MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus influenzae PittEE chromosome

Total Repeats: 394

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009566	TGCAT	2	10	443	452	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009566	CTTTC	2	10	513	522	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009566	TAAAA	2	10	1158	1167	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009566	AAAAT	2	10	4423	4432	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009566	AAATG	2	10	5479	5488	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009566	AAAAT	2	10	10311	10320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009566	ATTCT	2	10	13531	13540	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009566	AAAAG	2	10	18053	18062	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009566	CTTTC	2	10	26424	26433	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009566	ATTTC	2	10	28997	29006	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009566	AATGG	2	10	29763	29772	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009566	AACCA	2	10	30531	30540	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_009566	TATTT	2	10	32478	32487	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009566	CTAAT	2	10	38498	38507	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_009566	ATTTT	2	10	47685	47694	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009566	ATAAA	2	10	49621	49630	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009566	GAAGA	2	10	54418	54427	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009566	CAAAT	2	10	55736	55745	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009566	TTTAA	2	10	63335	63344	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009566	ATTTT	2	10	63357	63366	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009566	GGGAA	2	10	66541	66550	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009566	TACAA	2	10	72034	72043	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009566	TTAAC	2	10	74479	74488	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009566	TTTTA	2	10	106567	106576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009566	AACTT	2	10	109092	109101	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009566	AATCC	2	10	116401	116410	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_009566	TCTTT	2	10	116644	116653	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009566	TTTTC	2	10	124273	124282	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009566	ATTTT	2	10	132060	132069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009566	GATGA	2	10	134495	134504	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009566	AATGA	2	10	160721	160730	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009566	TAATT	2	10	163894	163903	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009566	AATTA	2	10	164272	164281	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009566	TCAGG	2	10	171814	171823	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009566	ATAAA	2	10	175557	175566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009566	TATGA	2	10	179447	179456	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009566	TAAAA	2	10	183417	183426	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009566	AAAAG	2	10	189677	189686	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009566	TTGTT	2	10	191229	191238	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009566	ATTTT	2	10	198703	198712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009566	AAACT	2	10	199236	199245	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_009566	TGTTT	2	10	211229	211238	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009566	AAAAT	2	10	233221	233230	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009566	AAAAC	2	10	244321	244330	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009566	TTTTC	2	10	256873	256882	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009566	TTTGT	2	10	257429	257438	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009566	ATTTC	2	10	257450	257459	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009566	GTAAC	2	10	258696	258705	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009566	TTTGT	2	10	258887	258896	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009566	TGAAA	2	10	258967	258976	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009566	TAAAT	2	10	265860	265869	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009566	TACTT	2	10	265876	265885	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009566	AAAAT	2	10	266865	266874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009566	TAAAA	2	10	267378	267387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009566	TTTAC	2	10	274793	274802	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009566	CCTAG	2	10	276793	276802	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_009566	TAATT	2	10	277614	277623	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009566	TTTTA	2	10	278233	278242	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009566	CATAA	2	10	299040	299049	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009566	AATAA	2	10	309992	310001	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009566	AAATA	2	10	310853	310862	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009566	AGATT	2	10	336518	336527	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009566	TTCAA	2	10	339320	339329	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009566	TAAAA	2	10	341214	341223	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009566	CGCAC	2	10	343760	343769	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_009566	TTATT	2	10	344826	344835	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009566	AGATT	2	10	344896	344905	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009566	AGAGC	2	10	348192	348201	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009566	CAGAT	2	10	349462	349471	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009566	TTTAT	2	10	349500	349509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009566	TTCAA	2	10	350083	350092	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009566	TATTT	2	10	350108	350117	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009566	AGAAA	2	10	353970	353979	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009566	TCGTA	2	10	354831	354840	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_009566	TTGAA	2	10	376400	376409	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009566	GAAGC	2	10	377655	377664	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_009566	AAAAC	2	10	378286	378295	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_009566	AGCGA	2	10	379024	379033	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009566	AGTCG	2	10	379626	379635	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_009566	TAGGT	2	10	379952	379961	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009566	ATACC	2	10	381841	381850	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_009566	TCATA	2	10	382017	382026	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_009566	TTTCT	2	10	395146	395155	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_009566	GAAAT	2	10	399694	399703	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009566	TTAAG	2	10	406736	406745	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009566	TTGAA	2	10	409544	409553	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009566	GAAGC	2	10	410799	410808	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_009566	AAAAC	2	10	411430	411439	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009566	AGCGA	2	10	412168	412177	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_009566	AGTCG	2	10	412770	412779	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009566	TAGGT	2	10	413096	413105	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009566	AAAAG	2	10	414728	414737	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009566	TTAAA	2	10	414893	414902	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009566	GAATT	2	10	416399	416408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009566	ATTTT	2	10	417713	417722	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009566	TACAC	2	10	418094	418103	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_009566	GCCAC	2	10	421216	421225	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_009566	AATTA	2	10	421933	421942	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009566	TTGAA	2	10	433001	433010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009566	TAATA	2	10	433154	433163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009566	AATTA	2	10	436382	436391	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009566	AAATA	2	10	436398	436407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009566	AATTA	2	10	438916	438925	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009566	TAATT	2	10	441614	441623	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009566	ATTGC	2	10	451437	451446	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_009566	TGTGA	2	10	457495	457504	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009566	AGGCA	2	10	458009	458018	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_009566	ACGGT	2	10	461900	461909	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_009566	TGACT	2	10	462072	462081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009566	CACAA	2	10	462127	462136	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_009566	CAAAA	2	10	463704	463713	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009566	CAAAA	2	10	463830	463839	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009566	CAAAA	2	10	464127	464136	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_009566	CAAAA	2	10	464253	464262	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009566	CAAAA	2	10	464550	464559	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_009566	CAAAA	2	10	464676	464685	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_009566	CAAAA	2	10	464937	464946	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009566	AAAAT	2	10	474012	474021	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009566	AAATT	2	10	474468	474477	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009566	GTATT	2	10	485780	485789	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009566	TAAAT	2	10	490664	490673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009566	CTTAT	2	10	491032	491041	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_009566	CTTTG	2	10	492156	492165	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_009566	GAATT	2	10	492400	492409	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009566	GACCA	2	10	494474	494483	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_009566	TTGTA	2	10	501179	501188	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009566	ATTAA	2	10	504470	504479	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009566	CATTC	2	10	516723	516732	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_009566	GAAAA	2	10	517295	517304	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009566	TATTT	2	10	521776	521785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009566	TCTTT	2	10	524272	524281	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_009566	CAATT	2	10	529582	529591	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009566	CTTTT	2	10	529732	529741	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009566	ATCTT	2	10	532289	532298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009566	TTGAA	2	10	532562	532571	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009566	GAAGC	2	10	533816	533825	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009566	GTGTA	2	10	534284	534293	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009566	TTATT	2	10	534500	534509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009566	AAAAC	2	10	534683	534692	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_009566	AGCGA	2	10	535421	535430	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_009566	AGTCG	2	10	536023	536032	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_009566	TAGGT	2	10	536462	536471	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009566	AAAAG	2	10	538094	538103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009566	AGTTT	2	10	538786	538795	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009566	ATAAC	2	10	539429	539438	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_009566	ACTTT	2	10	540035	540044	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_009566	AATTT	2	10	540501	540510	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009566	CCATT	2	10	540917	540926	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_009566	TTTTG	2	10	541129	541138	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_009566	TATTT	2	10	575773	575782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.