MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori B38 chromosome

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012973	GTTTT	2	10	4943	4952	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012973	TTTTA	2	10	4991	5000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012973	AAATT	2	10	7154	7163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012973	GCTTT	2	10	13452	13461	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012973	AGCCT	2	10	25855	25864	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_012973	TAGTA	2	10	44124	44133	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012973	TAAAA	2	10	50096	50105	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012973	ATCAA	2	10	50127	50136	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012973	TAAAC	2	10	50329	50338	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012973	TTAAA	2	10	55709	55718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012973	CAAAA	2	10	69671	69680	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012973	TTTTA	2	10	72605	72614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012973	TTTGT	2	10	78117	78126	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012973	TTTTG	2	10	78197	78206	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012973	GATTT	2	10	78208	78217	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012973	ATAAG	2	10	88822	88831	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012973	ATTAT	2	10	88879	88888	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012973	TTAAA	2	10	88977	88986	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012973	AAAAT	2	10	104718	104727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012973	GAATG	2	10	109433	109442	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012973	ATTTA	2	10	113696	113705	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012973	TTGAT	2	10	122538	122547	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012973	CAAAT	2	10	153404	153413	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_012973	AATAA	2	10	160695	160704	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012973	AATAT	2	10	171676	171685	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012973	TTTCC	2	10	171728	171737	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_012973	GAATG	2	10	171814	171823	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012973	TTTCT	2	10	174498	174507	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012973	AAATC	2	10	174827	174836	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_012973	TTTAA	2	10	177871	177880	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012973	GGTTG	2	10	183985	183994	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012973	AGAGG	2	10	184374	184383	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012973	TTCAA	2	10	190996	191005	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012973	TTAAG	2	10	195370	195379	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012973	TTTAT	2	10	198749	198758	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012973	ATTTA	2	10	202402	202411	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012973	AAACA	2	10	202424	202433	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012973	TGCTA	2	10	209333	209342	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_012973	TTGGT	2	10	209582	209591	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012973	ATTTT	2	10	224351	224360	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012973	CTTAA	2	10	227756	227765	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012973	CTAAC	2	10	235476	235485	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012973	CAAAA	2	10	236814	236823	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012973	AAATT	2	10	246164	246173	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012973	CCTTG	2	10	251056	251065	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_012973	AAATA	2	10	273443	273452	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012973	TTTTA	2	10	279062	279071	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012973	TTATA	2	10	320468	320477	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012973	TTATT	2	10	325713	325722	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012973	GGGGT	2	10	329048	329057	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012973	AGTTC	2	10	329271	329280	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012973	AATCA	2	10	329381	329390	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012973	ATTAA	2	10	332994	333003	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012973	TCAAA	2	10	337619	337628	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_012973	TTTGG	2	10	340201	340210	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012973	AAAAG	2	10	354109	354118	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012973	TAAAA	2	10	365483	365492	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012973	TTAAT	2	10	417840	417849	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012973	TTTTA	2	10	421841	421850	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012973	ATAAA	2	10	428077	428086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012973	AAAAT	2	10	428111	428120	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012973	AAGGA	2	10	439584	439593	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012973	TCTTT	2	10	440086	440095	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_012973	AATAA	2	10	440954	440963	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012973	AAAGC	2	10	441218	441227	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_012973	TAACA	2	10	448840	448849	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_012973	TAAAA	2	10	450332	450341	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012973	TTTGA	2	10	450432	450441	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012973	AAAAT	2	10	455006	455015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012973	TATCC	2	10	463583	463592	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012973	TTTTA	2	10	465382	465391	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012973	ACACC	2	10	466955	466964	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_012973	ACCCA	2	10	469948	469957	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_012973	AAAAT	2	10	473921	473930	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012973	AATTT	2	10	477519	477528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012973	TTAAA	2	10	478623	478632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012973	AATCC	2	10	492049	492058	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_012973	GATTG	2	10	492063	492072	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012973	AAATT	2	10	492483	492492	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012973	CAATA	2	10	493325	493334	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_012973	AACAA	2	10	493506	493515	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012973	AAAGC	2	10	499833	499842	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012973	TAAAA	2	10	503564	503573	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012973	AAATA	2	10	512381	512390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012973	AATTA	2	10	521228	521237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012973	AATTC	2	10	537330	537339	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_012973	CATGA	2	10	538232	538241	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_012973	AAAGC	2	10	539434	539443	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012973	CAAAA	2	10	554013	554022	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_012973	AAATT	2	10	556414	556423	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012973	AATAA	2	10	557542	557551	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012973	ATAAA	2	10	563356	563365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012973	AAACC	2	10	567926	567935	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_012973	CCAAT	2	10	584794	584803	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_012973	AAAGA	2	10	590204	590213	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012973	GCAAG	2	10	614723	614732	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_012973	AAATC	2	10	621865	621874	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_012973	TACTA	2	10	625348	625357	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012973	TAAAT	2	10	627577	627586	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012973	AACCC	2	10	644297	644306	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
101	NC_012973	GTTTT	2	10	661432	661441	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012973	AAACA	2	10	669313	669322	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012973	CTTTT	2	10	670396	670405	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012973	GATTT	2	10	670449	670458	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012973	GCTTT	2	10	682068	682077	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012973	TTTTC	2	10	683338	683347	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_012973	AAATT	2	10	686026	686035	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012973	AAAGC	2	10	686325	686334	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_012973	TTGCA	2	10	686783	686792	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_012973	ATTAA	2	10	718262	718271	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012973	TTTTA	2	10	725060	725069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012973	AGGTT	2	10	726344	726353	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012973	CCCTA	2	10	726396	726405	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
114	NC_012973	TTCTC	2	10	726457	726466	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_012973	CCATT	2	10	731507	731516	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012973	GCAAG	2	10	737551	737560	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012973	TTAAA	2	10	741010	741019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012973	ACGCT	2	10	744724	744733	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_012973	AAATC	2	10	745530	745539	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012973	TTGTT	2	10	745926	745935	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012973	ATACT	2	10	746140	746149	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_012973	ATATT	2	10	755894	755903	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012973	AAGCG	2	10	773098	773107	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_012973	TTTTC	2	10	775112	775121	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_012973	AGAGT	2	10	787984	787993	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012973	ATAGC	2	10	816260	816269	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012973	ATTAA	2	10	817748	817757	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012973	AAAGC	2	10	819467	819476	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_012973	AAATT	2	10	826357	826366	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012973	CAAGA	2	10	830540	830549	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_012973	TATAG	2	10	830606	830615	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012973	CTTTA	2	10	836773	836782	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012973	CAAAC	2	10	841912	841921	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_012973	AGTTA	2	10	845502	845511	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012973	TAGGA	2	10	848629	848638	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012973	CTAAA	2	10	855195	855204	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_012973	CTTAA	2	10	860672	860681	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_012973	TCGTA	2	10	875148	875157	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_012973	TTTTC	2	10	876093	876102	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_012973	CTTTT	2	10	876795	876804	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_012973	GATTT	2	10	876832	876841	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012973	TAAAA	2	10	878888	878897	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012973	TTTGT	2	10	891261	891270	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_012973	AATAA	2	10	910991	911000	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012973	TCAAG	2	10	911029	911038	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_012973	AATAT	2	10	918934	918943	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012973	CGATA	2	10	919133	919142	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_012973	TAGGG	2	10	920792	920801	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_012973	TAAAA	2	10	1134166	1134175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_012973	TTAAT	2	10	1161712	1161721	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.