MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halanaerobium hydrogeniformans chromosome

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014654	AATAAA	2	12	11107	11118	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014654	AAACAA	2	12	24126	24137	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_014654	ATTTTT	2	12	32179	32190	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014654	ATAAAA	2	12	32251	32262	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014654	TACACT	2	12	45286	45297	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014654	AAAAAC	2	12	45835	45846	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_014654	AAAACA	2	12	62112	62123	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014654	ATATAA	2	12	63779	63790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014654	TAATAT	2	12	80038	80049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014654	GAAAAC	2	12	93494	93505	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014654	TAAATT	2	12	93715	93726	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014654	TTAATG	2	12	101701	101712	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014654	TTTTGA	2	12	109667	109678	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014654	AAAATT	2	12	122153	122164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014654	AAAAAG	2	12	129119	129130	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014654	ATTAAA	2	12	137815	137826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014654	AAAAAT	2	12	178089	178100	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014654	AATATA	2	12	211730	211741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014654	TCTATT	2	12	224493	224504	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014654	CTTTTT	2	12	236000	236011	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014654	AATTAT	2	12	236412	236423	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014654	TTTTTG	2	12	239046	239057	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014654	ATTGTT	2	12	253382	253393	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014654	GCAAAT	2	12	272074	272085	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014654	AGCTGA	2	12	279660	279671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014654	CTTTAT	2	12	287497	287508	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014654	GATAAG	2	12	287604	287615	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014654	ATACTA	2	12	314472	314483	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_014654	CTAATT	2	12	339828	339839	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_014654	CTTATC	2	12	353647	353658	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014654	TTTTAA	2	12	354295	354306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014654	AATTAA	2	12	380199	380210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014654	GATAAG	2	12	380913	380924	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014654	TTCTTT	2	12	513276	513287	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014654	AAAAGC	2	12	528152	528163	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_014654	TATAAT	2	12	544744	544755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014654	TTCTTT	2	12	558440	558451	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_014654	TTAATT	2	12	580922	580933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014654	TAATTA	2	12	584288	584299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014654	GTAATT	2	12	592074	592085	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014654	ATATTA	2	12	592102	592113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014654	GATTTT	2	12	592332	592343	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014654	CTTATC	2	12	596439	596450	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_014654	TTTTAA	2	12	597151	597162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014654	ATTAGC	2	12	597797	597808	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014654	TTATTT	2	12	610438	610449	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014654	AATAAA	2	12	619410	619421	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014654	AAAACA	2	12	646098	646109	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014654	GAAGCA	2	12	651656	651667	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014654	TAAAAA	2	12	685373	685384	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014654	AAATTA	2	12	699216	699227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014654	TTTTTA	2	12	703294	703305	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014654	AGCTGC	2	12	713740	713751	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014654	TTTTAA	2	12	722098	722109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014654	CTTTTT	2	12	726584	726595	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_014654	CACCTT	2	12	746949	746960	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_014654	AAATTT	2	12	762950	762961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014654	GAAAAA	2	12	765225	765236	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014654	AAAATA	2	12	772309	772320	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014654	TTATAA	2	12	775717	775728	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014654	AAAATT	2	12	797010	797021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014654	AACATT	2	12	822370	822381	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_014654	ACTGAA	2	12	830128	830139	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_014654	CTTATC	2	12	845851	845862	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014654	ATAAAG	2	12	846021	846032	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014654	TTTTAA	2	12	846563	846574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014654	AAATTA	2	12	859403	859414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014654	ACTACC	2	12	890914	890925	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_014654	TCAAAA	2	12	893124	893135	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014654	ATAAAA	2	12	927100	927111	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014654	GCTGAG	2	12	984444	984455	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014654	GGGAGA	2	12	984540	984551	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014654	ATTTTT	2	12	1000267	1000278	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014654	CTTATC	2	12	1014293	1014304	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_014654	ATTTAA	2	12	1017995	1018006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014654	TTATTT	2	12	1040314	1040325	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014654	ATATTT	2	12	1053164	1053175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014654	AAATTA	2	12	1073359	1073370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014654	TTGAGA	2	12	1141071	1141082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014654	CAAAAT	2	12	1144452	1144463	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014654	AGTTAT	2	12	1152190	1152201	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014654	AATTTT	2	12	1167783	1167794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014654	TATGGA	2	12	1186806	1186817	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014654	TGTAGG	2	12	1187406	1187417	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014654	AGATGA	2	12	1188712	1188723	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014654	AATTAT	2	12	1198633	1198644	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014654	CTTATC	2	12	1202284	1202295	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_014654	CAATAA	2	12	1219411	1219422	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014654	TTTTTG	2	12	1226677	1226688	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014654	CTTATC	2	12	1230299	1230310	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_014654	AGATAA	2	12	1230467	1230478	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014654	TTGATT	2	12	1231395	1231406	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014654	GGAGAA	2	12	1239733	1239744	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014654	TAAAAT	2	12	1293298	1293309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014654	TTAAAA	2	12	1304454	1304465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014654	TTTTAA	2	12	1310066	1310077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014654	AGTTCA	2	12	1316471	1316482	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014654	AATTTT	2	12	1339319	1339330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014654	ATCACA	2	12	1344575	1344586	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014654	TATAAT	2	12	1379177	1379188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014654	GATAAG	2	12	1389358	1389369	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014654	AAAAGA	2	12	1390717	1390728	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014654	TATAAA	2	12	1419863	1419874	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014654	ATTTTA	2	12	1436143	1436154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014654	TAGCTT	2	12	1453606	1453617	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014654	TTTAAT	2	12	1500323	1500334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014654	TATAGT	2	12	1599326	1599337	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014654	TATTAA	2	12	1645901	1645912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014654	GATAAG	2	12	1653663	1653674	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014654	GGATAA	2	12	1668250	1668261	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014654	TTTAAT	2	12	1680443	1680454	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014654	ATTTAA	2	12	1680689	1680700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014654	ATCCTT	2	12	1685380	1685391	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_014654	TGCTAA	2	12	1751888	1751899	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_014654	TTTTAA	2	12	1776896	1776907	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014654	TTTGTT	2	12	1803023	1803034	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014654	TTTAAA	2	12	1808110	1808121	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014654	TGCCTT	2	12	1813407	1813418	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_014654	TTTAAT	2	12	1813432	1813443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014654	CTTATC	2	12	1815743	1815754	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_014654	TGGTTT	2	12	1817012	1817023	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014654	AAAAAG	2	12	1830408	1830419	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014654	TTAAAA	2	12	1916008	1916019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014654	TAGAAA	2	12	1918212	1918223	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014654	CTAAAA	2	12	1924300	1924311	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_014654	GATAAG	2	12	1936363	1936374	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014654	ATTAAA	2	12	1967567	1967578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014654	TAATTA	2	12	1984923	1984934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014654	AGTTCA	2	12	1999481	1999492	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_014654	TACTTT	2	12	2012793	2012804	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_014654	TTTTAA	2	12	2034112	2034123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014654	TTTAAT	2	12	2057747	2057758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014654	AAATTT	2	12	2087643	2087654	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014654	AGAAAT	2	12	2090653	2090664	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014654	TCAAAA	2	12	2125795	2125806	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_014654	ATCTTT	2	12	2140253	2140264	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_014654	ATATTG	2	12	2169699	2169710	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014654	TTTACT	2	12	2176570	2176581	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_014654	ATTTAT	2	12	2191298	2191309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014654	TAAAAA	2	12	2308555	2308566	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014654	ATTTTT	2	12	2347477	2347488	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014654	ATCAAA	2	12	2362713	2362724	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_014654	CTTATC	2	12	2393714	2393725	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_014654	TTTTTC	2	12	2397584	2397595	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_014654	TTTTTA	2	12	2404570	2404581	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014654	ATTTAA	2	12	2423460	2423471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014654	CTTATC	2	12	2424318	2424329	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_014654	AGGCAC	2	12	2435948	2435959	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_014654	CTTATC	2	12	2436719	2436730	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_014654	TAAATT	2	12	2437971	2437982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014654	TTTTTA	2	12	2442289	2442300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014654	CAAAAA	2	12	2456018	2456029	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_014654	GATAAG	2	12	2532575	2532586	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_014654	AAAACA	2	12	2552293	2552304	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_014654	TTAATA	2	12	2552412	2552423	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_014654	TTATTT	2	12	2561584	2561595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_014654	TAATTC	2	12	2581993	2582004	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_014654	AGAAAA	2	12	2582109	2582120	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_014654	AACAAA	2	12	2587184	2587195	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.