MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 chromosome

Total Repeats: 301

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015510	TACCTT	2	12	72085	72096	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015510	ACTCCG	2	12	74072	74083	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015510	AATTGA	2	12	95768	95779	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015510	AACTTG	2	12	128541	128552	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_015510	AAAAAC	2	12	174140	174151	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015510	TATTTT	2	12	175586	175597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015510	GAAAAA	2	12	209580	209591	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015510	TGTTTT	2	12	268430	268441	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015510	TGTTTG	2	12	274686	274697	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015510	GTCCTT	2	12	290049	290060	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015510	CGAAGC	2	12	354795	354806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015510	TTTGTT	2	12	418658	418669	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015510	TTTTTA	2	12	508899	508910	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015510	GTTTAC	2	12	554745	554756	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015510	AAACTA	2	12	554834	554845	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015510	CTCCCC	2	12	561820	561831	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
17	NC_015510	GGGGAA	2	12	571570	571581	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015510	GCTTTG	2	12	597905	597916	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015510	CCGCTC	2	12	620973	620984	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_015510	TTTATC	2	12	646962	646973	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015510	ATTTTA	2	12	651284	651295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015510	AAAAAC	2	12	689739	689750	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015510	TGCCCG	2	12	704176	704187	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015510	CTTTAA	2	12	753138	753149	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015510	CTTTTA	2	12	770061	770072	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015510	TTTATC	2	12	787422	787433	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015510	CTTTAA	2	12	813682	813693	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015510	TTCTAT	2	12	840108	840119	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_015510	TGCGTT	2	12	865339	865350	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015510	CAAAAC	2	12	883992	884003	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015510	TTTTTA	2	12	885702	885713	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015510	GGTAGC	2	12	935214	935225	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015510	TTGGGC	2	12	943203	943214	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015510	CTAAAA	2	12	943957	943968	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015510	AATAAA	2	12	961983	961994	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015510	CACTAA	2	12	963171	963182	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015510	CTTCAG	2	12	963525	963536	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015510	TTATTG	2	12	998204	998215	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015510	TTTCGA	2	12	1000837	1000848	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015510	TTGCAT	2	12	1001181	1001192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015510	GGTAGC	2	12	1017397	1017408	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015510	TAGGAA	2	12	1100783	1100794	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015510	TAAAAC	2	12	1101144	1101155	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_015510	GCTTCG	2	12	1197956	1197967	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015510	TTTTGT	2	12	1222166	1222177	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015510	AAACAA	2	12	1248583	1248594	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015510	GCCCAA	2	12	1270358	1270369	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015510	TAAAAC	2	12	1307239	1307250	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015510	AAAGTT	2	12	1347321	1347332	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015510	TAAAAT	2	12	1366674	1366685	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015510	GATCTT	2	12	1389500	1389511	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_015510	TTTGGG	2	12	1442233	1442244	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015510	AAAACA	2	12	1449078	1449089	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015510	ACTTCG	2	12	1481458	1481469	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015510	CGAAGT	2	12	1490994	1491005	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015510	ATGTTG	2	12	1501335	1501346	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015510	TCTCAA	2	12	1518086	1518097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015510	ACGTTA	2	12	1521712	1521723	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015510	AAAGAT	2	12	1529122	1529133	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015510	GCTTTA	2	12	1585574	1585585	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015510	TAAAAT	2	12	1614052	1614063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015510	GGCGAA	2	12	1617234	1617245	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_015510	GATAAT	2	12	1664677	1664688	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015510	AGTTTT	2	12	1679646	1679657	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015510	AAAAAC	2	12	1688627	1688638	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015510	AAAAAT	2	12	1727886	1727897	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015510	GTTTAT	2	12	1773782	1773793	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015510	AAAAGG	2	12	1823608	1823619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015510	TCTTTA	2	12	1842014	1842025	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015510	ATGAAT	2	12	1885275	1885286	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015510	GCTAAG	2	12	1890739	1890750	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_015510	TTTTCT	2	12	1958573	1958584	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015510	AGTTTT	2	12	1979501	1979512	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015510	GTTAAA	2	12	2001314	2001325	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015510	ACATTT	2	12	2019881	2019892	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_015510	TTCTCC	2	12	2043149	2043160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015510	CTAAAT	2	12	2187940	2187951	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015510	GCTAAA	2	12	2191413	2191424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015510	ATTTTA	2	12	2220400	2220411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015510	AAGGGA	2	12	2220452	2220463	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015510	CTTCCA	2	12	2237336	2237347	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015510	TAAAAC	2	12	2243348	2243359	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015510	TCGATA	2	12	2267642	2267653	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_015510	TTTTGG	2	12	2376976	2376987	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015510	TGATCA	2	12	2466691	2466702	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015510	GTAGAA	2	12	2494551	2494562	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015510	GACTTT	2	12	2497790	2497801	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015510	AGCCCA	2	12	2511721	2511732	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015510	AGCGAA	2	12	2537445	2537456	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_015510	TTGAGG	2	12	2587753	2587764	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015510	TTGAAC	2	12	2587919	2587930	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015510	CATTCA	2	12	2592124	2592135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015510	TATTTT	2	12	2615565	2615576	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015510	CCAAAT	2	12	2636624	2636635	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015510	TTTAAT	2	12	2691339	2691350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015510	CATACC	2	12	2713755	2713766	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015510	TGGGTG	2	12	2714325	2714336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015510	ATTTTA	2	12	2716716	2716727	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015510	AAAATA	2	12	2746145	2746156	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015510	GTCTGT	2	12	2885983	2885994	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015510	GTAAAA	2	12	2920600	2920611	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015510	AGCAAT	2	12	2943176	2943187	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_015510	CAGATC	2	12	2962143	2962154	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015510	GTAAAG	2	12	2982966	2982977	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015510	AATTTT	2	12	3006236	3006247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015510	TGTCAT	2	12	3028821	3028832	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_015510	TAAAAA	2	12	3071747	3071758	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015510	AATTTT	2	12	3092346	3092357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015510	CATACC	2	12	3097102	3097113	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_015510	AGACAT	2	12	3111021	3111032	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015510	CGAAGT	2	12	3121900	3121911	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015510	GATTTT	2	12	3145608	3145619	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015510	AAAATC	2	12	3145676	3145687	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015510	CAAAAA	2	12	3147661	3147672	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_015510	ACTTCG	2	12	3179782	3179793	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015510	TGTTTA	2	12	3180821	3180832	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015510	TTGATC	2	12	3235310	3235321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015510	GTGTGG	2	12	3245336	3245347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015510	TTGAGT	2	12	3278818	3278829	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015510	GGGTAA	2	12	3423588	3423599	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015510	TCCAAT	2	12	3428427	3428438	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_015510	TTTAGT	2	12	3436165	3436176	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015510	GTAAAG	2	12	3462479	3462490	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015510	TTTTAC	2	12	3533085	3533096	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015510	TAAGAC	2	12	3539772	3539783	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_015510	GGGTGT	4	24	3542014	3542037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015510	GAAAAT	2	12	3563344	3563355	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015510	GGATGA	2	12	3574087	3574098	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015510	GCCAAA	2	12	3575444	3575455	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_015510	GCTACC	2	12	3599493	3599504	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_015510	GTGTGG	3	18	3637070	3637087	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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133	NC_015510	AAACTT	2	12	3647985	3647996	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_015510	CATTAA	2	12	3673826	3673837	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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138	NC_015510	TATTTT	2	12	3804082	3804093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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140	NC_015510	AAAGTC	2	12	3843575	3843586	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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142	NC_015510	TTTTGG	2	12	3916181	3916192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015510	GCGAAA	2	12	3924533	3924544	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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153	NC_015510	CCGTGC	2	12	4225063	4225074	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
154	NC_015510	TAAAAC	2	12	4274403	4274414	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_015510	CGAAGT	2	12	4312210	4312221	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_015510	ATCTTC	2	12	4368936	4368947	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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158	NC_015510	GTTATT	2	12	4403175	4403186	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015510	GAAAAA	2	12	4516975	4516986	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_015510	TAAAAC	2	12	6895362	6895373	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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252	NC_015510	ACTCTA	2	12	7130806	7130817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.