MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori SJM180 chromosome

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014560	GCTTT	2	10	13686	13695	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_014560	ATGAA	2	10	25478	25487	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014560	GATTG	2	10	52143	52152	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014560	GATAA	2	10	52443	52452	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014560	TTAAA	2	10	61616	61625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014560	TATCC	2	10	65501	65510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_014560	TGCGT	2	10	68952	68961	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_014560	GACAG	2	10	70765	70774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014560	GGTGG	2	10	70968	70977	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014560	TTTTA	2	10	78866	78875	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014560	TTACA	2	10	80751	80760	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_014560	AAAAC	2	10	84456	84465	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014560	ATAAA	2	10	95166	95175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014560	TAAGA	2	10	95209	95218	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014560	TAAAA	2	10	95280	95289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014560	GGCTT	2	10	99876	99885	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_014560	AAATT	2	10	100864	100873	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014560	AAAAT	2	10	111058	111067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014560	ATTTA	2	10	120044	120053	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014560	CAAAT	2	10	159903	159912	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_014560	TCTTA	2	10	171324	171333	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014560	TAAAA	2	10	171427	171436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014560	AAAAC	2	10	171458	171467	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014560	GAATG	2	10	178503	178512	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014560	AAATC	2	10	186111	186120	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014560	TTTAA	2	10	189156	189165	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014560	TTCAA	2	10	202271	202280	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_014560	TTTAT	2	10	210068	210077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014560	ATTTA	2	10	213850	213859	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014560	AAACA	2	10	213872	213881	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014560	TGCTA	2	10	220916	220925	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_014560	ATTTT	2	10	224281	224290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014560	AAAAC	2	10	233125	233134	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_014560	CTAAC	2	10	247066	247075	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_014560	AAATT	2	10	257772	257781	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014560	CAATC	2	10	266895	266904	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_014560	CTCTT	2	10	271671	271680	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014560	AAATA	2	10	283714	283723	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014560	TTATA	2	10	330892	330901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014560	TTATT	2	10	339791	339800	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014560	ATTAA	2	10	347064	347073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014560	AAAAC	2	10	349443	349452	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_014560	AAGTA	2	10	351446	351455	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014560	TGGTG	2	10	351627	351636	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014560	TAAAA	2	10	355853	355862	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014560	AAAAG	2	10	365357	365366	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014560	TAAAA	2	10	376823	376832	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014560	TAAAG	2	10	429498	429507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014560	TTAAT	2	10	431120	431129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014560	TTGTT	2	10	435970	435979	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014560	ATAAA	2	10	441343	441352	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014560	GTTTT	2	10	449502	449511	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014560	AAAGC	2	10	454736	454745	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014560	TAACA	2	10	462327	462336	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_014560	TAAAA	2	10	463818	463827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014560	TATCC	2	10	477356	477365	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_014560	TTTTA	2	10	479155	479164	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014560	AGTTT	2	10	486136	486145	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014560	ATTTT	2	10	487440	487449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014560	TAACT	2	10	490534	490543	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014560	TACTA	2	10	505447	505456	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_014560	AAAAC	2	10	517011	517020	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_014560	ATTTG	2	10	517663	517672	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014560	TTGTT	2	10	520948	520957	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014560	CTGTT	2	10	541118	541127	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014560	CAAAC	2	10	546546	546555	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_014560	AAAGA	2	10	547736	547745	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014560	ATTGA	2	10	547940	547949	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014560	CTTTA	2	10	548855	548864	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_014560	TTTTA	2	10	549453	549462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014560	AAATT	2	10	553588	553597	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014560	TGCTA	2	10	556499	556508	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014560	ATTTT	2	10	556533	556542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014560	ATCAA	2	10	560546	560555	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_014560	TTGTA	2	10	560758	560767	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014560	AAAAC	2	10	581438	581447	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_014560	ACTCT	2	10	584702	584711	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_014560	CTTAT	2	10	592538	592547	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_014560	TAAGG	2	10	596365	596374	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014560	ATTTT	2	10	596593	596602	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014560	CAACA	2	10	603457	603466	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_014560	ATTTT	2	10	603589	603598	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014560	ATAAG	2	10	613565	613574	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014560	TAGCG	2	10	624845	624854	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_014560	TTTAA	2	10	628534	628543	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014560	TTTAA	2	10	652220	652229	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014560	TTTCC	2	10	701028	701037	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_014560	TGTTT	2	10	701508	701517	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014560	AAAAC	2	10	709473	709482	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014560	TAAAA	2	10	709484	709493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014560	AATAA	2	10	720107	720116	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014560	ATTTT	2	10	724080	724089	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014560	CTTTT	2	10	725837	725846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_014560	GAAAG	2	10	735368	735377	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014560	ATTTA	2	10	742858	742867	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014560	TATAG	2	10	746809	746818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014560	TGCGT	2	10	757972	757981	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014560	TCTTT	2	10	781994	782003	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014560	TTTTA	2	10	809527	809536	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014560	TTCTT	2	10	824527	824536	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014560	CTTTA	2	10	836189	836198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_014560	AGCGT	2	10	836301	836310	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_014560	TTTAT	2	10	836387	836396	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014560	ATAAA	2	10	859154	859163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014560	TTAAA	2	10	859273	859282	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014560	TATAA	2	10	870813	870822	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014560	CTTTC	2	10	871751	871760	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_014560	TTTTC	2	10	871982	871991	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_014560	GATTA	2	10	876583	876592	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014560	TTTAA	2	10	890172	890181	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014560	ATTTT	2	10	894876	894885	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014560	TGATT	2	10	899072	899081	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014560	GCTCA	2	10	899692	899701	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_014560	TATAA	2	10	903000	903009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014560	GAAAA	2	10	919802	919811	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014560	ATGAT	2	10	934623	934632	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014560	TTTGT	2	10	939040	939049	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014560	TCAAG	2	10	958386	958395	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014560	CTTTA	2	10	992601	992610	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014560	GGCTT	2	10	995333	995342	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_014560	GGCTT	2	10	995777	995786	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_014560	TTAGT	2	10	1006766	1006775	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014560	ATTTT	2	10	1009758	1009767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014560	TTTTA	2	10	1018717	1018726	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014560	TTATC	2	10	1019226	1019235	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_014560	TTCAA	2	10	1020241	1020250	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_014560	CTCAT	2	10	1020471	1020480	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_014560	TCACT	2	10	1021950	1021959	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_014560	TACTT	2	10	1022248	1022257	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014560	TAAAA	2	10	1022758	1022767	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014560	TTAAA	2	10	1022851	1022860	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014560	TTAAA	2	10	1022890	1022899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014560	TAAAT	2	10	1022913	1022922	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014560	TTAAA	2	10	1022934	1022943	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014560	CCGCA	2	10	1023354	1023363	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_014560	AACGA	2	10	1026754	1026763	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_014560	ATTTA	2	10	1027342	1027351	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014560	AAACT	2	10	1028244	1028253	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_014560	TATTT	2	10	1040782	1040791	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014560	AAAAT	2	10	1049484	1049493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014560	TCTTT	2	10	1066182	1066191	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_014560	TAAAA	2	10	1081865	1081874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014560	AAAAT	2	10	1083043	1083052	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014560	GAATT	2	10	1089048	1089057	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014560	GATTA	2	10	1089539	1089548	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014560	CTTAT	2	10	1089601	1089610	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014560	AAATC	2	10	1111789	1111798	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_014560	CCTTT	2	10	1316901	1316910	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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192	NC_014560	AAATT	2	10	1396291	1396300	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_014560	AATCA	2	10	1406984	1406993	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_014560	TTTAA	2	10	1410055	1410064	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.