MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1 chromosome

Total Repeats: 241

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011126	ATTA	2	8	10630	10637	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011126	ATGA	2	8	11051	11058	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011126	TTTG	2	8	11630	11637	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011126	GTTT	2	8	11767	11774	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011126	TTTA	2	8	16377	16384	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011126	ATTT	2	8	16411	16418	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011126	GTCC	2	8	21136	21143	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_011126	GATT	2	8	21936	21943	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011126	GTTC	2	8	30001	30008	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_011126	ATCT	2	8	30170	30177	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_011126	AAAT	2	8	39139	39146	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011126	AATA	2	8	49453	49460	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011126	ATTA	2	8	49464	49471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011126	AAAC	2	8	60357	60364	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011126	TGGT	2	8	60466	60473	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011126	GACG	2	8	60678	60685	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_011126	ATTA	2	8	60781	60788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011126	ATCT	2	8	72293	72300	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_011126	TGAG	2	8	72322	72329	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011126	GTGG	2	8	72354	72361	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011126	AGTT	2	8	72380	72387	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011126	ATTT	2	8	79290	79297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011126	TATT	2	8	79363	79370	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011126	CTCC	3	12	79419	79430	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_011126	GTAT	2	8	88970	88977	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011126	TTGG	2	8	111018	111025	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011126	ATTT	2	8	112162	112169	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011126	TATG	2	8	112196	112203	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011126	ACAT	2	8	119235	119242	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_011126	GAAA	2	8	121836	121843	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011126	ATTT	2	8	124403	124410	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011126	CTCC	2	8	127069	127076	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
33	NC_011126	TTAT	2	8	190927	190934	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011126	AAAT	2	8	202943	202950	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011126	AAAT	2	8	203039	203046	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011126	ACTA	2	8	204701	204708	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_011126	TAAA	2	8	221074	221081	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011126	CTTT	2	8	221280	221287	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_011126	TTTC	2	8	221340	221347	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_011126	AGTA	2	8	222215	222222	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011126	TGCT	2	8	236279	236286	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011126	GTTT	2	8	259219	259226	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011126	AAAC	2	8	265458	265465	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_011126	TAGT	2	8	265515	265522	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011126	ATTA	2	8	279669	279676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011126	ACTA	2	8	279723	279730	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_011126	GATT	2	8	279808	279815	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011126	CAAT	2	8	304801	304808	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_011126	TTTA	2	8	317986	317993	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011126	TATT	2	8	344433	344440	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011126	ATTA	2	8	344469	344476	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011126	TAAA	2	8	393490	393497	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011126	AAGG	2	8	396328	396335	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011126	TTAA	2	8	397920	397927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011126	AACT	2	8	397928	397935	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_011126	ATTT	2	8	398338	398345	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011126	TAGT	2	8	406394	406401	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011126	GGTT	2	8	406544	406551	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011126	ATCT	2	8	413411	413418	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_011126	TGTT	2	8	413530	413537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011126	TCTT	2	8	414010	414017	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_011126	TATC	2	8	414043	414050	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_011126	CTTT	2	8	414521	414528	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_011126	TTTA	2	8	414529	414536	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011126	AAAC	2	8	414613	414620	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_011126	ACAA	2	8	414766	414773	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_011126	AGAT	2	8	414779	414786	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011126	ATCT	2	8	414919	414926	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_011126	AAAT	2	8	415057	415064	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011126	ATTA	2	8	415848	415855	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011126	ATCT	2	8	416187	416194	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_011126	TTAA	2	8	426838	426845	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011126	TGTT	2	8	426978	426985	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011126	CTTT	2	8	427969	427976	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_011126	TTTA	2	8	427977	427984	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011126	AGAT	2	8	428227	428234	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011126	AAGA	2	8	428394	428401	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011126	TAAT	2	8	431125	431132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011126	GAGC	2	8	434552	434559	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_011126	CGCT	2	8	434618	434625	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_011126	CTTC	2	8	443369	443376	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_011126	GGTG	2	8	460559	460566	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011126	AAAT	2	8	472070	472077	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011126	ATAC	2	8	494699	494706	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_011126	AATG	2	8	501765	501772	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011126	TATT	2	8	516738	516745	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011126	AATA	3	12	533814	533825	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011126	TAAA	2	8	533862	533869	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011126	AAGA	2	8	550691	550698	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011126	AATC	2	8	610790	610797	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_011126	ATTT	2	8	612388	612395	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011126	TATT	2	8	617298	617305	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011126	AGTA	2	8	620510	620517	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011126	TTGT	2	8	637195	637202	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011126	TTTA	2	8	639585	639592	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011126	AAAT	2	8	668213	668220	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011126	TTTA	2	8	709645	709652	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011126	TTTA	2	8	720450	720457	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011126	CTAA	2	8	723866	723873	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_011126	TCCC	2	8	733485	733492	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_011126	ATTT	2	8	779683	779690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011126	TGTC	2	8	787033	787040	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_011126	CGGC	2	8	787483	787490	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011126	ATCT	2	8	788089	788096	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_011126	ACTG	2	8	788419	788426	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_011126	TCGC	2	8	789190	789197	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011126	TCCT	2	8	790082	790089	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_011126	CATC	2	8	790445	790452	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011126	AGTT	2	8	814845	814852	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011126	ATTT	2	8	814897	814904	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011126	ATGT	2	8	822544	822551	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011126	GGGT	2	8	822565	822572	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011126	TCTT	2	8	822588	822595	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_011126	AAAT	2	8	846866	846873	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011126	AATA	2	8	846951	846958	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011126	AATT	2	8	857701	857708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011126	ATTC	2	8	862135	862142	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_011126	TTAT	2	8	862318	862325	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011126	GGAG	2	8	867456	867463	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011126	TATG	2	8	876352	876359	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011126	TGAG	2	8	884179	884186	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011126	TAGT	2	8	902235	902242	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011126	GATT	2	8	910276	910283	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011126	TAAA	2	8	915523	915530	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011126	TATT	2	8	915728	915735	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011126	TAGG	2	8	915991	915998	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011126	ATCT	2	8	916020	916027	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_011126	AGAT	2	8	916052	916059	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011126	CAAA	2	8	916167	916174	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_011126	TTCA	2	8	917996	918003	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_011126	TCTT	2	8	921368	921375	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_011126	ATGT	2	8	921415	921422	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011126	AAAG	2	8	930271	930278	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011126	TAAA	2	8	948968	948975	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011126	TAAA	2	8	949263	949270	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011126	TTTG	2	8	988422	988429	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011126	TTTA	2	8	988501	988508	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011126	AATT	2	8	1000428	1000435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011126	ATTA	2	8	1023472	1023479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011126	AGTT	2	8	1035628	1035635	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011126	ATAA	2	8	1037356	1037363	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011126	CAAA	2	8	1037517	1037524	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_011126	TTTG	2	8	1037712	1037719	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011126	TTTG	2	8	1037778	1037785	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011126	TTTG	2	8	1037844	1037851	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011126	TTTG	2	8	1037910	1037917	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011126	TTTG	2	8	1037976	1037983	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011126	TTTG	2	8	1038107	1038114	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011126	TCTG	2	8	1038151	1038158	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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151	NC_011126	TTTG	2	8	1038239	1038246	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.