MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Hydrogenobacter thermophilus TK-6

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013799	ATAA	2	8	3695	3702	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013799	CTCC	2	8	3773	3780	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_013799	GCAG	2	8	11954	11961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_013799	GCTC	2	8	12005	12012	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_013799	CTAA	2	8	12020	12027	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_013799	TGGA	2	8	27506	27513	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013799	ACCC	2	8	50142	50149	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_013799	GGTG	2	8	50190	50197	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013799	TAAT	2	8	59391	59398	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013799	CTTC	2	8	79387	79394	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_013799	CTTA	2	8	103242	103249	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_013799	TTAA	2	8	103284	103291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013799	AAAT	2	8	157820	157827	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013799	TACT	2	8	162269	162276	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_013799	TAAA	2	8	162299	162306	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013799	CGCA	2	8	162360	162367	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_013799	ATTA	2	8	162374	162381	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013799	GTAA	2	8	162382	162389	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013799	ACCC	2	8	170911	170918	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_013799	TACT	2	8	201390	201397	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_013799	ATTT	2	8	215623	215630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013799	ATTA	2	8	223174	223181	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013799	ATTA	2	8	224889	224896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013799	TCAC	2	8	234603	234610	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_013799	TTAC	2	8	236308	236315	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_013799	CTTC	2	8	242703	242710	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_013799	GGAC	2	8	242953	242960	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_013799	TCCC	2	8	244288	244295	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_013799	CGGC	2	8	244532	244539	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_013799	TGCC	2	8	244923	244930	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013799	CGCT	2	8	245233	245240	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_013799	GACT	2	8	245467	245474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_013799	GGAG	2	8	245993	246000	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013799	TCGC	2	8	246245	246252	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013799	AAGG	2	8	246498	246505	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013799	GACT	2	8	246885	246892	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_013799	GGCC	2	8	248001	248008	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_013799	TCCT	2	8	248335	248342	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_013799	TTAA	2	8	255295	255302	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013799	CCGC	2	8	262874	262881	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
41	NC_013799	TTTA	2	8	269321	269328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013799	AGAT	2	8	269371	269378	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013799	GGAA	2	8	282472	282479	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013799	TGGG	2	8	282506	282513	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013799	TTGA	2	8	282525	282532	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013799	CGCC	2	8	321166	321173	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
47	NC_013799	CTTT	2	8	322029	322036	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_013799	ATTC	2	8	322129	322136	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_013799	ATTT	2	8	322241	322248	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013799	CAAG	2	8	322388	322395	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_013799	AAAG	2	8	325132	325139	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013799	TATT	2	8	327815	327822	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013799	GCGG	2	8	336887	336894	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
54	NC_013799	GAGG	2	8	338214	338221	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013799	GGGA	2	8	338222	338229	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013799	TTTC	2	8	345714	345721	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_013799	GTCA	2	8	352981	352988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_013799	CCCA	2	8	353001	353008	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
59	NC_013799	TTTA	2	8	366803	366810	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013799	ACAT	2	8	385310	385317	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_013799	AAAT	2	8	395092	395099	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013799	GGAT	2	8	398928	398935	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013799	CTTT	2	8	399395	399402	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_013799	TGAT	2	8	399439	399446	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013799	AAGG	2	8	436800	436807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013799	AATG	2	8	455935	455942	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013799	AACG	2	8	455987	455994	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_013799	GGTT	2	8	463391	463398	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013799	CCCT	2	8	482617	482624	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
70	NC_013799	CCCT	2	8	492165	492172	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
71	NC_013799	TAAT	2	8	502101	502108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013799	CCCT	2	8	513484	513491	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
73	NC_013799	TCCC	2	8	516906	516913	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
74	NC_013799	GAGG	2	8	516933	516940	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013799	GAGG	2	8	516965	516972	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013799	AGGG	2	8	524683	524690	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013799	GCCT	2	8	525582	525589	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_013799	TTGG	2	8	525612	525619	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013799	GCTT	2	8	525633	525640	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_013799	GGAG	2	8	536797	536804	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013799	TACT	2	8	587924	587931	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_013799	TCAG	2	8	593455	593462	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_013799	TTCC	2	8	593498	593505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_013799	ATAC	2	8	594546	594553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_013799	ACAG	2	8	595144	595151	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_013799	AAAC	2	8	595176	595183	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_013799	CTAC	2	8	595304	595311	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_013799	AGAT	2	8	595376	595383	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013799	AAAC	2	8	602076	602083	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_013799	AAAG	2	8	638951	638958	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013799	CCAT	2	8	639350	639357	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_013799	AGAT	2	8	639473	639480	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013799	GGAA	3	12	639747	639758	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013799	CTTA	2	8	655751	655758	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_013799	ATCC	2	8	685222	685229	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_013799	ACAG	2	8	685543	685550	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_013799	GTAT	2	8	686192	686199	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013799	GCTG	2	8	701239	701246	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_013799	CTTT	2	8	701269	701276	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_013799	AGCC	2	8	723220	723227	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_013799	TAAA	2	8	752094	752101	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013799	AATT	2	8	756467	756474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013799	TCTT	2	8	761963	761970	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_013799	TCCA	2	8	778110	778117	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_013799	ATCC	2	8	778260	778267	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_013799	CTTT	2	8	778285	778292	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_013799	CCTT	2	8	803535	803542	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_013799	CCCG	2	8	808306	808313	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
109	NC_013799	AAAG	2	8	809766	809773	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013799	AGGA	2	8	810122	810129	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013799	AGAA	2	8	810287	810294	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013799	TTAA	2	8	815181	815188	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013799	TATG	2	8	815246	815253	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013799	TCCC	2	8	818479	818486	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_013799	TGGC	2	8	858620	858627	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_013799	TTGC	2	8	873205	873212	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_013799	CTCC	2	8	881525	881532	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_013799	AATT	2	8	885997	886004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013799	TTTC	2	8	893091	893098	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_013799	TACC	2	8	893232	893239	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_013799	ATGC	2	8	893641	893648	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_013799	TGAT	2	8	893982	893989	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013799	GAAG	2	8	904129	904136	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013799	CCGC	2	8	909110	909117	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
125	NC_013799	TGTT	2	8	909141	909148	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013799	TCTT	2	8	909244	909251	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_013799	TTTC	2	8	909261	909268	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_013799	GAAT	2	8	915782	915789	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013799	AATT	2	8	927290	927297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013799	ATTA	2	8	932401	932408	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013799	AAAG	2	8	932462	932469	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013799	ATAA	2	8	959186	959193	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013799	TAGG	2	8	962478	962485	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013799	GAAG	2	8	966298	966305	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013799	TCCC	2	8	976426	976433	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
136	NC_013799	AAAG	2	8	1026334	1026341	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013799	GCAA	2	8	1027139	1027146	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_013799	TGAA	2	8	1027161	1027168	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013799	AAGA	2	8	1036840	1036847	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013799	CCTT	2	8	1038364	1038371	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_013799	CATA	2	8	1038587	1038594	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_013799	AAAG	2	8	1038929	1038936	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013799	GATA	2	8	1039384	1039391	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013799	CATA	2	8	1039399	1039406	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_013799	AAGT	2	8	1039535	1039542	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013799	GACT	2	8	1045634	1045641	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_013799	GAAA	2	8	1046555	1046562	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013799	GGAA	2	8	1046594	1046601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013799	ATTT	2	8	1056404	1056411	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013799	CGGG	2	8	1059163	1059170	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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208	NC_013799	GCGG	2	8	1714802	1714809	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.