MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halomicrobium mukohataei DSM 12286 chromosome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013202	GCGACA	2	12	26287	26298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013202	TCGGTT	2	12	28272	28283	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_013202	TCGATG	2	12	66892	66903	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_013202	GGTCGT	2	12	71394	71405	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013202	GAGCTG	2	12	86369	86380	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_013202	TCGCCG	2	12	86541	86552	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
7	NC_013202	GCCAGC	2	12	86586	86597	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_013202	CGGCGA	2	12	102340	102351	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013202	TGTGGA	2	12	138783	138794	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013202	AAAGTG	2	12	158746	158757	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013202	CGATCT	2	12	161148	161159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013202	GCGACG	2	12	164701	164712	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013202	GCCGTC	2	12	171212	171223	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013202	CAGGGT	2	12	172435	172446	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_013202	CGTGTC	2	12	262491	262502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013202	GTGACA	2	12	296037	296048	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_013202	GAAAGG	2	12	302601	302612	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013202	CGGGGC	2	12	322161	322172	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013202	GACAGT	2	12	365965	365976	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_013202	CGTGGA	2	12	376673	376684	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_013202	GTCAGC	2	12	388243	388254	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013202	GGGGTC	2	12	435108	435119	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013202	CCGTCG	2	12	443512	443523	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013202	GCTCGC	2	12	521654	521665	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_013202	GAATAG	2	12	525116	525127	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013202	ACTTTC	2	12	543932	543943	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_013202	AACCGC	2	12	614774	614785	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_013202	CGCGAG	2	12	652241	652252	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013202	CGGCGA	2	12	736307	736318	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013202	AGCAAC	2	12	749933	749944	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013202	TAATAT	2	12	756681	756692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013202	TGGACG	2	12	765238	765249	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_013202	CGTCTC	2	12	784647	784658	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013202	AGTGAA	2	12	801934	801945	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013202	ATCAAT	2	12	802697	802708	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013202	TATTTT	2	12	802835	802846	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013202	AATATA	2	12	803069	803080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013202	TGCCCT	2	12	841891	841902	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
39	NC_013202	TCGCGT	2	12	854111	854122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013202	CGGCGA	2	12	867016	867027	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013202	TTTCAC	2	12	923280	923291	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_013202	GCTCCC	2	12	967234	967245	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_013202	GCTCCC	2	12	967294	967305	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_013202	CGCGTG	2	12	969150	969161	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013202	CTTTCA	2	12	979908	979919	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013202	GAGACA	2	12	979987	979998	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_013202	CTTCGA	2	12	990210	990221	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013202	GGCCGT	2	12	1000164	1000175	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_013202	GCCGAC	2	12	1025288	1025299	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_013202	ACCGCG	2	12	1080586	1080597	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_013202	AGTGAA	2	12	1124865	1124876	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013202	TGCCCT	2	12	1189019	1189030	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013202	GCGGTG	2	12	1231267	1231278	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013202	CCGTCG	2	12	1238955	1238966	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_013202	CCGATC	2	12	1265634	1265645	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_013202	AGTGAA	2	12	1351403	1351414	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013202	AGGGCA	2	12	1400759	1400770	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013202	CGCGGC	2	12	1416141	1416152	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_013202	GCCCGC	2	12	1431316	1431327	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_013202	GTCGCC	2	12	1451919	1451930	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013202	CAGTTA	2	12	1459598	1459609	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013202	TCGCGG	3	18	1494588	1494605	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013202	TTTCAC	2	12	1502024	1502035	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013202	CGGGCG	2	12	1563498	1563509	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013202	CGCTCG	2	12	1573506	1573517	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_013202	TACGCA	2	12	1627703	1627714	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013202	TGCCCT	2	12	1632951	1632962	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_013202	CGAGTA	2	12	1645063	1645074	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013202	CGGCGA	2	12	1660789	1660800	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013202	GGAGCG	2	12	1676065	1676076	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_013202	CACTGT	2	12	1683024	1683035	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013202	AGTGAA	2	12	1689460	1689471	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013202	GGAACC	2	12	1696894	1696905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_013202	CATCCC	2	12	1722752	1722763	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_013202	GCCGTG	2	12	1727967	1727978	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013202	TGTTCG	2	12	1738666	1738677	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_013202	GTCGGT	2	12	1765415	1765426	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_013202	CGCTGT	2	12	1850539	1850550	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013202	TCGCCG	2	12	1929216	1929227	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_013202	TGTGTC	2	12	1931902	1931913	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_013202	AGAGTG	2	12	1954632	1954643	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013202	TGACGC	2	12	1959065	1959076	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_013202	GTGAAA	2	12	2026285	2026296	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013202	CCCGAA	2	12	2052918	2052929	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_013202	CGCTTC	2	12	2124438	2124449	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_013202	TTTTGG	2	12	2209359	2209370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013202	TCGGTG	2	12	2223171	2223182	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_013202	GCTCGC	2	12	2282290	2282301	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_013202	CGCCGT	2	12	2309880	2309891	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_013202	ACGGTC	2	12	2345992	2346003	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_013202	GTCGGC	2	12	2417821	2417832	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013202	GTCACG	2	12	2552952	2552963	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013202	CGAGGG	2	12	2571039	2571050	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013202	CGCGTG	2	12	2617476	2617487	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013202	AGCGAG	2	12	2654913	2654924	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_013202	GCCGTC	2	12	2823081	2823092	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_013202	ACGGAC	2	12	2878709	2878720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_013202	CGCCGA	2	12	2883135	2883146	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_013202	GGTCCC	2	12	2900708	2900719	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_013202	AGTGAA	2	12	2959342	2959353	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013202	GCCGTC	2	12	2974816	2974827	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_013202	GCCGTC	2	12	2975016	2975027	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
103	NC_013202	ATCGCT	2	12	2990425	2990436	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_013202	GCGCTT	2	12	3063071	3063082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013202	AGCCAC	2	12	3068620	3068631	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_013202	GACCGT	2	12	3084646	3084657	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013202	GAGCAG	2	12	3104911	3104922	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_013202	GATGTG	2	12	3105132	3105143	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013202	TACAGA	2	12	3105345	3105356	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.