MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	CATT	3	12	4215	4226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010369	ATGA	2	8	4285	4292	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010369	AATG	2	8	4340	4347	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010369	CGCC	2	8	8200	8207	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
5	NC_010369	GCTA	2	8	8315	8322	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_010369	GTAG	2	8	8341	8348	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010369	AGAT	2	8	10260	10267	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010369	CCCA	2	8	11615	11622	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
9	NC_010369	AAAC	2	8	11655	11662	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_010369	ACTC	2	8	11678	11685	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_010369	GGTC	2	8	11748	11755	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_010369	AGTA	2	8	14853	14860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010369	GCCA	2	8	14883	14890	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_010369	GAGT	2	8	14985	14992	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010369	GAAG	2	8	16827	16834	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010369	TTGA	2	8	16986	16993	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010369	GGAG	2	8	24400	24407	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010369	AGTT	2	8	24814	24821	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010369	CCAC	2	8	24953	24960	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_010369	CCAT	2	8	25030	25037	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_010369	CCCA	2	8	32825	32832	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_010369	CCAC	2	8	32881	32888	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
23	NC_010369	CGGG	2	8	33055	33062	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
24	NC_010369	GCTT	2	8	33117	33124	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010369	CCGA	2	8	33231	33238	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_010369	TTTC	2	8	36052	36059	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_010369	AAGT	2	8	36112	36119	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010369	ATGG	2	8	36125	36132	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010369	GACA	2	8	38287	38294	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_010369	GGTT	2	8	38337	38344	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010369	ACGC	2	8	40156	40163	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_010369	CGAT	2	8	40165	40172	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010369	TTCC	2	8	42372	42379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_010369	TTCT	2	8	45284	45291	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010369	GAGC	2	8	45328	45335	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_010369	GTAA	2	8	48631	48638	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010369	GTTC	2	8	49576	49583	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010369	ATCA	2	8	49641	49648	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_010369	GGTC	2	8	49768	49775	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_010369	ACGA	2	8	52741	52748	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010369	ACTC	2	8	54333	54340	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_010369	GGTG	2	8	54353	54360	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010369	TGGC	2	8	55644	55651	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_010369	GAAT	2	8	56568	56575	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010369	CGCT	2	8	59872	59879	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_010369	CGAT	2	8	60895	60902	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_010369	TGAG	2	8	62098	62105	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010369	AATA	2	8	62495	62502	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010369	AATC	2	8	64195	64202	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010369	GCGG	2	8	64425	64432	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_010369	GCTT	2	8	67333	67340	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_010369	AGAT	2	8	67360	67367	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010369	TGGG	2	8	68514	68521	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010369	CGAC	2	8	69551	69558	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_010369	TCGC	2	8	69577	69584	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_010369	GCGA	2	8	69609	69616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_010369	GACG	2	8	69629	69636	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_010369	CCCG	2	8	69659	69666	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
59	NC_010369	GAGC	2	8	69667	69674	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_010369	CGTC	2	8	69712	69719	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010369	GGTC	2	8	69850	69857	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_010369	GCGA	2	8	69858	69865	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_010369	GTGC	2	8	69891	69898	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_010369	GCCG	2	8	71553	71560	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_010369	GCCC	2	8	71907	71914	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
66	NC_010369	GCAG	2	8	71921	71928	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_010369	GGTC	2	8	71939	71946	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_010369	GCGA	2	8	71947	71954	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010369	ACGT	2	8	74030	74037	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_010369	GGTG	2	8	74054	74061	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010369	GTCT	2	8	74563	74570	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_010369	CGTC	2	8	75070	75077	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_010369	ATAC	2	8	76112	76119	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010369	TCGC	2	8	76431	76438	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_010369	CACC	2	8	76659	76666	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_010369	CTCC	2	8	76866	76873	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_010369	TCCC	3	12	77302	77313	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_010369	CCCA	2	8	77332	77339	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
79	NC_010369	CCCA	2	8	77360	77367	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
80	NC_010369	CATA	2	8	78070	78077	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_010369	CCAC	2	8	78466	78473	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_010369	TTCT	2	8	78815	78822	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_010369	CCGT	2	8	78909	78916	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010369	CGGT	2	8	79035	79042	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010369	GCGA	2	8	79499	79506	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_010369	CCGC	2	8	80178	80185	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
87	NC_010369	GTTG	2	8	80476	80483	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010369	GGTG	2	8	80665	80672	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010369	AGCA	2	8	81847	81854	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010369	CTAA	2	8	81861	81868	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_010369	GGCT	2	8	82059	82066	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010369	CGGT	2	8	82370	82377	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_010369	CTCC	2	8	82415	82422	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_010369	CCGA	2	8	82440	82447	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_010369	TGCT	2	8	83508	83515	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_010369	AGTC	2	8	84884	84891	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_010369	GACC	2	8	84922	84929	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_010369	AGCA	2	8	86205	86212	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_010369	CTAA	2	8	86219	86226	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_010369	TAGC	2	8	86271	86278	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_010369	CGAA	2	8	86359	86366	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_010369	TGAT	2	8	86420	86427	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010369	ACTT	2	8	88376	88383	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_010369	GTAC	2	8	88708	88715	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_010369	TCAC	2	8	89578	89585	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_010369	TGCT	2	8	89684	89691	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_010369	TTCG	2	8	91078	91085	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_010369	GGGC	2	8	91816	91823	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
109	NC_010369	GACC	2	8	94992	94999	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_010369	GTCT	2	8	95939	95946	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_010369	GCAG	2	8	105976	105983	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010369	CCGA	2	8	105994	106001	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_010369	GTTT	2	8	107822	107829	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010369	AATG	2	8	108216	108223	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010369	TTCA	2	8	108677	108684	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_010369	CGAG	2	8	111157	111164	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_010369	CTAT	2	8	115092	115099	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_010369	GGCA	2	8	117059	117066	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_010369	GACA	2	8	117095	117102	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_010369	TAGA	2	8	118987	118994	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010369	CCAT	2	8	121652	121659	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_010369	ATCG	2	8	121668	121675	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_010369	AGCG	2	8	121776	121783	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_010369	CATA	2	8	122679	122686	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_010369	TGAT	2	8	123560	123567	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010369	TTCG	2	8	123598	123605	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_010369	ATCG	2	8	123672	123679	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_010369	CAGC	2	8	124218	124225	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_010369	GTTG	2	8	128171	128178	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010369	TCCA	2	8	128257	128264	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_010369	TTCC	2	8	128625	128632	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_010369	CGCT	2	8	133708	133715	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_010369	CGAA	2	8	135910	135917	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_010369	ATGG	2	8	136664	136671	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010369	ACGC	2	8	138390	138397	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_010369	CAAG	2	8	139514	139521	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_010369	GTGA	2	8	140986	140993	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010369	CATC	2	8	141927	141934	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_010369	ATAC	2	8	142523	142530	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_010369	TTCG	2	8	142798	142805	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_010369	TAGT	2	8	142894	142901	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010369	CACT	2	8	144375	144382	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_010369	CTCA	2	8	144434	144441	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_010369	GTGG	2	8	147525	147532	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010369	GATA	2	8	149257	149264	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_010369	GATT	2	8	150624	150631	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_010369	ATCG	2	8	150815	150822	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_010369	ATTA	2	8	152018	152025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010369	GTCG	2	8	152557	152564	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_010369	ACCC	2	8	152921	152928	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
151	NC_010369	GTTG	2	8	156230	156237	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_010369	TCAA	2	8	156352	156359	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_010369	CGTC	2	8	156543	156550	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_010369	CGTC	2	8	157289	157296	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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174	NC_010369	ACGG	2	8	190371	190378	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
175	NC_010369	TCGC	2	8	190542	190549	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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178	NC_010369	CACC	2	8	191179	191186	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
179	NC_010369	ACGT	2	8	191639	191646	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
180	NC_010369	ACGT	2	8	192170	192177	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
181	NC_010369	TCAG	2	8	194424	194431	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.