MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV4

Total Repeats: 427

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013966	TCGG	2	8	1541	1548	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_013966	TCGC	2	8	3718	3725	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_013966	GTGG	2	8	4259	4266	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013966	CTGT	2	8	6504	6511	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_013966	GCTG	2	8	7935	7942	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_013966	ACGA	2	8	8002	8009	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_013966	AAAC	2	8	8067	8074	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_013966	GTCG	2	8	9687	9694	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_013966	GCCC	2	8	12775	12782	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_013966	GCGG	2	8	13736	13743	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
11	NC_013966	GCCG	2	8	14822	14829	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_013966	CCCG	2	8	14902	14909	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_013966	GCAC	2	8	14963	14970	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013966	TCGC	2	8	14996	15003	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_013966	GACC	2	8	15004	15011	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_013966	CGGT	2	8	17000	17007	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_013966	GTAG	2	8	20065	20072	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013966	CGAG	2	8	20206	20213	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013966	GCAC	2	8	20352	20359	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_013966	TCGC	2	8	20385	20392	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_013966	GACC	2	8	20393	20400	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_013966	CGGG	2	8	20649	20656	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
23	NC_013966	TCGC	2	8	20700	20707	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013966	GCGA	2	8	20732	20739	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_013966	GTCG	2	8	20758	20765	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_013966	GACC	2	8	21772	21779	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_013966	AGCA	2	8	22153	22160	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_013966	TTCT	2	8	24645	24652	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_013966	TCCG	2	8	24684	24691	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_013966	GAGC	3	12	30905	30916	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_013966	CTAC	2	8	33096	33103	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_013966	GAAC	3	12	33594	33605	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_013966	TCAG	2	8	33606	33613	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_013966	TAAT	2	8	35472	35479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013966	TCCT	2	8	35705	35712	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_013966	TCAA	2	8	36781	36788	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_013966	TGGG	2	8	37069	37076	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013966	ACCG	2	8	38644	38651	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_013966	GCAG	2	8	38879	38886	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013966	GAAG	2	8	39031	39038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013966	CGTT	2	8	45789	45796	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_013966	GCGA	2	8	46948	46955	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_013966	CGTT	2	8	48640	48647	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_013966	ACTC	2	8	49567	49574	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013966	TGAT	2	8	50048	50055	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013966	TACA	2	8	50096	50103	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_013966	CACC	2	8	55263	55270	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
48	NC_013966	ATCG	2	8	57050	57057	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_013966	TGGT	2	8	57367	57374	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013966	GATT	2	8	57516	57523	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013966	GTGG	2	8	61301	61308	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013966	TCGC	2	8	61341	61348	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013966	TAGT	2	8	64388	64395	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013966	GTTT	2	8	64411	64418	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013966	CCTC	2	8	64535	64542	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
56	NC_013966	GTTT	2	8	66399	66406	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013966	GTAC	2	8	70196	70203	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_013966	GACA	2	8	70845	70852	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_013966	TCAC	2	8	71463	71470	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013966	AACT	2	8	71519	71526	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_013966	GTGA	2	8	80447	80454	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013966	ACCA	2	8	80629	80636	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_013966	AGCA	2	8	82210	82217	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_013966	CTAA	2	8	82224	82231	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_013966	ATCT	2	8	82252	82259	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_013966	ATAA	2	8	85071	85078	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013966	TGGT	2	8	85172	85179	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013966	CGGC	2	8	86802	86809	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_013966	GGTT	2	8	88406	88413	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013966	GTGA	2	8	94505	94512	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013966	ACTG	2	8	94760	94767	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_013966	TGAT	2	8	94855	94862	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013966	TTCC	2	8	97127	97134	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_013966	GATA	2	8	97165	97172	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013966	GGTC	2	8	103475	103482	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013966	GTTC	2	8	103948	103955	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013966	TCGC	2	8	104409	104416	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_013966	GTGA	2	8	105042	105049	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013966	CGAC	2	8	108945	108952	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_013966	TGTC	2	8	110306	110313	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_013966	TACT	2	8	110523	110530	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_013966	AGCA	2	8	112087	112094	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_013966	CTAA	2	8	112101	112108	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_013966	AGTT	2	8	112410	112417	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013966	TGTC	2	8	112422	112429	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_013966	GTCT	2	8	112431	112438	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_013966	AATG	2	8	112472	112479	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013966	TACA	2	8	112574	112581	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013966	ACAG	2	8	114168	114175	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_013966	CTTT	2	8	115637	115644	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_013966	GACA	2	8	117185	117192	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_013966	TTAC	2	8	118716	118723	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_013966	CCAA	2	8	118772	118779	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_013966	GCCA	2	8	121094	121101	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_013966	TTAG	2	8	121482	121489	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013966	CCGA	2	8	124180	124187	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_013966	CGGT	2	8	126198	126205	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_013966	ACAG	2	8	127564	127571	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_013966	CGCT	2	8	128795	128802	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_013966	CTCC	2	8	129309	129316	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_013966	GTTG	2	8	130365	130372	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013966	AGCA	2	8	132312	132319	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_013966	GATA	2	8	132795	132802	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013966	AGAA	2	8	133076	133083	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013966	TCAA	2	8	136907	136914	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_013966	GTCT	2	8	139135	139142	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_013966	GTCT	2	8	139192	139199	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_013966	AGAC	2	8	139258	139265	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_013966	TGTT	2	8	139358	139365	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013966	AAGG	2	8	140848	140855	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013966	TGCT	2	8	149283	149290	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_013966	TCCG	2	8	150544	150551	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_013966	GGAC	2	8	150779	150786	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_013966	ATCA	2	8	156110	156117	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_013966	GCCG	2	8	168725	168732	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_013966	AAAC	2	8	170244	170251	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_013966	GCGT	2	8	171307	171314	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_013966	GACT	2	8	175341	175348	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_013966	GTCG	2	8	175424	175431	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_013966	TGAC	2	8	186366	186373	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_013966	CGGC	2	8	189919	189926	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_013966	CTCG	2	8	193065	193072	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013966	CCCG	2	8	193082	193089	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
124	NC_013966	AGTC	2	8	193155	193162	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_013966	AGTT	2	8	198667	198674	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013966	AATC	2	8	198848	198855	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_013966	CGTT	2	8	198896	198903	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_013966	AGTC	2	8	198975	198982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_013966	ATTA	2	8	200635	200642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013966	AGGC	2	8	205492	205499	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_013966	TCGC	2	8	206458	206465	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_013966	GTGG	2	8	215675	215682	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013966	AGCG	2	8	217908	217915	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_013966	GAGG	2	8	218187	218194	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013966	GTCC	2	8	218390	218397	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_013966	GAAA	2	8	218593	218600	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013966	GGTT	2	8	219673	219680	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013966	GGCG	2	8	219737	219744	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
139	NC_013966	GTTA	2	8	219788	219795	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013966	GGTC	2	8	220983	220990	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_013966	ACCG	2	8	221168	221175	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_013966	AGGC	2	8	221929	221936	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_013966	CGAC	2	8	222023	222030	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_013966	CCGA	2	8	231142	231149	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_013966	ACCG	2	8	231153	231160	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_013966	ACCG	2	8	231177	231184	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_013966	GCCG	2	8	232750	232757	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_013966	TTCG	2	8	232775	232782	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_013966	GACA	2	8	234345	234352	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_013966	CCCG	2	8	236378	236385	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
151	NC_013966	GGCG	2	8	236419	236426	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
152	NC_013966	GTTT	2	8	238803	238810	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013966	CTCG	2	8	238913	238920	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.