MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV3

Total Repeats: 60

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013964	GCACG	2	10	1438	1447	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_013964	GTTCG	2	10	3381	3390	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013964	AACCG	2	10	7479	7488	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013964	ACCGA	2	10	13125	13134	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_013964	GCCGT	2	10	33998	34007	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_013964	AAATA	2	10	37331	37340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013964	GTCGC	2	10	41638	41647	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013964	CTCTT	2	10	44708	44717	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_013964	TCCTC	4	20	44719	44738	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_013964	CCGCC	2	10	55167	55176	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
11	NC_013964	CTCGT	2	10	64198	64207	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_013964	TCGAC	2	10	72986	72995	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013964	GCGCC	2	10	74548	74557	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_013964	GATGC	2	10	81094	81103	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013964	GACCC	2	10	81945	81954	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_013964	AGACG	2	10	107083	107092	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013964	CTTCG	2	10	108542	108551	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_013964	TTCGC	2	10	112359	112368	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_013964	GTCGC	2	10	133558	133567	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_013964	TCCAC	2	10	138250	138259	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_013964	CCGAG	2	10	144967	144976	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_013964	GCGTC	2	10	145062	145071	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_013964	ACGCG	2	10	162415	162424	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_013964	CGACC	2	10	198556	198565	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_013964	CGAGC	2	10	210672	210681	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_013964	GTCCA	2	10	229386	229395	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_013964	CGAGA	2	10	231137	231146	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013964	GCGGT	2	10	231342	231351	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013964	GTTCG	2	10	233795	233804	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013964	TCCGC	2	10	249404	249413	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_013964	AAAAG	2	10	249442	249451	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013964	AACCC	2	10	261995	262004	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_013964	ACGAG	2	10	265372	265381	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013964	TCGGC	2	10	292797	292806	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_013964	ACCTC	2	10	295938	295947	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_013964	GTCGA	2	10	296763	296772	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013964	GACCA	2	10	297943	297952	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013964	CCCGA	2	10	299380	299389	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_013964	CCCGA	2	10	299395	299404	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_013964	GGCTG	2	10	299545	299554	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013964	CGCTC	2	10	299642	299651	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_013964	CCGAG	2	10	301660	301669	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_013964	CTCGA	2	10	324509	324518	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_013964	GTTTG	2	10	325512	325521	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013964	AGTGA	2	10	329415	329424	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013964	CGTGC	2	10	331606	331615	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_013964	GCGAC	2	10	336141	336150	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_013964	CGACC	2	10	337311	337320	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_013964	GGCGA	2	10	344999	345008	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013964	AGGAG	2	10	345925	345934	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013964	CACGA	2	10	351251	351260	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_013964	AACGA	2	10	354110	354119	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_013964	ACCGA	2	10	358055	358064	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_013964	CGGTG	2	10	370709	370718	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013964	TATGA	2	10	378882	378891	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013964	TCGGT	2	10	381573	381582	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013964	GTCGC	2	10	402693	402702	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_013964	CCGGA	2	10	402773	402782	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_013964	GGTTC	2	10	406838	406847	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013964	GATTC	2	10	416283	416292	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.