MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV1

Total Repeats: 245

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013968	GGT	2	6	39	44	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013968	TAT	2	6	67	72	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013968	CAT	2	6	1403	1408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013968	CTC	2	6	1501	1506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_013968	TCT	2	6	1528	1533	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013968	CAC	2	6	1555	1560	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_013968	TAA	2	6	1565	1570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013968	ACG	2	6	1575	1580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013968	TGG	2	6	1596	1601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013968	GAG	2	6	2107	2112	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013968	GCT	2	6	2119	2124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013968	ATC	2	6	2155	2160	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013968	TCG	2	6	2184	2189	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_013968	CGA	2	6	3273	3278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013968	CGG	2	6	3296	3301	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013968	CGG	3	9	3316	3324	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013968	GCC	2	6	3327	3332	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_013968	CGC	2	6	5448	5453	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_013968	AGT	2	6	5454	5459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013968	GAA	2	6	6049	6054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013968	TAT	3	9	6487	6495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013968	GTA	2	6	6509	6514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013968	GAC	2	6	6973	6978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_013968	TAA	2	6	7108	7113	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013968	TGT	2	6	7129	7134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013968	TGT	2	6	7708	7713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013968	GAC	2	6	9246	9251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013968	ACC	2	6	9271	9276	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_013968	TCG	2	6	9627	9632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013968	CTT	2	6	9698	9703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013968	GAA	2	6	9740	9745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013968	ACG	2	6	9765	9770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013968	GCA	2	6	11190	11195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013968	CTC	2	6	11319	11324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_013968	CGA	2	6	11327	11332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_013968	GAC	2	6	11384	11389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013968	ACG	2	6	11419	11424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013968	ACA	2	6	11522	11527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013968	TCG	2	6	11612	11617	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013968	GAC	2	6	12478	12483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013968	AGT	2	6	12545	12550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013968	CAC	2	6	14361	14366	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_013968	GTG	2	6	14455	14460	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013968	ATT	2	6	14523	14528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013968	AGA	2	6	14542	14547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013968	TCC	2	6	14563	14568	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_013968	TCT	2	6	14613	14618	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013968	GAA	2	6	14806	14811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013968	AGG	2	6	14821	14826	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013968	TCC	2	6	14863	14868	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_013968	TGG	2	6	14954	14959	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013968	CGG	2	6	16407	16412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_013968	GCC	3	9	16415	16423	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_013968	CCG	2	6	16439	16444	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_013968	ACA	2	6	16883	16888	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013968	GGT	2	6	16941	16946	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013968	TCG	2	6	16965	16970	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_013968	CGA	2	6	17553	17558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013968	TAC	3	9	17980	17988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013968	TAA	2	6	18003	18008	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013968	AGT	2	6	18857	18862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013968	GGT	2	6	18891	18896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013968	GTG	2	6	20636	20641	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013968	TCA	2	6	20764	20769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013968	ACG	2	6	21106	21111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_013968	GTT	2	6	21373	21378	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013968	CTG	2	6	30418	30423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_013968	TCA	2	6	30567	30572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013968	TCA	2	6	30701	30706	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013968	CCG	3	9	31987	31995	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_013968	ATA	2	6	32116	32121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013968	CTC	2	6	32230	32235	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_013968	CGT	3	9	32307	32315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_013968	GAA	2	6	32705	32710	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013968	TAG	2	6	32755	32760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013968	CCT	2	6	32788	32793	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_013968	AGA	3	9	32796	32804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013968	ACG	2	6	32856	32861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013968	CGG	2	6	34159	34164	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013968	GCC	3	9	34167	34175	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_013968	CCG	2	6	34191	34196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_013968	GTC	2	6	34213	34218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_013968	GAG	2	6	34339	34344	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013968	GAA	2	6	34412	34417	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013968	CGT	2	6	34469	34474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013968	ATT	2	6	35759	35764	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013968	ACG	2	6	38425	38430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013968	ACG	2	6	42392	42397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013968	CCA	2	6	42400	42405	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_013968	AGT	2	6	44438	44443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013968	GCT	2	6	46815	46820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013968	CAG	2	6	46889	46894	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013968	CGA	2	6	46982	46987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_013968	CCT	2	6	47081	47086	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_013968	GTC	2	6	47127	47132	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_013968	ACG	2	6	48299	48304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_013968	CTG	2	6	48796	48801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_013968	GAC	2	6	48883	48888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_013968	TGC	2	6	48906	48911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013968	TGG	2	6	48921	48926	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013968	CGA	2	6	48965	48970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_013968	GTG	2	6	49001	49006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013968	TAC	2	6	49322	49327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_013968	TCT	2	6	50178	50183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013968	GCT	2	6	50243	50248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_013968	GTT	2	6	50763	50768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013968	TTG	2	6	50857	50862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013968	GCG	2	6	50985	50990	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013968	GAC	2	6	51073	51078	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_013968	TCG	3	9	51095	51103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_013968	TCC	2	6	51104	51109	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_013968	CTC	3	9	51154	51162	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_013968	GAC	2	6	51214	51219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_013968	GGT	2	6	51260	51265	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013968	TCG	2	6	51365	51370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_013968	AAC	2	6	51521	51526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_013968	CGA	2	6	53075	53080	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_013968	TTC	2	6	53107	53112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_013968	CAG	2	6	53155	53160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_013968	CAA	2	6	53273	53278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_013968	AGA	2	6	53287	53292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013968	ATG	2	6	54377	54382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013968	AAT	2	6	54453	54458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013968	AAC	2	6	54480	54485	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013968	TAG	2	6	54535	54540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013968	GGC	3	9	54565	54573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_013968	TAC	2	6	54698	54703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_013968	CTC	2	6	54714	54719	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_013968	CAT	2	6	54780	54785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013968	ATT	2	6	54799	54804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013968	CAA	2	6	54839	54844	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_013968	AGA	2	6	54868	54873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013968	ATA	2	6	54942	54947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013968	ACG	2	6	55033	55038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_013968	GTC	2	6	55185	55190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_013968	TTG	2	6	55227	55232	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013968	AGC	2	6	55253	55258	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_013968	CGT	2	6	55652	55657	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_013968	TGG	2	6	55659	55664	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013968	AGG	2	6	55671	55676	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.