MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	GCGA	2	8	102	109	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010366	GTCT	2	8	1584	1591	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_010366	GAAA	2	8	1770	1777	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010366	GCGG	2	8	3856	3863	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010366	ACTA	2	8	8693	8700	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_010366	AGCA	2	8	14020	14027	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_010366	GGAA	2	8	14254	14261	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010366	GAGC	2	8	15609	15616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_010366	TTAG	2	8	22473	22480	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010366	TGCT	2	8	22487	22494	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_010366	CACC	2	8	23669	23676	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_010366	GATT	2	8	30717	30724	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010366	CGAG	2	8	30842	30849	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_010366	TACA	2	8	30964	30971	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_010366	GGAC	2	8	30992	30999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_010366	TCAC	2	8	31899	31906	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_010366	TTCC	2	8	33337	33344	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_010366	TTAG	2	8	33456	33463	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010366	TGCT	2	8	33470	33477	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_010366	CACC	2	8	34652	34659	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_010366	CTCC	2	8	34896	34903	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_010366	CTGC	2	8	34998	35005	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010366	TCGC	2	8	37070	37077	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_010366	ACTT	2	8	38937	38944	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_010366	GTAC	2	8	39269	39276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_010366	TCAC	2	8	40139	40146	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_010366	TGCT	2	8	40245	40252	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010366	TTCG	2	8	41639	41646	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_010366	GGGC	2	8	42377	42384	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
30	NC_010366	GACC	2	8	45553	45560	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_010366	GTCT	2	8	46500	46507	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_010366	GCAG	2	8	56537	56544	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010366	CCGA	2	8	56555	56562	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_010366	GTTT	2	8	58383	58390	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010366	AATG	2	8	58777	58784	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010366	TTCA	2	8	59238	59245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010366	CGAG	2	8	61718	61725	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_010366	CTAT	2	8	65653	65660	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_010366	GGCA	2	8	67620	67627	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_010366	GACA	2	8	67656	67663	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010366	TAGA	2	8	69548	69555	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010366	CCAT	2	8	72213	72220	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_010366	ATCG	2	8	72229	72236	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_010366	AGCG	2	8	72337	72344	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_010366	CATA	2	8	73240	73247	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_010366	TGAT	2	8	74121	74128	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010366	TTCG	2	8	74159	74166	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_010366	ATCG	2	8	74233	74240	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_010366	CAGC	2	8	74779	74786	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_010366	GTTG	2	8	78732	78739	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010366	TCCA	2	8	78818	78825	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_010366	TTCC	2	8	79186	79193	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010366	CGCT	2	8	84269	84276	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_010366	CGAA	2	8	86471	86478	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_010366	ATGG	2	8	87225	87232	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_010366	ACGC	2	8	88951	88958	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_010366	CAAG	2	8	90075	90082	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_010366	GTGA	2	8	91547	91554	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010366	CATC	2	8	92488	92495	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_010366	ATAC	2	8	93084	93091	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_010366	TTCG	2	8	93359	93366	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_010366	TAGT	2	8	93455	93462	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010366	CACT	2	8	94936	94943	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_010366	CTCA	2	8	94995	95002	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_010366	GTGG	2	8	98086	98093	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010366	GAAA	2	8	99087	99094	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010366	GCGG	2	8	101174	101181	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
68	NC_010366	ATGC	2	8	103295	103302	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010366	TTAG	2	8	104648	104655	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010366	GGAA	2	8	104700	104707	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010366	GTCA	2	8	116453	116460	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_010366	AAAC	2	8	126169	126176	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_010366	TCTG	2	8	126764	126771	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010366	GACG	2	8	127521	127528	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_010366	ACTC	2	8	127591	127598	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_010366	CTGG	2	8	128848	128855	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_010366	GTTC	2	8	132525	132532	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_010366	GTCG	2	8	132860	132867	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_010366	CCCT	2	8	132930	132937	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
80	NC_010366	TTAG	2	8	134550	134557	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010366	GGAA	2	8	134602	134609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010366	ATAG	2	8	136111	136118	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010366	ACCG	2	8	137434	137441	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010366	CGTG	2	8	137479	137486	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_010366	TCGC	2	8	137614	137621	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_010366	ACAG	2	8	140323	140330	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_010366	CACG	2	8	141279	141286	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_010366	GTCC	2	8	141672	141679	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_010366	TGGC	2	8	141715	141722	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010366	CCAC	2	8	143376	143383	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_010366	CGAG	2	8	144185	144192	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_010366	CAAC	2	8	144356	144363	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_010366	GTAA	2	8	144499	144506	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.