MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori Shi470 chromosome

Total Repeats: 213

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010698	GAAAC	2	10	4653	4662	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010698	TTTTA	2	10	4923	4932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010698	GTCGT	2	10	6501	6510	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010698	GCTTT	2	10	13330	13339	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010698	AAAAG	2	10	22739	22748	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010698	TTAAA	2	10	55196	55205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010698	ACAAA	2	10	55225	55234	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010698	AAAGA	2	10	55823	55832	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010698	CGATC	2	10	57488	57497	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010698	AATGA	2	10	57570	57579	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010698	TTTTA	2	10	66095	66104	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010698	TTACA	2	10	67980	67989	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010698	AGATA	2	10	82091	82100	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010698	TAAAA	2	10	82160	82169	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010698	AATTT	2	10	91222	91231	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010698	CAAAA	2	10	97913	97922	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010698	TTTAT	2	10	100401	100410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010698	GAATG	2	10	102623	102632	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010698	TTAAT	2	10	106773	106782	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010698	CAATC	2	10	116101	116110	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_010698	CAAAT	2	10	147903	147912	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010698	CAAAA	2	10	155155	155164	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010698	TTTCT	2	10	169232	169241	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010698	AAATC	2	10	169581	169590	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010698	CAAAA	2	10	169599	169608	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010698	TTTAA	2	10	172626	172635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010698	TTTGA	2	10	194395	194404	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010698	AAACA	2	10	196998	197007	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_010698	AAGCG	2	10	215503	215512	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_010698	TAAAA	2	10	229436	229445	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010698	AAATT	2	10	240309	240318	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010698	CAATC	2	10	249395	249404	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_010698	AAATA	2	10	268076	268085	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010698	GTTTT	2	10	273690	273699	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010698	ATTGA	2	10	311867	311876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010698	TTATA	2	10	316891	316900	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010698	AAGTT	2	10	323629	323638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010698	CCTAG	2	10	350401	350410	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_010698	AAAAC	2	10	377129	377138	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_010698	AATCA	2	10	399995	400004	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010698	AAAGG	2	10	412711	412720	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010698	TTAAT	2	10	414325	414334	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010698	CCTTG	2	10	419088	419097	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_010698	ATAAA	2	10	424487	424496	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010698	AAAAT	2	10	424521	424530	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010698	GTTTT	2	10	432559	432568	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010698	TAACA	2	10	445227	445236	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010698	ATTGA	2	10	446586	446595	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010698	AATAA	2	10	446616	446625	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010698	AAAAT	2	10	451356	451365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010698	TATCC	2	10	461616	461625	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010698	AAAAT	2	10	470377	470386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010698	TTAAA	2	10	475091	475100	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010698	TAAAA	2	10	494271	494280	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010698	CAAAA	2	10	494307	494316	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010698	TAAAA	2	10	500241	500250	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010698	TTTAA	2	10	508662	508671	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010698	ACAAA	2	10	549170	549179	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010698	ATAAA	2	10	555046	555055	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010698	TAAAA	2	10	564271	564280	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010698	TGGTA	2	10	571439	571448	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010698	AAAGA	2	10	582051	582060	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010698	AGAAT	2	10	595111	595120	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010698	AAGCA	2	10	613192	613201	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010698	ATCAA	2	10	614528	614537	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010698	TAAAT	2	10	618452	618461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010698	TTTAA	2	10	624134	624143	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010698	TTGAT	2	10	626572	626581	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010698	ATTCC	2	10	630413	630422	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_010698	TAGAA	2	10	640112	640121	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010698	GTTTT	2	10	650646	650655	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010698	TTAAT	2	10	656473	656482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010698	AAACA	2	10	661188	661197	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010698	CTTTT	2	10	662246	662255	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010698	TAAAA	2	10	668398	668407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010698	ATTAA	2	10	705927	705936	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010698	TTCCT	2	10	712637	712646	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_010698	TTAAA	2	10	729577	729586	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010698	CCTTA	2	10	761728	761737	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010698	TCGTT	2	10	783318	783327	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010698	AAAGC	2	10	797243	797252	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010698	TACAA	2	10	797312	797321	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010698	TAAAA	2	10	801366	801375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010698	TTTAA	2	10	801445	801454	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010698	AAGAA	2	10	807827	807836	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010698	AATGC	2	10	807866	807875	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010698	GTTTG	2	10	807936	807945	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010698	TTGTT	2	10	828415	828424	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010698	TAAAT	2	10	828530	828539	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010698	TTGAT	2	10	852357	852366	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010698	TTTTA	2	10	854292	854301	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010698	ATTTT	2	10	854485	854494	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010698	AGCCT	2	10	860029	860038	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_010698	AGTTA	2	10	868335	868344	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010698	AAACT	2	10	872666	872675	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_010698	TTTAA	2	10	897133	897142	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010698	CTACA	2	10	897198	897207	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_010698	TATAA	2	10	918165	918174	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010698	GAAAG	2	10	921309	921318	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010698	ATTGG	2	10	931952	931961	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010698	AAATC	2	10	932573	932582	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010698	TAAAA	2	10	938484	938493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010698	CATGC	2	10	951258	951267	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_010698	AAAGG	2	10	951641	951650	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010698	ATCGT	2	10	952066	952075	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_010698	TAAAT	2	10	961141	961150	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010698	AATCT	2	10	961178	961187	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_010698	TGGTG	2	10	965749	965758	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010698	TCAAG	2	10	969798	969807	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010698	AGATT	2	10	981457	981466	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010698	ACTAT	2	10	989745	989754	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_010698	GTTTT	2	10	1003339	1003348	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010698	TCTCA	2	10	1028241	1028250	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_010698	ATTTT	2	10	1032540	1032549	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010698	TTCAA	2	10	1034047	1034056	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010698	CTCAT	2	10	1034277	1034286	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_010698	TCACT	2	10	1035756	1035765	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_010698	TACTT	2	10	1036058	1036067	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_010698	TAAAT	2	10	1036452	1036461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_010698	TTAAA	2	10	1036468	1036477	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010698	TAAAT	2	10	1036486	1036495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010698	AGCGA	2	10	1039762	1039771	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_010698	AACGA	2	10	1039862	1039871	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_010698	ATTTA	2	10	1040448	1040457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010698	CAACA	2	10	1041154	1041163	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_010698	AAAAT	2	10	1062076	1062085	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010698	AACCT	2	10	1069729	1069738	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_010698	AATTG	2	10	1079426	1079435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010698	ATAAA	2	10	1083487	1083496	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010698	TAAAA	2	10	1094481	1094490	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010698	TGAAA	2	10	1108811	1108820	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010698	TATCT	2	10	1122089	1122098	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_010698	AAATC	2	10	1124196	1124205	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_010698	AAAAC	2	10	1129041	1129050	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_010698	CCGCT	2	10	1133821	1133830	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_010698	ATTTT	2	10	1139311	1139320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010698	TTCAT	2	10	1140709	1140718	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_010698	AAGAA	2	10	1155684	1155693	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010698	TCTTA	2	10	1155732	1155741	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_010698	GATTT	2	10	1159175	1159184	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010698	AATTT	2	10	1159211	1159220	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010698	CACGA	2	10	1160538	1160547	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_010698	TTACC	2	10	1161336	1161345	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_010698	TTAAA	2	10	1169807	1169816	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010698	AAAAG	2	10	1171398	1171407	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010698	TAAAA	2	10	1180583	1180592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010698	ATTTA	2	10	1192483	1192492	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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206	NC_010698	TATAA	2	10	1536238	1536247	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
207	NC_010698	ATATT	2	10	1552319	1552328	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_010698	AATCA	2	10	1555064	1555073	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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212	NC_010698	GATAA	2	10	1607191	1607200	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.