MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010364	CAACGC	2	12	13371	13382	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_010364	CAGAGC	2	12	25323	25334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_010364	ACCAAT	2	12	25683	25694	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_010364	TAACTA	2	12	46472	46483	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_010364	GCTGTC	2	12	46794	46805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_010364	AATCGA	2	12	97499	97510	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_010364	ACCCGT	2	12	103059	103070	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_010364	CAGCCA	2	12	141306	141317	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_010364	CACTCC	2	12	167819	167830	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_010364	GTGAAA	2	12	214543	214554	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010364	GCGACG	2	12	221279	221290	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010364	GCGACT	2	12	257305	257316	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_010364	GAGCGG	2	12	363897	363908	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010364	GTCGCG	2	12	364017	364028	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_010364	CGTCGC	2	12	369764	369775	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_010364	CGAACC	2	12	392385	392396	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_010364	GGTGCG	2	12	468227	468238	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_010364	TGTCCG	2	12	471046	471057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_010364	CCCGGT	2	12	542515	542526	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_010364	ATGCAC	2	12	648850	648861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_010364	GTGAAA	2	12	663282	663293	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_010364	CTACCT	2	12	739158	739169	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_010364	GACAGC	2	12	742988	742999	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_010364	ACAGCA	2	12	744642	744653	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_010364	GACAGC	2	12	745942	745953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_010364	CGAAGC	2	12	746080	746091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_010364	TCGGCG	2	12	748976	748987	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_010364	GACCAC	2	12	906416	906427	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_010364	ACTCCT	2	12	908128	908139	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_010364	GGGGTG	2	12	913888	913899	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010364	ACACGA	2	12	929325	929336	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_010364	GCCGTC	2	12	975109	975120	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_010364	TATAAC	2	12	999909	999920	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_010364	CGGCGC	2	12	1016143	1016154	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_010364	CCGCAC	2	12	1029431	1029442	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_010364	TTTCAC	2	12	1035627	1035638	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_010364	CGCGGC	2	12	1036817	1036828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_010364	CCCGCA	2	12	1041254	1041265	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_010364	TACCGC	2	12	1083405	1083416	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_010364	CTCGTA	2	12	1099554	1099565	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_010364	GACGAA	2	12	1200094	1200105	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_010364	CAACTG	2	12	1231740	1231751	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010364	GCTGGT	2	12	1262927	1262938	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_010364	GGCGCT	2	12	1341902	1341913	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_010364	TCACTA	2	12	1345729	1345740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_010364	ACTGTT	2	12	1460176	1460187	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_010364	CGTCGC	2	12	1464013	1464024	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_010364	GCCACA	2	12	1488385	1488396	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_010364	CGTCGG	2	12	1528029	1528040	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_010364	AGTGAA	2	12	1533372	1533383	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010364	CGCTGG	2	12	1586036	1586047	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_010364	CGCCAG	2	12	1650347	1650358	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_010364	TGGCTG	2	12	1701130	1701141	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_010364	CGGCCC	2	12	1794935	1794946	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_010364	AACTAG	2	12	1794977	1794988	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_010364	CCCCAC	2	12	1815862	1815873	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
57	NC_010364	GCCCCG	2	12	1906105	1906116	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_010364	ACAGCC	2	12	1914726	1914737	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_010364	CGCGAC	2	12	1951890	1951901	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_010364	GACCAC	2	12	1957562	1957573	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_010364	AGCATA	2	12	1957623	1957634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.