MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR02

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014731	TAGT	2	8	132	139	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014731	TAAA	2	8	193	200	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014731	AGCA	3	12	1284	1295	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_014731	CTTT	2	8	1374	1381	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_014731	TTCG	2	8	1559	1566	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_014731	CAGT	2	8	8306	8313	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_014731	TGAC	2	8	8646	8653	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_014731	TTCT	2	8	11083	11090	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_014731	AGAA	2	8	11257	11264	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014731	ACGA	2	8	12057	12064	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_014731	GGCT	2	8	14718	14725	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_014731	GTGG	2	8	15078	15085	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014731	ACTA	2	8	15190	15197	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_014731	ATAG	2	8	15253	15260	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014731	CAAC	2	8	16098	16105	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_014731	AGCG	2	8	16311	16318	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_014731	TCGA	2	8	16669	16676	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_014731	AACT	2	8	17661	17668	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_014731	GTTT	2	8	27876	27883	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014731	AATC	2	8	28048	28055	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_014731	GTAG	2	8	29368	29375	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014731	GCAG	2	8	29852	29859	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_014731	GACG	2	8	30404	30411	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_014731	AGGA	2	8	33138	33145	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014731	AGGG	2	8	38519	38526	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014731	CGAA	2	8	38994	39001	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_014731	ACAT	2	8	39050	39057	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_014731	ATTT	2	8	39841	39848	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014731	CGAA	2	8	43556	43563	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_014731	AGAT	2	8	45856	45863	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014731	AGAT	2	8	45917	45924	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014731	ATCG	2	8	46519	46526	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_014731	GATA	2	8	46626	46633	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014731	GCGG	2	8	47242	47249	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_014731	GTTC	2	8	47480	47487	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_014731	GAAC	2	8	47871	47878	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_014731	CTGA	2	8	48955	48962	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_014731	CTAT	2	8	50082	50089	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_014731	CGAA	2	8	50204	50211	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_014731	GTGA	2	8	50304	50311	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014731	TAAT	2	8	54633	54640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014731	TAAT	2	8	57577	57584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014731	ATTC	2	8	57754	57761	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_014731	CGAC	2	8	72584	72591	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_014731	AGTG	2	8	76795	76802	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014731	ATAA	2	8	77108	77115	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014731	TAGA	2	8	81276	81283	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014731	CGGA	2	8	86060	86067	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_014731	CACC	2	8	88445	88452	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
50	NC_014731	GAAA	2	8	88487	88494	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014731	AGCG	2	8	90883	90890	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_014731	CGTC	2	8	90927	90934	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_014731	TTGC	2	8	91079	91086	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_014731	GGCG	2	8	94337	94344	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
55	NC_014731	CATT	2	8	96863	96870	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_014731	GCGA	3	12	98877	98888	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_014731	TGCT	2	8	99820	99827	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_014731	GGAA	2	8	102505	102512	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014731	TGAG	2	8	102534	102541	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014731	TGCT	2	8	102615	102622	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_014731	TGTC	2	8	102844	102851	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_014731	GGTC	2	8	105592	105599	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_014731	GCGA	2	8	105600	105607	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_014731	GGAC	2	8	109282	109289	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_014731	CCGA	2	8	109297	109304	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_014731	GCTC	2	8	109357	109364	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014731	ATTC	2	8	109464	109471	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_014731	GGGT	2	8	114522	114529	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014731	GTGG	2	8	118997	119004	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014731	TATC	2	8	122911	122918	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_014731	GATA	2	8	122953	122960	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014731	ATAC	2	8	126095	126102	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_014731	CATC	2	8	126165	126172	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014731	CCTA	2	8	126265	126272	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_014731	CCTT	2	8	126278	126285	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_014731	CACT	2	8	126757	126764	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_014731	CGAC	2	8	128043	128050	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_014731	CTGT	2	8	129117	129124	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_014731	CAAC	2	8	138691	138698	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_014731	ACCG	2	8	140185	140192	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_014731	TTAT	2	8	140236	140243	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014731	TGGA	2	8	142930	142937	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014731	GTGA	2	8	143037	143044	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014731	ACCT	2	8	146920	146927	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_014731	CCCG	2	8	147112	147119	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_014731	CTGG	2	8	147153	147160	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_014731	TCAC	2	8	148045	148052	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_014731	TTCG	2	8	148890	148897	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_014731	CAGC	2	8	149181	149188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_014731	AACT	2	8	149986	149993	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_014731	TCAG	2	8	150284	150291	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_014731	CGGT	2	8	155630	155637	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_014731	TCTG	2	8	156467	156474	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_014731	TCGG	2	8	159420	159427	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_014731	GCCA	2	8	164460	164467	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_014731	AGTT	2	8	165813	165820	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014731	AGTT	2	8	165837	165844	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014731	AGTT	2	8	165861	165868	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014731	AGTT	2	8	165885	165892	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014731	AGTT	2	8	165909	165916	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014731	AGTT	2	8	165957	165964	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014731	AGCT	2	8	168583	168590	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_014731	GTGG	2	8	168891	168898	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014731	TGAG	2	8	169073	169080	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014731	CTTT	2	8	170740	170747	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_014731	AGTT	2	8	172643	172650	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014731	TCGT	2	8	173418	173425	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_014731	CACG	2	8	175022	175029	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_014731	TCAA	2	8	175533	175540	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_014731	CTCA	2	8	175673	175680	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_014731	ACAG	2	8	181872	181879	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_014731	GTCT	2	8	185518	185525	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_014731	TGGG	2	8	193395	193402	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014731	GACC	2	8	193732	193739	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_014731	CGAA	2	8	198563	198570	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_014731	CGAA	2	8	202275	202282	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_014731	ACGC	2	8	204101	204108	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_014731	CTGC	2	8	211818	211825	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_014731	ACGA	2	8	213922	213929	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_014731	GACG	2	8	214757	214764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_014731	CCGC	2	8	214774	214781	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
122	NC_014731	ACGA	2	8	216812	216819	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_014731	CCTT	2	8	218486	218493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_014731	GCGA	2	8	225594	225601	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_014731	TAGA	2	8	231745	231752	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014731	ATCT	2	8	231769	231776	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_014731	CTTT	2	8	238951	238958	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_014731	AGTG	2	8	241587	241594	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014731	ATAA	2	8	241817	241824	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014731	TTGT	2	8	242055	242062	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014731	TGAC	2	8	242464	242471	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_014731	AGTG	2	8	242628	242635	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014731	ACGA	2	8	248297	248304	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_014731	AGTT	2	8	251650	251657	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014731	TGCT	2	8	255112	255119	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_014731	GCTG	2	8	255453	255460	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_014731	CAAC	2	8	255466	255473	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_014731	ACCT	2	8	255721	255728	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_014731	ATTA	2	8	257396	257403	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014731	GTCT	2	8	257453	257460	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_014731	TTAT	2	8	258363	258370	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014731	TAAT	2	8	260079	260086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014731	ATGT	2	8	262886	262893	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014731	GCCA	2	8	264261	264268	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_014731	ATCT	2	8	270657	270664	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_014731	TACT	2	8	270764	270771	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_014731	CAAT	2	8	273860	273867	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_014731	ACGA	2	8	276910	276917	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_014731	ACTG	2	8	280726	280733	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_014731	CGTG	2	8	283496	283503	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_014731	CCCA	2	8	283608	283615	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
152	NC_014731	CCAT	2	8	284431	284438	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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155	NC_014731	TTTG	2	8	287913	287920	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_014731	ACAT	2	8	302998	303005	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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163	NC_014731	GAAG	2	8	303839	303846	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_014731	GAAG	2	8	319144	319151	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_014731	TCAC	2	8	327584	327591	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
182	NC_014731	CGAT	2	8	328576	328583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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189	NC_014731	TTCG	2	8	329120	329127	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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191	NC_014731	CTGA	2	8	329392	329399	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
192	NC_014731	TCCA	2	8	329677	329684	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
193	NC_014731	ACAT	2	8	329805	329812	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
194	NC_014731	GTCG	2	8	329881	329888	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
195	NC_014731	CAAT	2	8	330211	330218	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
196	NC_014731	TACC	2	8	330274	330281	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
197	NC_014731	GTCT	2	8	330429	330436	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
198	NC_014731	TGCT	2	8	331211	331218	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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201	NC_014731	ATGA	2	8	332053	332060	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
202	NC_014731	GGAA	2	8	336453	336460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
203	NC_014731	ATTA	2	8	336616	336623	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
204	NC_014731	ACTT	2	8	336632	336639	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
205	NC_014731	GAAC	2	8	338403	338410	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
206	NC_014731	CGAC	2	8	338522	338529	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.