MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010364	CGCCC	2	10	9952	9961	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
2	NC_010364	CACCG	2	10	24825	24834	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_010364	TCGCG	2	10	34042	34051	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_010364	CCCAC	2	10	34320	34329	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
5	NC_010364	TGGGT	2	10	37107	37116	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010364	TCTGT	2	10	46737	46746	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_010364	CTACG	2	10	53503	53512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_010364	ACTGT	2	10	85831	85840	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010364	CGACG	2	10	88324	88333	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_010364	TCGCT	2	10	97559	97568	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_010364	GCGCC	2	10	110109	110118	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_010364	CTTAG	2	10	114950	114959	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010364	GCAGC	2	10	117472	117481	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_010364	GAAGA	2	10	117713	117722	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010364	TCGCT	2	10	119591	119600	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_010364	CAGCC	2	10	128618	128627	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_010364	GCGCC	2	10	142375	142384	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
18	NC_010364	CACAC	2	10	148845	148854	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_010364	CACGT	2	10	154811	154820	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_010364	GTCGT	2	10	167717	167726	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010364	GCGCC	2	10	176988	176997	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_010364	TAGCC	2	10	181266	181275	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_010364	TGGCG	2	10	186157	186166	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010364	GTGTG	2	10	200744	200753	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010364	TGAAG	2	10	201140	201149	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010364	GCGGA	2	10	203193	203202	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_010364	CGGTG	2	10	214383	214392	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010364	CGGGT	2	10	214590	214599	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_010364	TTATA	2	10	223157	223166	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010364	TGCCG	2	10	247969	247978	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_010364	GCGAC	2	10	255481	255490	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_010364	GTGGG	2	10	272565	272574	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010364	ACTGC	2	10	306385	306394	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010364	GAACG	2	10	309444	309453	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_010364	CCAGC	2	10	313025	313034	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_010364	GCTGC	2	10	346310	346319	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_010364	GACTC	2	10	355447	355456	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_010364	GAACA	2	10	355521	355530	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010364	CAGTC	2	10	384988	384997	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_010364	CCGCC	2	10	387196	387205	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_010364	ACGCA	2	10	397104	397113	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010364	CGTGG	2	10	402463	402472	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010364	GGCGT	2	10	419596	419605	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010364	ATCCC	2	10	421486	421495	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_010364	ACGGA	2	10	422909	422918	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010364	GACCG	2	10	430987	430996	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_010364	GCCAC	2	10	451081	451090	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_010364	TAGAT	2	10	456811	456820	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010364	AACTC	2	10	458015	458024	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_010364	CGGCG	2	10	504211	504220	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010364	ACGAC	2	10	519062	519071	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010364	CCAGC	2	10	519851	519860	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_010364	CGACG	2	10	571711	571720	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010364	TCGCT	2	10	594179	594188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_010364	CGCTG	2	10	617617	617626	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_010364	AATCA	2	10	627970	627979	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010364	TGGCG	2	10	642630	642639	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010364	CGCGA	2	10	676730	676739	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_010364	GCAGC	2	10	738939	738948	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_010364	GCCCG	2	10	739105	739114	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_010364	TTCGT	2	10	739221	739230	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010364	AACAG	2	10	743046	743055	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010364	AACAG	2	10	746000	746009	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010364	GCCCG	2	10	748635	748644	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
65	NC_010364	GGTGC	2	10	749041	749050	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010364	CATAC	2	10	749537	749546	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_010364	TGCTC	2	10	750260	750269	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_010364	GACTC	2	10	764784	764793	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_010364	TGTAC	2	10	765212	765221	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010364	GATCA	2	10	799900	799909	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010364	GTCGC	2	10	803123	803132	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_010364	CGAAG	2	10	839203	839212	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_010364	CGAAC	2	10	839259	839268	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010364	CGGCG	2	10	842529	842538	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_010364	GGGCT	2	10	845073	845082	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010364	TCTGG	2	10	850538	850547	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010364	TAGCC	2	10	852167	852176	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_010364	ACACC	2	10	874906	874915	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_010364	ACAGC	2	10	881304	881313	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010364	GCGTC	2	10	884598	884607	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_010364	GGCTG	2	10	888163	888172	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010364	GACGG	2	10	888911	888920	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010364	GCCCA	2	10	899651	899660	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
84	NC_010364	CCCCA	2	10	912027	912036	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
85	NC_010364	TGCGG	2	10	912443	912452	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_010364	CACCC	3	15	913945	913959	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
87	NC_010364	TGTCT	2	10	946627	946636	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_010364	GTACG	2	10	950678	950687	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_010364	CGGCG	2	10	950709	950718	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_010364	CGGCG	2	10	998929	998938	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_010364	AGGGA	2	10	1021519	1021528	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010364	TGGCT	2	10	1029412	1029421	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_010364	CCCCA	2	10	1038727	1038736	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
94	NC_010364	CGCTT	2	10	1053371	1053380	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010364	GGCTC	2	10	1060176	1060185	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_010364	ACCGA	2	10	1064890	1064899	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_010364	GGCGT	2	10	1075661	1075670	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_010364	GGCGA	2	10	1083384	1083393	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_010364	GGCGT	2	10	1096848	1096857	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010364	CCGGA	2	10	1103323	1103332	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_010364	ACGGC	2	10	1115059	1115068	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_010364	GACAG	2	10	1122581	1122590	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010364	CGACC	2	10	1134427	1134436	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_010364	AAATT	2	10	1136866	1136875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010364	CCCCG	2	10	1200072	1200081	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
106	NC_010364	ATGGG	2	10	1205528	1205537	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010364	AGCCG	2	10	1209384	1209393	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_010364	GGCCG	2	10	1215096	1215105	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_010364	CGGGC	2	10	1236582	1236591	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_010364	GTTGC	2	10	1240386	1240395	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010364	CACTA	2	10	1247153	1247162	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_010364	CAGTT	2	10	1268586	1268595	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_010364	GCCGC	2	10	1286045	1286054	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_010364	ACGCC	2	10	1306223	1306232	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_010364	TTGGG	2	10	1318896	1318905	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010364	TGTGG	2	10	1347880	1347889	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010364	TGAAC	2	10	1379905	1379914	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_010364	GTGTC	2	10	1386167	1386176	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_010364	TCCTA	2	10	1387632	1387641	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_010364	CGGAA	2	10	1396533	1396542	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_010364	CGGCG	2	10	1402517	1402526	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_010364	TGGGG	2	10	1418878	1418887	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010364	TTGCC	2	10	1435151	1435160	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_010364	GTCCG	2	10	1446555	1446564	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
125	NC_010364	GAGCG	2	10	1447224	1447233	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_010364	GATTC	2	10	1449710	1449719	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_010364	CCATG	2	10	1450242	1450251	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_010364	CGGTG	2	10	1507426	1507435	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010364	CGGAA	2	10	1515091	1515100	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_010364	GTCAG	2	10	1518761	1518770	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_010364	GTGCT	2	10	1523523	1523532	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_010364	GTACG	2	10	1527362	1527371	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_010364	TGCGA	2	10	1527418	1527427	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_010364	TCGGA	2	10	1529801	1529810	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_010364	GGCGG	2	10	1531213	1531222	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
136	NC_010364	GGCGG	2	10	1537849	1537858	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
137	NC_010364	ACTAT	2	10	1547583	1547592	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_010364	CGGTG	2	10	1581371	1581380	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_010364	GGGTA	2	10	1585882	1585891	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010364	CGAAA	2	10	1621843	1621852	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_010364	CACCC	2	10	1626096	1626105	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
142	NC_010364	AGGGG	2	10	1631814	1631823	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
143	NC_010364	TTGAA	2	10	1644196	1644205	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010364	CCCGA	2	10	1650286	1650295	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_010364	GTCCG	2	10	1650416	1650425	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_010364	GCGGT	2	10	1653099	1653108	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_010364	GCGTC	2	10	1676395	1676404	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_010364	GCGTG	2	10	1698619	1698628	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
149	NC_010364	ATGCG	2	10	1707106	1707115	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_010364	GGACT	2	10	1721736	1721745	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_010364	CGACA	2	10	1747771	1747780	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_010364	TGTAT	2	10	1753678	1753687	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010364	AAGCG	2	10	1779887	1779896	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_010364	GCGGG	2	10	1782744	1782753	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
155	NC_010364	CGAGA	2	10	1794815	1794824	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
156	NC_010364	CTTCC	2	10	1833758	1833767	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
157	NC_010364	GTGCC	2	10	1848739	1848748	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
158	NC_010364	CCCAA	2	10	1862822	1862831	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
159	NC_010364	TCGAT	2	10	1863203	1863212	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
160	NC_010364	TGGGC	2	10	1864783	1864792	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
161	NC_010364	GCTCG	2	10	1865649	1865658	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
162	NC_010364	GAAAA	2	10	1866957	1866966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010364	GAACC	2	10	1889533	1889542	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_010364	GAGGG	2	10	1893210	1893219	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
165	NC_010364	CCGTG	2	10	1895314	1895323	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
166	NC_010364	GACAC	2	10	1895405	1895414	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
167	NC_010364	GGGAG	2	10	1895527	1895536	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
168	NC_010364	CGCCC	2	10	1910289	1910298	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
169	NC_010364	CGCGC	2	10	1910480	1910489	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
170	NC_010364	TCCCA	2	10	1914926	1914935	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
171	NC_010364	CGGCG	2	10	1968759	1968768	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
172	NC_010364	CGACA	2	10	1990505	1990514	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.