MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus influenzae PittGG chromosome

Total Repeats: 182

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009567	ACTTCC	2	12	36	47	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009567	TAAAAA	2	12	48	59	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009567	TTTTCA	2	12	53411	53422	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009567	TAGTTT	2	12	58108	58119	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009567	TAGCCT	2	12	66310	66321	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009567	AGTAAA	2	12	71403	71414	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009567	TAAAAA	2	12	74691	74702	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009567	AATAGA	2	12	100147	100158	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009567	GATTTA	2	12	106189	106200	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009567	CAGTTT	2	12	113003	113014	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_009567	ACTTTT	2	12	126022	126033	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_009567	TTTTAT	2	12	146427	146438	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009567	TCGCTG	2	12	146941	146952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009567	AATTTA	2	12	175189	175200	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009567	TAAAAT	2	12	176339	176350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009567	TTAATC	2	12	189412	189423	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009567	AAATTG	2	12	189750	189761	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009567	CATAAT	2	12	217349	217360	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009567	TTTTTG	2	12	226329	226340	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009567	AAAAAT	2	12	238625	238636	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009567	AGGCAC	2	12	264294	264305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009567	ACCACA	2	12	264393	264404	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_009567	ACCACA	2	12	264578	264589	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009567	TAGTAA	2	12	269634	269645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009567	TTTTTC	2	12	278256	278267	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009567	TTTTGC	2	12	279148	279159	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009567	TCGTGC	2	12	284781	284792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009567	TCTTTG	2	12	289207	289218	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009567	TTGCCA	2	12	289554	289565	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009567	AAAAAC	2	12	301743	301754	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009567	AACAAA	2	12	340946	340957	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009567	TAAAGA	2	12	343260	343271	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009567	TGTTTC	2	12	350715	350726	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009567	ATTTAT	2	12	371551	371562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009567	GCAAAA	2	12	371869	371880	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009567	TATTGA	3	18	372015	372032	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009567	CGATGT	2	12	381908	381919	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009567	TAAAAA	2	12	415033	415044	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009567	TGAAAA	2	12	423857	423868	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009567	GAAACA	2	12	424879	424890	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_009567	TAAAAA	2	12	436841	436852	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009567	ATTTCA	2	12	440346	440357	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009567	CTTTCG	2	12	442320	442331	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009567	AACCCC	2	12	443761	443772	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_009567	GCCTTC	2	12	443870	443881	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_009567	GAAAAA	2	12	463039	463050	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009567	AAGATG	2	12	478145	478156	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009567	TGCCAA	2	12	517797	517808	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009567	TTTGGT	2	12	535564	535575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009567	TGGGCT	2	12	540171	540182	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_009567	TGGCAG	2	12	540266	540277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_009567	CTTCAA	2	12	547619	547630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009567	AGTTCA	2	12	547639	547650	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_009567	AAATGA	2	12	569962	569973	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009567	TTTAAA	2	12	577568	577579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009567	ATTTCA	2	12	580226	580237	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009567	CTTTCG	2	12	582200	582211	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009567	AACCCC	2	12	583891	583902	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_009567	GCCTTC	2	12	584000	584011	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_009567	TGAAAA	2	12	589807	589818	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009567	AAAAAC	2	12	605009	605020	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_009567	TTTGAG	2	12	648017	648028	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009567	GCAAGT	2	12	660276	660287	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_009567	TCTGGT	2	12	660771	660782	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009567	TATGTC	2	12	686419	686430	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_009567	AAAGCA	2	12	692323	692334	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_009567	ATTTCA	2	12	700415	700426	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009567	CTTTCG	2	12	702389	702400	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_009567	AACCCC	2	12	703830	703841	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_009567	GCCTTC	2	12	703939	703950	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009567	TCTTGA	2	12	732293	732304	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_009567	TAATTT	2	12	732863	732874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009567	AGTAAT	2	12	733967	733978	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009567	GTTCCT	2	12	734466	734477	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009567	CTAAAG	2	12	744137	744148	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009567	ATTTAC	2	12	750386	750397	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009567	ATCTTG	2	12	767400	767411	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009567	TATATC	2	12	767610	767621	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009567	AAGATA	2	12	776018	776029	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009567	ACGGGT	2	12	776032	776043	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009567	ATTTAG	2	12	776654	776665	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009567	TCAAAT	2	12	777327	777338	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009567	TTACGT	2	12	787746	787757	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009567	TAAATT	2	12	800597	800608	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009567	ACTTGA	2	12	800890	800901	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009567	TAAGGT	2	12	806822	806833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009567	GGTCAC	2	12	850389	850400	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009567	GGAATG	2	12	865411	865422	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009567	ACGCTT	2	12	891033	891044	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009567	TACAGA	2	12	904733	904744	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009567	CAACAT	2	12	912525	912536	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009567	GTTATT	2	12	931810	931821	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009567	GTGCCA	2	12	935137	935148	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009567	GTTTTA	2	12	953244	953255	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009567	TGTTCG	2	12	954210	954221	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_009567	TTTTTA	2	12	960024	960035	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009567	GGTGTT	2	12	963060	963071	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009567	TAACCA	5	30	967582	967611	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009567	TTCTTA	2	12	974653	974664	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009567	TTTCAA	2	12	975795	975806	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009567	CATTTT	2	12	997764	997775	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009567	GTTTAG	2	12	1041778	1041789	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009567	ATAAAA	2	12	1054286	1054297	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009567	ATAAAA	2	12	1091414	1091425	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009567	ATCAAC	2	12	1096575	1096586	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009567	AAAAAC	2	12	1134187	1134198	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009567	ATTTCA	2	12	1135474	1135485	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009567	CTTTCG	2	12	1137448	1137459	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009567	AACCCC	2	12	1138889	1138900	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_009567	GCCTTC	2	12	1138998	1139009	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_009567	AATAAA	2	12	1142167	1142178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009567	TTTTAT	2	12	1148696	1148707	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009567	TTTGAT	2	12	1158250	1158261	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009567	TAAAAA	2	12	1159419	1159430	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009567	ACAAGA	2	12	1165417	1165428	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009567	AGTTGA	2	12	1167098	1167109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009567	TTTCAC	2	12	1182004	1182015	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009567	TGGCGT	2	12	1183212	1183223	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009567	TTTTTC	2	12	1222216	1222227	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009567	TCTGTA	2	12	1231446	1231457	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_009567	ACGTGA	2	12	1246489	1246500	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_009567	AAGAAA	2	12	1249427	1249438	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009567	ACGTGA	2	12	1250376	1250387	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_009567	GCCAAG	2	12	1250453	1250464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009567	CAATCA	2	12	1251461	1251472	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009567	ACAAAA	2	12	1252104	1252115	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_009567	CGAAGG	2	12	1269794	1269805	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_009567	GGGGTT	2	12	1269904	1269915	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009567	AGCGAA	2	12	1271593	1271604	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_009567	TGAAAT	2	12	1273569	1273580	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009567	AAGTGA	2	12	1293928	1293939	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009567	ACGTGA	2	12	1295327	1295338	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_009567	CTTGCC	2	12	1296063	1296074	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_009567	CGAAGG	2	12	1303404	1303415	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_009567	GGGGTT	2	12	1303514	1303525	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009567	AGCGAA	2	12	1304953	1304964	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_009567	TGAAAT	2	12	1306929	1306940	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009567	GTTTTT	2	12	1308235	1308246	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009567	ATAACG	2	12	1356404	1356415	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_009567	TAACTA	2	12	1356647	1356658	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_009567	TCTTTT	2	12	1375991	1376002	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_009567	TAAACA	2	12	1381597	1381608	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_009567	GCTAAA	2	12	1401148	1401159	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_009567	ATTAAA	2	12	1408938	1408949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009567	GATAGC	2	12	1414961	1414972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_009567	TTAAAT	2	12	1415143	1415154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009567	TTTTGT	2	12	1430354	1430365	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009567	AATCCA	2	12	1430874	1430885	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_009567	TGAAAT	2	12	1432341	1432352	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009567	AAATAC	2	12	1457912	1457923	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_009567	TTAATT	2	12	1465014	1465025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_009567	AGGGGA	2	12	1472569	1472580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009567	ATGCCA	2	12	1484899	1484910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_009567	GGTTTA	2	12	1490278	1490289	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009567	GAAGGC	2	12	1573467	1573478	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_009567	AAAACT	2	12	1576410	1576421	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_009567	TAATGA	2	12	1582040	1582051	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
158	NC_009567	ACCTAA	2	12	1587038	1587049	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_009567	TTTATA	2	12	1596646	1596657	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_009567	ACCTCG	2	12	1611339	1611350	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
161	NC_009567	ATTTGA	2	12	1613563	1613574	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009567	TGCTTT	2	12	1614250	1614261	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_009567	ATTCTT	2	12	1674338	1674349	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
164	NC_009567	TTTGCG	2	12	1686421	1686432	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
165	NC_009567	TGGATT	2	12	1687713	1687724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_009567	AATTAA	2	12	1701045	1701056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_009567	TACTTT	2	12	1722975	1722986	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
168	NC_009567	CAAGAA	2	12	1748253	1748264	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
169	NC_009567	TTGCAA	2	12	1748504	1748515	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
170	NC_009567	CTAAAC	2	12	1753031	1753042	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_009567	CAAGCA	2	12	1764384	1764395	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_009567	CTTTTG	2	12	1777282	1777293	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
173	NC_009567	CCTGCC	2	12	1780363	1780374	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
174	NC_009567	GAATAA	2	12	1804706	1804717	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
175	NC_009567	TTGTAA	2	12	1804777	1804788	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
176	NC_009567	TGGCTT	2	12	1815538	1815549	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
177	NC_009567	AAAGAA	2	12	1815832	1815843	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
178	NC_009567	ACTATA	2	12	1870926	1870937	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
179	NC_009567	CAGAAA	2	12	1873580	1873591	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
180	NC_009567	GAATTA	2	12	1874353	1874364	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
181	NC_009567	ATATTG	2	12	1883525	1883536	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
182	NC_009567	GGTTTT	2	12	1883887	1883898	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.