MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR04

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014732	GTTC	2	8	9092	9099	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_014732	TATT	2	8	11114	11121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014732	CGAC	2	8	12316	12323	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_014732	CCGA	2	8	15696	15703	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_014732	GTAA	2	8	15835	15842	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014732	CTAA	2	8	15924	15931	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_014732	CGTT	2	8	18953	18960	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_014732	TGAC	2	8	19111	19118	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_014732	GACA	2	8	20346	20353	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014732	CAGA	2	8	21487	21494	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_014732	GCGT	2	8	21560	21567	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_014732	TGCG	2	8	26505	26512	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_014732	CTTT	2	8	26686	26693	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_014732	ACAG	2	8	31957	31964	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_014732	CCGT	2	8	40342	40349	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_014732	GCGA	2	8	40526	40533	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_014732	TTCG	2	8	44740	44747	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_014732	TACC	2	8	45132	45139	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_014732	CGAG	2	8	45636	45643	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_014732	CAGT	2	8	47916	47923	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_014732	TATC	2	8	47946	47953	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_014732	CGCT	2	8	49878	49885	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_014732	TACC	2	8	50482	50489	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_014732	ATCA	2	8	53931	53938	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_014732	GAAA	2	8	54025	54032	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014732	CCTC	2	8	54797	54804	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_014732	GTCG	2	8	54824	54831	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_014732	CCAC	2	8	54838	54845	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_014732	CAAA	2	8	55166	55173	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_014732	GTGA	2	8	55189	55196	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014732	GTTA	2	8	55252	55259	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014732	CTGT	2	8	56650	56657	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_014732	CGCA	2	8	56799	56806	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_014732	CTGT	2	8	59442	59449	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_014732	GCCC	2	8	69037	69044	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_014732	TTCG	2	8	75330	75337	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_014732	AACT	2	8	75432	75439	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_014732	GGAC	2	8	77446	77453	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_014732	GACA	2	8	77473	77480	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_014732	GACA	2	8	77497	77504	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_014732	GACA	2	8	77521	77528	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_014732	CCAA	2	8	79252	79259	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_014732	TGAG	2	8	79291	79298	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014732	GAAC	2	8	79300	79307	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_014732	TCGT	2	8	79579	79586	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_014732	TCCG	2	8	80217	80224	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_014732	AGTA	2	8	86858	86865	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014732	CGAC	2	8	87034	87041	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_014732	AGTA	2	8	89431	89438	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014732	CTGT	2	8	92281	92288	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_014732	CTTT	2	8	100614	100621	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_014732	CGTG	2	8	103969	103976	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_014732	GACG	2	8	104491	104498	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_014732	CCAG	2	8	105176	105183	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_014732	TTGA	2	8	105184	105191	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014732	CGGG	2	8	107335	107342	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
57	NC_014732	TCAG	2	8	109918	109925	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_014732	CTGT	2	8	110460	110467	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_014732	TAAC	2	8	110622	110629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_014732	GAGT	2	8	114363	114370	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014732	AATC	2	8	117839	117846	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_014732	TTCC	2	8	117929	117936	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_014732	AACT	2	8	117948	117955	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_014732	GGCG	2	8	130508	130515	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
65	NC_014732	CGGT	2	8	135367	135374	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_014732	TTCG	2	8	135625	135632	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_014732	TGAC	2	8	141338	141345	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_014732	CAGT	2	8	141350	141357	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_014732	CGTT	2	8	145058	145065	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_014732	ACTG	2	8	146992	146999	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_014732	AGTT	2	8	150415	150422	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014732	AAAT	2	8	152453	152460	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014732	GTTC	2	8	154408	154415	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_014732	TCGT	2	8	166765	166772	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_014732	ATAG	2	8	169465	169472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014732	TTGG	2	8	169485	169492	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014732	GAGT	2	8	170418	170425	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014732	ACCC	2	8	170539	170546	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
79	NC_014732	AATA	2	8	171613	171620	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014732	GTAT	2	8	171749	171756	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014732	GTCG	2	8	171888	171895	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_014732	TCGG	2	8	172052	172059	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_014732	CAAA	2	8	172781	172788	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_014732	CTGT	2	8	172800	172807	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_014732	CTTG	2	8	172835	172842	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_014732	TCTG	2	8	172981	172988	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_014732	AATC	2	8	179456	179463	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_014732	GTTT	2	8	185110	185117	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014732	ATAC	2	8	193551	193558	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.