MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 chromosome 2

Total Repeats: 375

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012028	AGTA	2	8	5	12	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012028	ATGT	2	8	57	64	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012028	TTAC	2	8	73	80	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_012028	CTAT	2	8	1965	1972	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_012028	CAGC	2	8	2370	2377	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_012028	CGCT	2	8	2521	2528	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_012028	ACGG	2	8	2679	2686	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012028	CACT	2	8	2743	2750	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_012028	TCGG	2	8	2763	2770	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_012028	AGCA	2	8	3947	3954	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012028	CTAA	2	8	3961	3968	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_012028	GTAA	2	8	5312	5319	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012028	CACT	2	8	12086	12093	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012028	TCGA	2	8	12094	12101	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012028	GCCT	2	8	16412	16419	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_012028	CACC	2	8	16561	16568	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_012028	GTTT	2	8	17030	17037	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012028	TTGC	2	8	19899	19906	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_012028	GTTT	2	8	22339	22346	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012028	GTCT	2	8	26744	26751	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_012028	TGAT	2	8	26868	26875	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012028	CGTG	2	8	26941	26948	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_012028	GTTC	2	8	27040	27047	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012028	TTCG	2	8	27276	27283	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_012028	CGAG	2	8	27390	27397	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012028	TCAA	2	8	27645	27652	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_012028	CGAA	2	8	28286	28293	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_012028	ACGA	2	8	28454	28461	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_012028	CGAA	2	8	28673	28680	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012028	GATT	2	8	28879	28886	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012028	TGGT	2	8	30219	30226	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012028	TCGC	2	8	31270	31277	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_012028	CATG	2	8	32195	32202	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_012028	TTGC	2	8	33689	33696	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012028	AGAC	2	8	36048	36055	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012028	TTAG	2	8	36080	36087	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012028	TGCT	2	8	36094	36101	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_012028	GAGT	2	8	37297	37304	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012028	TCCG	2	8	37361	37368	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012028	ATCC	2	8	39055	39062	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_012028	GCAT	2	8	39067	39074	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012028	GGTG	2	8	39091	39098	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012028	CTAC	2	8	44319	44326	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_012028	GCGA	2	8	44398	44405	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_012028	ACTC	2	8	56160	56167	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_012028	ATTC	2	8	57343	57350	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_012028	ACAA	2	8	58362	58369	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_012028	CTCA	2	8	58521	58528	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_012028	ATCT	2	8	59213	59220	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_012028	ACGG	2	8	61155	61162	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012028	GGGT	2	8	62470	62477	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012028	TTGT	3	12	62862	62873	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012028	CTGA	2	8	66854	66861	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_012028	TCTG	2	8	67001	67008	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012028	TCGT	2	8	67783	67790	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_012028	GAAG	2	8	70443	70450	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012028	TCGA	2	8	71409	71416	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_012028	CCCG	2	8	77095	77102	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
59	NC_012028	ACGG	2	8	77936	77943	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_012028	CACT	2	8	78000	78007	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012028	TCGG	2	8	78020	78027	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_012028	AGCA	2	8	79204	79211	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_012028	CTAA	2	8	79218	79225	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_012028	TCCA	2	8	82554	82561	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_012028	TGTT	2	8	83205	83212	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012028	TGGT	2	8	83475	83482	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012028	TGGT	2	8	84042	84049	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012028	ACGG	2	8	87175	87182	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_012028	CACT	2	8	87239	87246	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_012028	TCGG	2	8	87259	87266	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012028	AGCA	2	8	88443	88450	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_012028	CTAA	2	8	88457	88464	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_012028	AATC	2	8	88606	88613	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_012028	TCGT	2	8	88669	88676	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_012028	AGAC	2	8	88921	88928	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_012028	TCGC	2	8	91220	91227	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_012028	CACC	2	8	92822	92829	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_012028	TTGG	2	8	92850	92857	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012028	CAAG	2	8	92912	92919	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_012028	TTCA	2	8	92953	92960	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_012028	CAGA	2	8	93082	93089	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_012028	GAGC	2	8	94663	94670	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_012028	GTGG	2	8	94672	94679	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012028	GTGG	2	8	94690	94697	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012028	CGGA	2	8	95305	95312	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_012028	AACC	2	8	95422	95429	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012028	AGTT	2	8	97198	97205	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012028	GTGA	2	8	104037	104044	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012028	GTCG	2	8	109768	109775	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_012028	TCGC	2	8	110429	110436	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_012028	ACTG	2	8	110882	110889	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_012028	TTAG	2	8	114265	114272	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012028	TGCT	2	8	114279	114286	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_012028	GAGT	2	8	115482	115489	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012028	TCCG	2	8	115546	115553	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_012028	GTAG	2	8	115780	115787	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012028	AGGA	2	8	116311	116318	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012028	CAAC	2	8	118693	118700	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_012028	AAGC	2	8	118885	118892	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_012028	GTTT	2	8	120804	120811	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012028	AATA	2	8	120853	120860	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012028	ATCG	2	8	122460	122467	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_012028	GACG	2	8	127582	127589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_012028	CGAT	2	8	131940	131947	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_012028	GGGA	2	8	135338	135345	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012028	GGTC	2	8	135607	135614	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_012028	TTCG	2	8	135692	135699	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_012028	TCCA	2	8	135773	135780	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012028	ACCG	2	8	138486	138493	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_012028	CTGG	2	8	138560	138567	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_012028	AGCA	2	8	139744	139751	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_012028	CTAA	2	8	139758	139765	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_012028	AGCA	2	8	140047	140054	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_012028	AAAT	2	8	140634	140641	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012028	TTCA	2	8	140643	140650	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_012028	CGGT	2	8	141589	141596	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_012028	GACC	2	8	141643	141650	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012028	GCTC	2	8	141681	141688	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_012028	GTTT	2	8	141801	141808	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012028	GCGA	2	8	145833	145840	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012028	GAGC	2	8	152014	152021	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_012028	AACC	2	8	156546	156553	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_012028	TGCT	2	8	158907	158914	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_012028	GAGT	2	8	160110	160117	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012028	TCCG	2	8	160174	160181	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_012028	CGGT	2	8	160992	160999	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
127	NC_012028	GGAC	2	8	161954	161961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_012028	CGAG	2	8	162347	162354	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_012028	CATG	2	8	162840	162847	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012028	CCTG	2	8	163124	163131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_012028	GGAA	2	8	163461	163468	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012028	CAAT	2	8	163560	163567	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012028	CGAG	2	8	163847	163854	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_012028	CAGG	2	8	164066	164073	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_012028	AGCG	2	8	164882	164889	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012028	TAGG	2	8	165431	165438	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012028	GAAC	2	8	165951	165958	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_012028	GCTG	2	8	167014	167021	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_012028	TTCG	2	8	167123	167130	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_012028	GTGG	2	8	167676	167683	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
141	NC_012028	ATTC	2	8	169079	169086	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_012028	CGGC	2	8	169485	169492	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_012028	GAAC	2	8	170015	170022	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_012028	ACGG	2	8	170169	170176	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_012028	CACT	2	8	170233	170240	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_012028	TCGG	2	8	170253	170260	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_012028	AGCA	2	8	171437	171444	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_012028	CTAA	2	8	171451	171458	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_012028	CCGG	2	8	176631	176638	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_012028	TCGA	2	8	176642	176649	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_012028	AGCG	2	8	179263	179270	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_012028	CCTT	2	8	181112	181119	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_012028	GCTG	2	8	181146	181153	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_012028	GCTG	2	8	181331	181338	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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159	NC_012028	GAGT	2	8	193111	193118	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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344	NC_012028	AGTC	2	8	481725	481732	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
345	NC_012028	GGAA	2	8	481823	481830	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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350	NC_012028	TTTA	2	8	497879	497886	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
351	NC_012028	GAAA	2	8	502763	502770	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
352	NC_012028	AACA	2	8	502851	502858	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
353	NC_012028	GTCT	2	8	506415	506422	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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355	NC_012028	TCGG	2	8	506781	506788	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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360	NC_012028	TTCT	2	8	508605	508612	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
361	NC_012028	CTTT	2	8	508625	508632	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
362	NC_012028	CAGT	2	8	508996	509003	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.