MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 400

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010366	GTG	2	6	37	42	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010366	ACC	2	6	71	76	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_010366	CGA	2	6	208	213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010366	AAC	2	6	243	248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_010366	TTC	2	6	1238	1243	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010366	TGA	2	6	1341	1346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010366	GTC	2	6	1382	1387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_010366	GTT	2	6	1422	1427	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010366	GAG	2	6	1521	1526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010366	ATA	2	6	1527	1532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010366	CGA	2	6	1617	1622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010366	CGC	2	6	1635	1640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_010366	TGC	2	6	1694	1699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_010366	ATG	2	6	1740	1745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010366	CGT	2	6	3749	3754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_010366	TTC	2	6	3820	3825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_010366	ACT	2	6	3880	3885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_010366	TCC	2	6	4047	4052	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_010366	TCG	2	6	4976	4981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_010366	ATT	2	6	4994	4999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010366	GAC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010366	GTC	2	6	5048	5053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010366	GTC	2	6	5220	5225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010366	CTC	2	6	5236	5241	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_010366	ACC	2	6	5273	5278	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_010366	ATG	2	6	5400	5405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010366	CAT	2	6	8845	8850	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010366	TGG	2	6	8858	8863	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010366	GAA	2	6	8973	8978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010366	CTT	2	6	9026	9031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_010366	TCA	2	6	9089	9094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010366	TCC	2	6	12464	12469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_010366	GAC	2	6	12528	12533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_010366	CGT	2	6	12563	12568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_010366	GAT	2	6	12585	12590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010366	CGG	2	6	12714	12719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010366	TGT	2	6	12723	12728	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010366	TGG	2	6	12731	12736	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010366	CGA	2	6	12755	12760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_010366	GGC	3	9	12784	12792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010366	GCC	2	6	12794	12799	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_010366	CGT	2	6	14093	14098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010366	TCG	2	6	14176	14181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_010366	GCG	2	6	14229	14234	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010366	CTC	2	6	14292	14297	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_010366	CCT	2	6	15655	15660	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_010366	CGA	2	6	15710	15715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_010366	GGT	2	6	16355	16360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010366	TAG	2	6	22322	22327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_010366	TTC	2	6	22336	22341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_010366	AAG	2	6	22357	22362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010366	CGG	2	6	23714	23719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_010366	GCC	2	6	23726	23731	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_010366	CGA	2	6	23776	23781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_010366	CAC	2	6	23784	23789	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_010366	ACG	2	6	27576	27581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_010366	CCT	2	6	27915	27920	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_010366	ATC	2	6	27928	27933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_010366	GTC	2	6	30763	30768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_010366	TGT	2	6	30784	30789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010366	GAC	2	6	30798	30803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_010366	CGA	2	6	30807	30812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_010366	AGT	2	6	30836	30841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010366	CCA	2	6	30944	30949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_010366	CTG	2	6	30976	30981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_010366	CTC	2	6	31217	31222	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_010366	CAT	2	6	31290	31295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_010366	ATG	2	6	31407	31412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010366	GAG	2	6	33301	33306	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010366	GCC	2	6	33362	33367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_010366	CGG	2	6	34697	34702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_010366	GCC	2	6	34709	34714	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_010366	CGA	2	6	34759	34764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_010366	CAC	2	6	34767	34772	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_010366	TGA	2	6	34824	34829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010366	TCA	2	6	34835	34840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_010366	CCG	2	6	35027	35032	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_010366	TCG	2	6	35120	35125	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_010366	TAG	3	9	35129	35137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010366	TCG	2	6	35228	35233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_010366	TGC	2	6	35325	35330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_010366	AGT	2	6	35383	35388	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010366	GCT	2	6	35390	35395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_010366	CGA	2	6	35418	35423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_010366	GAC	2	6	35473	35478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_010366	ATC	2	6	35479	35484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_010366	TGA	2	6	35606	35611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010366	GCT	2	6	35767	35772	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_010366	AGT	2	6	35838	35843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010366	CCG	2	6	35915	35920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_010366	GCG	2	6	36914	36919	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_010366	ACG	2	6	36935	36940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_010366	TGG	2	6	37103	37108	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010366	CTG	2	6	37146	37151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_010366	TCG	2	6	37160	37165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_010366	TGG	2	6	38555	38560	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010366	TGC	2	6	38885	38890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_010366	AAT	2	6	38925	38930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_010366	GAG	2	6	38962	38967	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010366	CTA	2	6	38971	38976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010366	CAT	2	6	39223	39228	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_010366	CAC	2	6	39229	39234	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_010366	GCA	2	6	39260	39265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_010366	AGT	2	6	39410	39415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010366	CAC	2	6	39712	39717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_010366	CAA	2	6	40149	40154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_010366	CCG	2	6	40273	40278	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_010366	AGG	2	6	40306	40311	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010366	ACG	2	6	40312	40317	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_010366	GAC	2	6	40563	40568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_010366	GAC	2	6	40620	40625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010366	AAG	2	6	40771	40776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_010366	CAA	2	6	41246	41251	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_010366	TCG	2	6	41298	41303	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_010366	CGG	2	6	41322	41327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_010366	CTA	2	6	41363	41368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_010366	GGA	2	6	42295	42300	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010366	AAC	2	6	42319	42324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_010366	CGA	2	6	42325	42330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_010366	GGT	2	6	42420	42425	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010366	AGA	2	6	42487	42492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010366	CGA	2	6	42631	42636	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_010366	CAA	2	6	42703	42708	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_010366	CAG	2	6	42741	42746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_010366	GTC	2	6	42827	42832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_010366	ACC	2	6	42876	42881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_010366	GGT	2	6	42921	42926	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010366	TCC	2	6	45545	45550	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_010366	ACA	2	6	45569	45574	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_010366	GGT	2	6	45594	45599	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010366	ACT	2	6	46571	46576	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_010366	TGC	2	6	53388	53393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_010366	GTC	2	6	53412	53417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_010366	TCT	2	6	55176	55181	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_010366	GCG	2	6	55249	55254	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_010366	AGT	2	6	55288	55293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010366	CTA	2	6	55334	55339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_010366	GGC	2	6	56445	56450	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_010366	CGC	2	6	56591	56596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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399	NC_010366	CAA	2	6	147503	147508	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
400	NC_010366	CTC	2	6	147615	147620	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.