MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA03

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015659	CTG	2	6	11	16	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015659	ACGC	2	8	32	39	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015659	ATTG	2	8	46	53	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015659	CG	3	6	102	107	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015659	ATT	2	6	155	160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015659	CGTGGC	2	12	394	405	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_015659	GCTAC	2	10	426	435	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015659	CGA	2	6	440	445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015659	GCC	2	6	467	472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_015659	CGAC	2	8	508	515	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015659	CG	3	6	1278	1283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_015659	AAG	2	6	3079	3084	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015659	CA	3	6	3097	3102	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_015659	CCA	2	6	4482	4487	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_015659	CG	3	6	4517	4522	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015659	ATG	2	6	4541	4546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015659	CGGC	2	8	5491	5498	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015659	CGA	2	6	5506	5511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015659	CTA	2	6	5520	5525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015659	CGGT	2	8	5692	5699	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015659	CG	3	6	5708	5713	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015659	GTCG	2	8	5727	5734	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015659	GA	3	6	5740	5745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015659	AG	3	6	7174	7179	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015659	CGG	2	6	7217	7222	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015659	GCA	2	6	7441	7446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015659	GCA	2	6	7458	7463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015659	CGG	2	6	7496	7501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015659	GTTA	2	8	7858	7865	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015659	GTG	2	6	7908	7913	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015659	GCA	2	6	7982	7987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015659	CGC	2	6	8003	8008	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_015659	GACG	2	8	8024	8031	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015659	CGAC	2	8	8550	8557	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015659	GCG	2	6	8606	8611	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015659	ACAA	2	8	8620	8627	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015659	GGT	2	6	8765	8770	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015659	TC	3	6	8786	8791	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_015659	GAG	2	6	8816	8821	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015659	ACG	2	6	8868	8873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015659	ACACA	2	10	9508	9517	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015659	GA	3	6	9552	9557	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015659	ACT	2	6	9559	9564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015659	GCG	2	6	9581	9586	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015659	GTA	2	6	9605	9610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015659	GGA	2	6	9630	9635	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015659	AAC	2	6	12023	12028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015659	CGA	2	6	12100	12105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015659	TC	3	6	19337	19342	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015659	GTG	2	6	19436	19441	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015659	CGC	2	6	19452	19457	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_015659	CAG	2	6	19553	19558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015659	TGAC	2	8	19586	19593	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015659	TAG	2	6	19680	19685	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015659	CCG	2	6	20281	20286	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_015659	CGC	2	6	20319	20324	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_015659	ACC	2	6	20327	20332	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_015659	TAC	2	6	20422	20427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015659	CGA	2	6	24653	24658	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015659	GGTG	2	8	24664	24671	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015659	GCC	2	6	24746	24751	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_015659	GT	3	6	24790	24795	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015659	CGGA	2	8	24833	24840	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015659	GCC	2	6	24847	24852	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_015659	CGT	2	6	24856	24861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015659	ATA	2	6	26377	26382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015659	GTC	2	6	28928	28933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015659	CGC	2	6	29021	29026	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_015659	GTA	2	6	29075	29080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015659	CAC	2	6	29101	29106	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_015659	CAC	2	6	29113	29118	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_015659	TCG	2	6	29121	29126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015659	CGG	2	6	30184	30189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015659	CGG	2	6	31554	31559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015659	TAT	2	6	31593	31598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015659	TCG	2	6	31640	31645	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015659	TCAC	2	8	32435	32442	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015659	TTTCAC	2	12	32745	32756	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015659	TTA	2	6	33160	33165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015659	TCG	2	6	33369	33374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_015659	TGAC	2	8	36249	36256	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015659	A	6	6	36270	36275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015659	ACC	2	6	36621	36626	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_015659	ATA	2	6	36658	36663	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015659	CGG	2	6	36687	36692	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015659	GCG	3	9	36774	36782	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015659	CAC	2	6	36784	36789	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_015659	GTT	2	6	36798	36803	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015659	CGC	2	6	36825	36830	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_015659	AG	3	6	36911	36916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015659	CCG	2	6	37628	37633	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_015659	CGAC	2	8	38138	38145	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_015659	ACG	2	6	38149	38154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015659	CGT	2	6	41531	41536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015659	GC	3	6	41563	41568	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015659	ACC	2	6	41602	41607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_015659	CGTT	2	8	41672	41679	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015659	CGG	2	6	41682	41687	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015659	TCCAA	2	10	41740	41749	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_015659	CAC	2	6	41866	41871	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_015659	ACT	2	6	43800	43805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015659	CG	3	6	43818	43823	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015659	CGG	2	6	44132	44137	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015659	CCAC	2	8	44145	44152	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_015659	TCCAG	2	10	44181	44190	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015659	TC	3	6	46105	46110	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015659	TCGT	2	8	46118	46125	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015659	CCG	2	6	46140	46145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_015659	CGC	2	6	46155	46160	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_015659	ACA	2	6	46173	46178	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_015659	GT	3	6	46206	46211	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015659	GC	3	6	46230	46235	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015659	GCG	2	6	46283	46288	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_015659	TCT	2	6	46309	46314	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015659	GCG	2	6	46338	46343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015659	CGG	2	6	51344	51349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_015659	GTC	2	6	51387	51392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_015659	CG	3	6	51413	51418	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015659	TCGT	2	8	51495	51502	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015659	GCA	2	6	51515	51520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015659	GTC	2	6	51561	51566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_015659	GTA	2	6	51672	51677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015659	CGC	2	6	51696	51701	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_015659	TCGT	2	8	51714	51721	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015659	TCA	2	6	51764	51769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015659	GCG	2	6	51853	51858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_015659	TCA	2	6	51890	51895	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_015659	AGCC	2	8	51907	51914	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_015659	GCG	2	6	51925	51930	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015659	CGA	2	6	51950	51955	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015659	GTC	2	6	51966	51971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015659	GGTC	2	8	52004	52011	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_015659	CTC	2	6	52023	52028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_015659	GCC	2	6	52075	52080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_015659	GATC	2	8	52115	52122	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_015659	CGA	2	6	52128	52133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_015659	GTC	2	6	52134	52139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015659	GAA	2	6	52143	52148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015659	CGG	2	6	52179	52184	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_015659	GGC	2	6	52185	52190	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_015659	TCG	2	6	52195	52200	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_015659	GCC	2	6	52221	52226	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_015659	GTC	2	6	52285	52290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_015659	TCG	2	6	52333	52338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015659	CGT	2	6	52401	52406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_015659	GTT	2	6	52428	52433	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015659	CGT	2	6	52437	52442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_015659	CT	3	6	52450	52455	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_015659	CGC	2	6	52512	52517	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_015659	CGGC	2	8	52523	52530	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_015659	ACG	2	6	52531	52536	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_015659	GAC	2	6	52545	52550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_015659	TC	3	6	54440	54445	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_015659	A	6	6	54529	54534	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_015659	TGA	2	6	56571	56576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015659	CGC	2	6	56609	56614	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_015659	CGC	2	6	56650	56655	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_015659	CGGT	2	8	56674	56681	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
159	NC_015659	GTC	2	6	56686	56691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_015659	G	6	6	57430	57435	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015659	GAC	2	6	57541	57546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_015659	GCC	2	6	57602	57607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
163	NC_015659	GTG	2	6	58084	58089	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_015659	TTGTG	2	10	59128	59137	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
165	NC_015659	TGGT	2	8	59145	59152	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_015659	TCC	2	6	59172	59177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
167	NC_015659	GTG	2	6	59194	59199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
168	NC_015659	CGG	3	9	59204	59212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_015659	GGC	3	9	59220	59228	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_015659	TGGA	2	8	59255	59262	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
171	NC_015659	ATGG	2	8	59265	59272	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
172	NC_015659	ACG	2	6	60391	60396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_015659	GCC	2	6	68692	68697	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
174	NC_015659	CGT	2	6	68733	68738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.