MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SJM180 chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014560	ACTATA	2	12	9853	9864	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_014560	AAACAC	2	12	18412	18423	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_014560	TAAAAT	2	12	51800	51811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014560	ATTTTT	2	12	61414	61425	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014560	AAAAGA	2	12	64112	64123	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014560	AAAAGA	2	12	64217	64228	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014560	AGCCAA	2	12	64885	64896	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014560	CCAACA	2	12	66758	66769	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_014560	GGACAA	2	12	70422	70433	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_014560	AGCGGG	2	12	71047	71058	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014560	TTTACC	2	12	72334	72345	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014560	TACAAA	2	12	97303	97314	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_014560	CAAGAT	2	12	99542	99553	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_014560	ATAAAA	2	12	111164	111175	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014560	GTTTTA	2	12	135258	135269	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014560	TAAAAA	2	12	171189	171200	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014560	AATTTT	2	12	213284	213295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014560	ATTAAA	2	12	234635	234646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014560	CCCTAA	2	12	236025	236036	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_014560	CAAAAA	2	12	240776	240787	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014560	ATTTTA	2	12	257732	257743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014560	TGTGTT	2	12	349582	349593	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014560	TTTTAT	2	12	382482	382493	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014560	AAAATA	2	12	441313	441324	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014560	AAATAA	2	12	441365	441376	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014560	TAAAAA	2	12	455546	455557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014560	TTTAAA	2	12	517502	517513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014560	TTACAA	2	12	523686	523697	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_014560	TTAAAA	2	12	549380	549391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014560	TTTAAA	2	12	556590	556601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014560	AGCTAA	2	12	563437	563448	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_014560	ATTTTA	2	12	589558	589569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014560	AAAATC	2	12	596658	596669	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_014560	TCTTAT	2	12	652301	652312	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014560	TTTTTG	2	12	693116	693127	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014560	AAGAAA	2	12	700413	700424	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014560	AAAAAT	2	12	706228	706239	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014560	CTTTTT	2	12	719935	719946	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014560	CTCACT	2	12	726056	726067	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_014560	CGGCTT	2	12	768890	768901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_014560	ATTTTT	2	12	815369	815380	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014560	ATTATA	2	12	837521	837532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014560	ATTTTT	2	12	894960	894971	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014560	AAAATA	2	12	911353	911364	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014560	ATTATA	2	12	941073	941084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014560	ATTGAA	2	12	948501	948512	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014560	TATCCT	2	12	987905	987916	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014560	TTTTTC	2	12	996858	996869	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014560	TTAAAA	2	12	998426	998437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014560	TATGGG	2	12	998488	998499	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014560	CTTTAA	2	12	1019099	1019110	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014560	CTAAAA	2	12	1026698	1026709	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014560	AAATTA	2	12	1152720	1152731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014560	TAAAAA	2	12	1170854	1170865	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014560	ATTAAA	2	12	1192447	1192458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014560	ATCCTT	2	12	1202694	1202705	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014560	GCGCAT	2	12	1202713	1202724	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014560	TTGTAT	2	12	1205115	1205126	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014560	TGTTAT	2	12	1255135	1255146	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014560	ATTTTT	2	12	1277385	1277396	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014560	GAAGTT	4	24	1295406	1295429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014560	TTTTTA	2	12	1307235	1307246	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014560	ATAAAA	2	12	1307414	1307425	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014560	TTCTAA	2	12	1354884	1354895	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_014560	CAATAA	2	12	1404887	1404898	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_014560	AAACCA	2	12	1406951	1406962	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_014560	GATTAG	2	12	1410216	1410227	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014560	TTTGAG	2	12	1410338	1410349	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014560	GTTTTT	2	12	1410473	1410484	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014560	ATTAGA	2	12	1413157	1413168	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014560	AGTTTT	2	12	1437834	1437845	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014560	CTTTAA	2	12	1440639	1440650	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_014560	AGCGGG	2	12	1447980	1447991	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014560	TGTTTA	2	12	1450243	1450254	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014560	GTTTTA	2	12	1458117	1458128	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014560	TAAAAA	2	12	1459757	1459768	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014560	TAAAAA	2	12	1459948	1459959	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014560	CTAAGT	2	12	1471526	1471537	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014560	ACCCCC	2	12	1474014	1474025	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
80	NC_014560	TATCTT	2	12	1559572	1559583	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014560	TTGATT	2	12	1567388	1567399	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014560	AAACCC	2	12	1567589	1567600	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_014560	CAAAAT	2	12	1567770	1567781	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_014560	TTTTTC	2	12	1567978	1567989	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_014560	CTTTGA	2	12	1568466	1568477	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014560	CAAAAT	2	12	1603707	1603718	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_014560	AAAGAT	2	12	1652497	1652508	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.