MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halophilic archaeon DL31 chromosome

Total Repeats: 1589

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015954	ACTG	2	8	1190	1197	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015954	CATC	2	8	1231	1238	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015954	GGTA	2	8	1506	1513	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015954	ACCG	2	8	3814	3821	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015954	TTCG	3	12	10753	10764	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015954	GTCC	2	8	12571	12578	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_015954	ACGG	2	8	14268	14275	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015954	GATA	2	8	15887	15894	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015954	TCAG	2	8	17126	17133	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015954	GGCA	2	8	19574	19581	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_015954	TCGC	2	8	19829	19836	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015954	TCGC	2	8	19879	19886	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_015954	CCCG	2	8	22230	22237	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_015954	GACG	2	8	22872	22879	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015954	CGGC	2	8	24583	24590	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015954	CGCT	2	8	24624	24631	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015954	CGCT	2	8	24649	24656	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015954	TCGC	2	8	24665	24672	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015954	GACT	2	8	27690	27697	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_015954	GGCG	2	8	27722	27729	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015954	AGCC	2	8	29989	29996	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015954	CTCA	2	8	31269	31276	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_015954	GCTC	2	8	31312	31319	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015954	CGTT	2	8	31474	31481	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_015954	TTCT	2	8	41131	41138	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_015954	ACCG	2	8	48308	48315	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_015954	AGGC	2	8	50683	50690	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015954	GGGC	2	8	52381	52388	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_015954	GGCC	2	8	67581	67588	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_015954	ACCC	2	8	67624	67631	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_015954	AGCG	2	8	68771	68778	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015954	AGGG	2	8	70689	70696	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015954	GCGG	2	8	75458	75465	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015954	GTTG	2	8	75484	75491	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015954	GCCA	2	8	75912	75919	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_015954	AGGC	2	8	76067	76074	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015954	CGGG	2	8	83846	83853	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015954	ATAA	2	8	88169	88176	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015954	ACCT	2	8	88364	88371	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_015954	GTCG	2	8	94585	94592	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_015954	GAAC	2	8	94702	94709	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_015954	TCGC	2	8	95248	95255	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015954	TCGC	2	8	95319	95326	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015954	TCGC	2	8	95390	95397	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015954	TCGC	2	8	95461	95468	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015954	TCGG	2	8	96158	96165	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015954	TTCC	2	8	96318	96325	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015954	GCAG	2	8	97893	97900	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015954	AGCG	2	8	103133	103140	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015954	CCGG	2	8	104944	104951	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015954	GAAA	2	8	106908	106915	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015954	CGAC	2	8	110781	110788	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_015954	CCGC	2	8	111238	111245	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_015954	CAGA	2	8	113569	113576	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_015954	GTCC	2	8	113647	113654	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_015954	AGCC	2	8	114980	114987	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015954	TCAC	2	8	115086	115093	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015954	ACCA	2	8	115249	115256	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015954	GCCA	2	8	116061	116068	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_015954	CGAC	2	8	118216	118223	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_015954	CGGG	2	8	118585	118592	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015954	AGTC	2	8	120369	120376	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015954	CGGC	2	8	120533	120540	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_015954	GTTG	2	8	124043	124050	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015954	TCGA	2	8	125297	125304	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015954	AGGC	2	8	130942	130949	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015954	GCAG	2	8	135204	135211	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_015954	TGCG	2	8	137375	137382	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015954	TGCC	2	8	137384	137391	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_015954	TGAC	2	8	137414	137421	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015954	GCGG	2	8	137510	137517	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015954	CCCG	2	8	138907	138914	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
73	NC_015954	GTCG	2	8	139048	139055	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015954	CCGT	2	8	139268	139275	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_015954	CGAC	2	8	139283	139290	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_015954	ACAT	2	8	139564	139571	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_015954	GTAA	2	8	141444	141451	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015954	ACGT	3	12	142100	142111	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015954	GTAC	4	16	142126	142141	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015954	CCAT	2	8	142275	142282	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_015954	GCCT	2	8	142423	142430	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015954	TAAC	2	8	144546	144553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015954	GAAC	2	8	149364	149371	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015954	GGCG	2	8	152497	152504	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015954	CGTT	2	8	154929	154936	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_015954	GGTG	2	8	154954	154961	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015954	CGGA	2	8	157442	157449	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015954	CTCC	2	8	161261	161268	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
89	NC_015954	AGAA	2	8	161404	161411	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015954	CGAA	2	8	163034	163041	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015954	GAGG	2	8	163059	163066	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015954	TCCC	2	8	163288	163295	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
93	NC_015954	TGGC	2	8	164033	164040	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_015954	ACCT	2	8	165593	165600	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015954	GTCA	2	8	167101	167108	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015954	GCCA	2	8	167462	167469	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015954	GGAT	2	8	172668	172675	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015954	ACCC	2	8	173932	173939	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_015954	ACCG	2	8	175114	175121	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015954	CGAA	2	8	178741	178748	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_015954	ACGG	2	8	183043	183050	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015954	CGAG	2	8	185149	185156	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015954	TCGG	2	8	185186	185193	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_015954	CCTA	2	8	186304	186311	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_015954	GGCT	2	8	187645	187652	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_015954	GACC	2	8	187693	187700	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015954	CGTG	2	8	187895	187902	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015954	CGGC	2	8	188461	188468	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_015954	CCCA	2	8	188508	188515	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_015954	GACG	2	8	190827	190834	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015954	GTCA	2	8	191337	191344	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_015954	CGGT	2	8	191949	191956	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_015954	CTCG	2	8	192643	192650	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015954	CGCC	2	8	192730	192737	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
115	NC_015954	CGAC	2	8	192781	192788	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015954	AACC	2	8	192794	192801	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_015954	CGTC	2	8	193390	193397	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_015954	CCGC	2	8	193656	193663	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
119	NC_015954	TACC	2	8	193976	193983	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015954	TGTC	2	8	194119	194126	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_015954	TTAG	2	8	204349	204356	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015954	ACGG	2	8	204697	204704	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_015954	CGAG	2	8	204890	204897	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_015954	GCGA	2	8	204902	204909	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015954	GAAG	2	8	205000	205007	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015954	GGGC	2	8	205134	205141	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
127	NC_015954	AAAC	2	8	208394	208401	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_015954	CCGC	2	8	224794	224801	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
129	NC_015954	CCGA	2	8	228310	228317	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_015954	ACAG	2	8	228378	228385	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_015954	GCAG	2	8	232760	232767	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015954	AGCC	2	8	233974	233981	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_015954	CTTT	2	8	235373	235380	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_015954	CGGG	2	8	241085	241092	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
135	NC_015954	GAGC	2	8	241218	241225	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_015954	GCCG	2	8	241283	241290	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015954	GAGC	2	8	241350	241357	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_015954	GCCG	2	8	241415	241422	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_015954	TGGG	2	8	241521	241528	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015954	TATT	2	8	242851	242858	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015954	TAAT	2	8	242864	242871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015954	CCGG	2	8	249397	249404	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_015954	CGGC	2	8	249557	249564	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_015954	CCGC	2	8	250031	250038	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
145	NC_015954	TGGT	2	8	251494	251501	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015954	GAGC	2	8	251888	251895	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_015954	TAGG	2	8	253995	254002	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015954	AATA	2	8	256916	256923	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015954	CAAC	2	8	268393	268400	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_015954	GCGG	3	12	272345	272356	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
151	NC_015954	GAAC	2	8	272698	272705	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_015954	GGCG	2	8	272801	272808	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
153	NC_015954	GTCC	2	8	272835	272842	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_015954	GCCA	2	8	275455	275462	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
155	NC_015954	CCGA	2	8	279452	279459	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
156	NC_015954	TGGA	2	8	279491	279498	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015954	CATA	2	8	279529	279536	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
158	NC_015954	GCAA	2	8	279732	279739	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
159	NC_015954	TTCG	2	8	282893	282900	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_015954	CATC	2	8	282952	282959	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
161	NC_015954	GCGA	2	8	288912	288919	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
162	NC_015954	GTGG	2	8	290730	290737	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
163	NC_015954	CGTC	2	8	304817	304824	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
164	NC_015954	CGTG	2	8	311320	311327	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
165	NC_015954	TCCT	2	8	311836	311843	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
166	NC_015954	ACGG	2	8	311863	311870	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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168	NC_015954	CGAG	2	8	313446	313453	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
169	NC_015954	TTCG	2	8	313842	313849	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_015954	CGAG	2	8	314072	314079	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
171	NC_015954	TGTA	2	8	315615	315622	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
172	NC_015954	TGTA	2	8	315686	315693	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
173	NC_015954	GGGA	2	8	316235	316242	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_015954	CGGT	2	8	329815	329822	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
176	NC_015954	CCGC	2	8	329841	329848	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
177	NC_015954	CGAC	2	8	330167	330174	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
178	NC_015954	CCGA	2	8	331966	331973	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
179	NC_015954	GGTC	2	8	332171	332178	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
180	NC_015954	CCGT	2	8	333862	333869	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
181	NC_015954	CGAG	2	8	335304	335311	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
182	NC_015954	ACCG	2	8	335367	335374	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
183	NC_015954	GCCG	2	8	335380	335387	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
184	NC_015954	TCGC	2	8	335422	335429	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
185	NC_015954	AGTG	2	8	335498	335505	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
186	NC_015954	TCGC	2	8	335693	335700	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
187	NC_015954	CACC	2	8	337428	337435	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
188	NC_015954	ACTT	2	8	338300	338307	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
189	NC_015954	ACAA	2	8	339924	339931	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
190	NC_015954	GCCG	2	8	349308	349315	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
191	NC_015954	GATC	2	8	349345	349352	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
192	NC_015954	CAGC	2	8	349498	349505	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
193	NC_015954	TCCC	2	8	352677	352684	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
194	NC_015954	CTGC	2	8	352710	352717	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
195	NC_015954	GTTT	2	8	361805	361812	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
196	NC_015954	GGTC	2	8	368791	368798	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
197	NC_015954	CGCT	2	8	377522	377529	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
198	NC_015954	TCGC	2	8	377538	377545	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
199	NC_015954	ACTG	2	8	380217	380224	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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201	NC_015954	ACTC	2	8	383246	383253	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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222	NC_015954	TCGG	2	8	445651	445658	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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236	NC_015954	CTTC	2	8	474731	474738	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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263	NC_015954	GCCC	2	8	556838	556845	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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284	NC_015954	AAAC	2	8	614859	614866	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
285	NC_015954	GAAG	2	8	615439	615446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_015954	TAGC	2	8	625557	625564	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
290	NC_015954	CATT	2	8	626766	626773	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
291	NC_015954	CGAG	2	8	626783	626790	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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295	NC_015954	GCTG	2	8	635126	635133	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
296	NC_015954	GACT	2	8	635276	635283	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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