MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 chromosome 1

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012029	CGCTCG	2	12	5496	5507	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012029	TGACGC	2	12	24961	24972	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012029	TCTGGA	2	12	53167	53178	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012029	GAACCG	2	12	56495	56506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_012029	GCGAGG	2	12	60472	60483	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012029	ACCGCA	2	12	60621	60632	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_012029	CCGCCA	2	12	65660	65671	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_012029	CGGTCA	2	12	86199	86210	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_012029	GTCGGC	2	12	86297	86308	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012029	TAACTC	2	12	91930	91941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012029	GCTCTC	2	12	96173	96184	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_012029	GCCGAC	2	12	102343	102354	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
13	NC_012029	CGTCGC	2	12	117983	117994	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012029	ATCGCC	2	12	139181	139192	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_012029	TTCACT	2	12	144705	144716	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_012029	AGCGTG	2	12	153688	153699	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_012029	GCCGTC	2	12	168023	168034	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012029	ACCGCA	2	12	181434	181445	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_012029	TCGCGC	2	12	220669	220680	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_012029	CGGCGT	2	12	230582	230593	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012029	GACGCC	2	12	233632	233643	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_012029	CGATCA	2	12	274952	274963	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_012029	ACCGAA	2	12	290713	290724	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_012029	TGCGGT	2	12	313412	313423	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_012029	CGCGTC	2	12	321880	321891	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_012029	GTTCGC	2	12	340849	340860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_012029	GCGTTC	2	12	352849	352860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_012029	GTCGAT	2	12	357992	358003	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012029	GACGGA	2	12	366896	366907	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012029	GATTTT	2	12	413535	413546	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012029	ACGAAA	2	12	427609	427620	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_012029	TCGCTG	2	12	452687	452698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_012029	ACCGCA	2	12	480470	480481	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_012029	TGCGGT	2	12	513999	514010	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012029	GTCGCG	2	12	582228	582239	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_012029	ACCCCA	2	12	592447	592458	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_012029	ACCGCA	2	12	602922	602933	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012029	TGCGGT	2	12	637772	637783	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_012029	CGCCGA	2	12	683456	683467	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012029	TGCGGT	2	12	705856	705867	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_012029	GACTCG	2	12	709585	709596	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012029	CGACGG	2	12	745738	745749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012029	CAAACT	2	12	758482	758493	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_012029	CGACGC	2	12	771397	771408	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_012029	CGAGCG	2	12	792893	792904	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012029	CGGAGA	2	12	797572	797583	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_012029	CCGTCG	2	12	798133	798144	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012029	GCGAAC	2	12	807473	807484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_012029	GCGGTC	2	12	824614	824625	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012029	ACCGCC	2	12	848220	848231	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_012029	GGGCCG	2	12	888297	888308	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012029	ACCGAG	2	12	897227	897238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_012029	GGGACT	2	12	904489	904500	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_012029	GACGGC	2	12	921612	921623	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012029	ATCGCG	2	12	926926	926937	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012029	CCGACG	2	12	929924	929935	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_012029	ACCGCG	2	12	932128	932139	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_012029	CTCCGA	2	12	948600	948611	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_012029	CGCCCG	2	12	952534	952545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_012029	ACCGCA	2	12	998769	998780	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012029	TCTGGA	2	12	1015840	1015851	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_012029	CGACGT	2	12	1054748	1054759	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012029	CGAAAC	2	12	1115091	1115102	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_012029	TACAAA	2	12	1143127	1143138	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_012029	AGCGAC	2	12	1147811	1147822	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_012029	CATCCC	2	12	1149345	1149356	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_012029	AGCGAC	2	12	1158600	1158611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012029	CTGTCT	2	12	1222136	1222147	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012029	CGGTCG	2	12	1238185	1238196	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012029	TCGCCG	2	12	1262962	1262973	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_012029	CGCCGA	2	12	1267303	1267314	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_012029	GTGCGG	2	12	1272579	1272590	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_012029	TTCACT	2	12	1325469	1325480	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012029	ACCGCA	2	12	1331314	1331325	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012029	GACACC	2	12	1355401	1355412	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_012029	GACGGT	2	12	1357249	1357260	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_012029	TCGCGG	2	12	1366571	1366582	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_012029	TGACAC	2	12	1394681	1394692	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012029	CATTTG	2	12	1418437	1418448	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_012029	GGAAAT	2	12	1418495	1418506	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012029	TCGCCG	2	12	1430538	1430549	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_012029	ACGAGG	2	12	1435651	1435662	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_012029	CCACGT	2	12	1456365	1456376	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
84	NC_012029	GACGCG	2	12	1475757	1475768	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_012029	CCCATT	2	12	1497594	1497605	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_012029	ACCGCA	2	12	1561890	1561901	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012029	GCCGTC	2	12	1575183	1575194	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_012029	GTCGGT	2	12	1589531	1589542	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012029	TCCCGG	2	12	1616185	1616196	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_012029	CGGTCG	2	12	1618534	1618545	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012029	CGCGGT	2	12	1618570	1618581	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_012029	TCCGGT	2	12	1618867	1618878	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_012029	GCTCGC	2	12	1619266	1619277	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012029	CTGGCG	2	12	1624939	1624950	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012029	TCTGGA	2	12	1625068	1625079	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012029	AGCGAC	2	12	1629176	1629187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_012029	ACCGCC	2	12	1647188	1647199	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_012029	CCGCGA	2	12	1677568	1677579	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_012029	GGCGAG	2	12	1677613	1677624	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012029	ACCGCA	2	12	1689112	1689123	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012029	AGTGAA	2	12	1694205	1694216	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012029	TTATAT	2	12	1753918	1753929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012029	ATCCAG	2	12	1774518	1774529	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012029	GCTGTC	2	12	1775412	1775423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_012029	GTCGAG	2	12	1777180	1777191	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_012029	ATCCGA	2	12	1790896	1790907	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_012029	CCCACC	2	12	1818418	1818429	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
108	NC_012029	ATCCAG	2	12	1849327	1849338	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_012029	ACGGCG	2	12	1851337	1851348	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012029	GGCGAG	2	12	1887796	1887807	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_012029	CCGCGA	2	12	1895010	1895021	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_012029	AGCGGG	2	12	1916676	1916687	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_012029	TGTTCG	2	12	1928716	1928727	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012029	AGTGAG	2	12	1955612	1955623	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012029	GAGCGG	2	12	1979022	1979033	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_012029	TCCCGC	2	12	1995915	1995926	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_012029	CCACCG	2	12	2015518	2015529	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_012029	TGCGGT	2	12	2030669	2030680	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_012029	AGCGAC	2	12	2045954	2045965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_012029	CGTCGC	2	12	2048769	2048780	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_012029	TTCCGT	2	12	2083905	2083916	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_012029	CGCCAC	2	12	2134016	2134027	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_012029	ATTATC	2	12	2140316	2140327	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_012029	CGACCG	2	12	2140646	2140657	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_012029	CGGGAA	2	12	2152485	2152496	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_012029	CCGTCG	2	12	2171295	2171306	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
127	NC_012029	GCGTCC	2	12	2217039	2217050	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_012029	CAGCGG	2	12	2217152	2217163	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_012029	CGATCG	2	12	2225201	2225212	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_012029	CGTCGA	2	12	2234428	2234439	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_012029	TACCGA	2	12	2243640	2243651	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_012029	AACCCG	2	12	2258868	2258879	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
133	NC_012029	ACCGCA	2	12	2266498	2266509	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_012029	GCCGTC	2	12	2286559	2286570	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_012029	TACTTC	2	12	2292448	2292459	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_012029	CGCCCG	2	12	2295589	2295600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_012029	GCGCCG	2	12	2304544	2304555	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_012029	ACCGCG	2	12	2328864	2328875	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
139	NC_012029	TCGAGG	2	12	2344695	2344706	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_012029	CGTCGC	2	12	2353928	2353939	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
141	NC_012029	AGCGAC	2	12	2356448	2356459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_012029	AAAGCG	2	12	2365228	2365239	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_012029	CGCCGG	2	12	2374118	2374129	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_012029	CGCCGG	2	12	2374148	2374159	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
145	NC_012029	TCGCCT	2	12	2380147	2380158	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
146	NC_012029	TTCCGG	2	12	2442170	2442181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_012029	CGGCGA	2	12	2442593	2442604	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_012029	CGGCCG	2	12	2443844	2443855	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_012029	TGCGGG	2	12	2447648	2447659	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_012029	CGAACG	2	12	2488896	2488907	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_012029	CGCTCG	2	12	2496219	2496230	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
152	NC_012029	CGGTCG	2	12	2503620	2503631	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_012029	GGATCG	2	12	2503638	2503649	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_012029	CGGTCG	2	12	2598722	2598733	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_012029	GTCCGC	2	12	2605545	2605556	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
156	NC_012029	AGTTTC	2	12	2614806	2614817	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_012029	TGCGGT	2	12	2619780	2619791	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
158	NC_012029	TCGACG	2	12	2645058	2645069	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_012029	CGACTG	2	12	2645100	2645111	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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161	NC_012029	CCGAAC	2	12	2660023	2660034	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
162	NC_012029	TGCGGT	2	12	2720750	2720761	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.