MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus somnus 2336 chromosome

Total Repeats: 345

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010519	GATGT	2	10	16074	16083	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010519	ACTTT	2	10	30801	30810	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010519	TGAAT	2	10	32186	32195	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010519	TTTAC	2	10	36706	36715	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010519	TACAT	2	10	41499	41508	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010519	AAATT	2	10	44853	44862	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010519	TTATT	2	10	55326	55335	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010519	TAGGA	2	10	59595	59604	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010519	TAAAT	2	10	76236	76245	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010519	TTGCG	2	10	91714	91723	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_010519	TTCAC	2	10	114028	114037	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_010519	AATTT	2	10	118783	118792	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010519	TAAAA	2	10	119000	119009	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010519	ATAGC	2	10	119095	119104	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010519	CTTTT	2	10	146379	146388	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_010519	AAAAC	2	10	152216	152225	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010519	GTTTT	2	10	152240	152249	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010519	ATTTG	2	10	173169	173178	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010519	AATTT	2	10	175505	175514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010519	TGATT	2	10	197469	197478	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010519	TTCAC	2	10	197641	197650	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_010519	TATAT	2	10	210765	210774	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_010519	ATAAA	2	10	216811	216820	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_010519	ATAAA	2	10	218554	218563	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010519	ATTTT	2	10	220482	220491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010519	TTAAA	2	10	220546	220555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010519	TAAAT	2	10	233167	233176	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010519	CTTTT	3	15	247649	247663	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_010519	AGTTA	2	10	256295	256304	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010519	ATTAT	2	10	259215	259224	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010519	TATAT	2	10	260151	260160	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010519	TAATT	2	10	261771	261780	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010519	AATGG	2	10	261846	261855	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010519	TAATT	2	10	263271	263280	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010519	TAATT	2	10	264151	264160	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010519	ATATA	2	10	279366	279375	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010519	TGTTT	2	10	305439	305448	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010519	GGTTG	2	10	305604	305613	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010519	GAAAA	2	10	306926	306935	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010519	ATATA	2	10	315639	315648	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010519	GACTA	2	10	323015	323024	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010519	AAAAG	2	10	334010	334019	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010519	GTCAG	2	10	334295	334304	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010519	ATTCA	2	10	334621	334630	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_010519	TTTGA	2	10	335230	335239	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010519	TAATT	2	10	336302	336311	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010519	TAGTC	2	10	341994	342003	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010519	TCTAT	2	10	368871	368880	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_010519	TATGC	2	10	377138	377147	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_010519	TATTT	2	10	383165	383174	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010519	TTTTC	2	10	383397	383406	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010519	TTAAA	2	10	390536	390545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010519	TGTAA	2	10	392972	392981	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010519	AAGGA	2	10	416646	416655	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010519	TATTT	2	10	432907	432916	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010519	AAATG	2	10	436393	436402	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010519	GATAA	2	10	450203	450212	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010519	AAATA	2	10	450231	450240	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010519	CGGAT	2	10	482384	482393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010519	AAATC	2	10	493141	493150	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010519	TATTT	2	10	500971	500980	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010519	TAAAA	2	10	509913	509922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010519	ATTTT	2	10	509932	509941	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010519	AAATT	2	10	509980	509989	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010519	TCATT	2	10	515529	515538	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010519	GGGAG	2	10	515872	515881	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010519	AGTCG	2	10	516482	516491	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_010519	AGGTT	2	10	516908	516917	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010519	TAAAA	2	10	523388	523397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010519	TAGAT	2	10	524323	524332	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010519	ATTTT	2	10	531195	531204	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010519	TTTTC	2	10	537163	537172	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010519	AATTT	2	10	537306	537315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010519	GTGCG	2	10	542164	542173	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010519	CAACA	2	10	548388	548397	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_010519	CAAAA	2	10	566792	566801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010519	AAAGA	2	10	567676	567685	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010519	AATGA	2	10	567981	567990	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_010519	CTTTC	2	10	585197	585206	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010519	AGATT	2	10	603708	603717	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010519	ATTTT	2	10	610278	610287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010519	TACAT	2	10	618253	618262	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010519	TTTTA	2	10	629324	629333	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010519	TCATT	2	10	631858	631867	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010519	GGGAG	2	10	632201	632210	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010519	AGTCG	2	10	632811	632820	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010519	AGGTT	2	10	633237	633246	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010519	AAAAT	2	10	656185	656194	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010519	CGAAA	2	10	658634	658643	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_010519	TTAAA	2	10	663978	663987	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010519	GTTTA	2	10	666926	666935	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010519	TTGTT	2	10	667133	667142	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010519	TTTTC	2	10	667465	667474	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_010519	TCATT	2	10	674294	674303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_010519	GGGAG	2	10	674637	674646	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010519	AGTCG	2	10	675247	675256	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_010519	AGGTT	2	10	675673	675682	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010519	CCCCT	2	10	680715	680724	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
99	NC_010519	TTGAT	2	10	685983	685992	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010519	ATATT	2	10	691270	691279	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010519	GAAAT	2	10	692266	692275	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010519	CAATC	2	10	692514	692523	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_010519	AATAA	2	10	692720	692729	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010519	TTTTC	2	10	701414	701423	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010519	TAACA	2	10	703253	703262	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_010519	ATATA	2	10	703638	703647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010519	GTGTG	2	10	704876	704885	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010519	AAATA	2	10	705106	705115	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010519	ATTTA	2	10	710320	710329	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010519	ATTCA	2	10	736689	736698	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010519	AACCT	2	10	746661	746670	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_010519	TGGTG	2	10	752500	752509	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010519	TTTTG	2	10	753756	753765	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010519	GCTAT	2	10	765646	765655	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010519	CCTAA	2	10	788275	788284	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_010519	AAGTA	2	10	791839	791848	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010519	TGTTT	2	10	800372	800381	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010519	AAAAT	2	10	800384	800393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010519	ATACA	2	10	800631	800640	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_010519	TGTTT	2	10	815987	815996	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010519	TGATA	2	10	817672	817681	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010519	TTAAA	2	10	846431	846440	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010519	AAAAC	2	10	852000	852009	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_010519	CCTAT	2	10	854061	854070	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_010519	TCAAT	2	10	858591	858600	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_010519	ATTAG	2	10	860425	860434	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010519	TTTTA	2	10	861118	861127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010519	TCAAT	2	10	861407	861416	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010519	TTGTA	2	10	873048	873057	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010519	AAATT	2	10	884640	884649	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010519	GTAAA	2	10	908880	908889	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010519	AAAAC	2	10	914448	914457	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_010519	TTAAA	2	10	914590	914599	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010519	TCTCT	2	10	915938	915947	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_010519	GAACA	2	10	943267	943276	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_010519	ACACA	2	10	950069	950078	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_010519	TAATT	2	10	953386	953395	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010519	GTGCT	2	10	956048	956057	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_010519	TTTCC	2	10	958956	958965	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_010519	ATTTT	2	10	959750	959759	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010519	TTAAA	2	10	962627	962636	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010519	AAATA	2	10	969563	969572	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010519	TCATT	2	10	987660	987669	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_010519	GGGAG	2	10	988003	988012	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010519	AGTCG	2	10	988613	988622	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_010519	AGGTT	2	10	989039	989048	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010519	AACAA	2	10	990790	990799	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_010519	TAAGG	2	10	1007876	1007885	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_010519	ATTGA	2	10	1926330	1926339	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_010519	GGGAG	2	10	2120899	2120908	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_010519	GCGTG	2	10	2128884	2128893	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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328	NC_010519	ATTAG	2	10	2136818	2136827	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
329	NC_010519	GTACA	2	10	2137956	2137965	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
330	NC_010519	TTACT	2	10	2138755	2138764	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
331	NC_010519	CTTTT	2	10	2146529	2146538	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
332	NC_010519	ACAAG	2	10	2150137	2150146	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
333	NC_010519	TATTT	2	10	2165663	2165672	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_010519	ACTAA	2	10	2166114	2166123	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
335	NC_010519	AATTA	2	10	2168575	2168584	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_010519	CAAAG	2	10	2176026	2176035	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
337	NC_010519	AAAAC	2	10	2176055	2176064	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
338	NC_010519	ACTTT	2	10	2178249	2178258	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
339	NC_010519	AAATA	2	10	2191391	2191400	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_010519	TACAA	2	10	2200406	2200415	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
341	NC_010519	AATAA	2	10	2223924	2223933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_010519	CAGGG	2	10	2229262	2229271	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
343	NC_010519	GGCGG	2	10	2235036	2235045	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
344	NC_010519	AGGAA	2	10	2243745	2243754	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
345	NC_010519	TAAAA	2	10	2259937	2259946	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.