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015954	GATCTG	2	12	2077366	2077377	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015954	GTGGCC	2	12	2090272	2090283	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015954	CGACCC	2	12	2144805	2144816	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_015954	CAAGGA	2	12	2145724	2145735	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015954	ACCCCC	2	12	2156046	2156057	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
124	NC_015954	ACCCCC	2	12	2156235	2156246	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
125	NC_015954	ATGCCA	2	12	2227091	2227102	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015954	GACGGC	2	12	2227639	2227650	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015954	GTATAT	2	12	2299642	2299653	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015954	AGTCCG	2	12	2299853	2299864	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_015954	CAATCG	2	12	2336081	2336092	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015954	CGGCGT	2	12	2364094	2364105	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015954	CGGCAC	2	12	2397667	2397678	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_015954	TTTCAC	2	12	2399402	2399413	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_015954	ACGGCG	2	12	2403553	2403564	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015954	GTCGAT	2	12	2403935	2403946	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_015954	GGAAGC	2	12	2428760	2428771	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_015954	GCTGTC	2	12	2523428	2523439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_015954	GGCGAC	2	12	2529027	2529038	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015954	CAATCT	2	12	2531499	2531510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_015954	CGCGAG	2	12	2551415	2551426	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015954	TTTCAC	2	12	2564079	2564090	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_015954	GCGCCC	2	12	2565183	2565194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
142	NC_015954	CGGCCA	2	12	2573684	2573695	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
143	NC_015954	GCGACG	2	12	2586824	2586835	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_015954	GAACGC	2	12	2587053	2587064	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015954	CCGGTT	2	12	2606931	2606942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_015954	TCGAAC	2	12	2608420	2608431	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_015954	TACCGA	2	12	2617643	2617654	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015954	TCGAGC	2	12	2637770	2637781	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_015954	AGGCCG	2	12	2657427	2657438	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_015954	CGGTGA	2	12	2673101	2673112	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_015954	AGGCGG	2	12	2701934	2701945	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_015954	GGTCCA	2	12	2768167	2768178	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_015954	GTGTGC	2	12	2772125	2772136	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_015954	GATTGG	2	12	2777277	2777288	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015954	AGGGGT	2	12	2785829	2785840	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015954	GGGTTC	2	12	2785845	2785856	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_015954	CTTCTG	2	12	2789001	2789012	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_015954	GGAGGG	2	12	2798185	2798196	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015954	GTTCTC	2	12	2807183	2807194	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_015954	AGCCCA	2	12	2809493	2809504	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
161	NC_015954	CCCGTT	2	12	2828585	2828596	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
162	NC_015954	GCTGTC	2	12	2845508	2845519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_015954	TCGGTC	2	12	2845562	2845573	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_015954	CCTGCG	2	12	2845818	2845829	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
165	NC_015954	CGACGC	2	12	2846151	2846162	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
166	NC_015954	GGCGAC	2	12	2847634	2847645	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_015954	CCAGCT	2	12	2858540	2858551	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
168	NC_015954	AGCCCG	2	12	2876227	2876238	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
169	NC_015954	TTCGGC	2	12	2880631	2880642	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_015954	GCCGAA	2	12	2897368	2897379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.