MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus somnus 129PT chromosome

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008309	CTTTT	2	10	1853	1862	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008309	ACAAG	2	10	5461	5470	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_008309	TATTT	2	10	18473	18482	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008309	ACTAA	2	10	18924	18933	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008309	AATTA	2	10	21385	21394	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008309	AAAAC	2	10	28865	28874	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008309	ACTTT	2	10	31059	31068	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008309	AAATA	2	10	44201	44210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008309	TACAA	2	10	53219	53228	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008309	AATAA	2	10	76738	76747	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008309	CAGGG	2	10	82079	82088	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008309	TGATG	2	10	91433	91442	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008309	TTTCT	2	10	92053	92062	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008309	GGGTT	2	10	92153	92162	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008309	GATGT	2	10	137993	138002	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008309	ACTTT	2	10	152960	152969	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008309	TGAAT	2	10	154345	154354	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008309	TACAT	2	10	163650	163659	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008309	TTATT	2	10	175658	175667	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008309	TAGGA	2	10	179926	179935	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008309	TAAAT	2	10	196562	196571	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008309	ATGTA	2	10	212799	212808	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008309	ATATT	2	10	216987	216996	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008309	GGGGC	2	10	218611	218620	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008309	CTTTT	2	10	261536	261545	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008309	AAAAC	2	10	267372	267381	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008309	GTTTT	2	10	267396	267405	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008309	CATTG	2	10	278636	278645	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008309	ATTTG	2	10	288336	288345	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008309	AATTT	2	10	290668	290677	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008309	TATAT	2	10	327313	327322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008309	ATAAA	2	10	333352	333361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008309	ATAAA	2	10	335108	335117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008309	ATTTT	2	10	337037	337046	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008309	TTAAA	2	10	337101	337110	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008309	TTCAC	2	10	346274	346283	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_008309	GTCCT	2	10	346299	346308	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008309	ATTTA	2	10	346851	346860	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008309	TGTTT	2	10	390101	390110	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008309	AAAAT	2	10	390113	390122	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008309	ATACA	2	10	390351	390360	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008309	TGTTT	2	10	407369	407378	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008309	TTAAA	2	10	437814	437823	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008309	AAAAC	2	10	443385	443394	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008309	CCTAT	2	10	445446	445455	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008309	ACATA	2	10	457169	457178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_008309	TTAAA	2	10	462134	462143	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008309	ATTAG	2	10	462339	462348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008309	CTAAT	2	10	462758	462767	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008309	TTTTA	2	10	463045	463054	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008309	TCAAT	2	10	463336	463345	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008309	TTAAA	2	10	484354	484363	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008309	TTGTA	2	10	488102	488111	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008309	AAATT	2	10	499691	499700	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008309	TCGGT	2	10	535895	535904	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008309	TCTTG	2	10	538161	538170	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008309	CTAGC	2	10	541203	541212	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_008309	AGTAG	2	10	545999	546008	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008309	TAATT	2	10	552505	552514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008309	ATTTT	2	10	552609	552618	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008309	TCAAT	2	10	563582	563591	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_008309	GTTTA	2	10	563884	563893	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008309	CTAGG	2	10	564012	564021	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008309	TTAAC	2	10	566800	566809	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_008309	TAAAT	2	10	570868	570877	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008309	TTTTA	2	10	571040	571049	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008309	TATAA	2	10	571128	571137	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008309	AAAAT	2	10	573530	573539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008309	TGGAT	2	10	575221	575230	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008309	ATTAC	2	10	575277	575286	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_008309	GTATT	2	10	583829	583838	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008309	ATTGT	2	10	583848	583857	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008309	TTTAT	2	10	583950	583959	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008309	CGAAA	2	10	589666	589675	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008309	CCAAT	2	10	615232	615241	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008309	ATCTT	2	10	639963	639972	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008309	AAATG	2	10	646376	646385	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008309	TTTTA	2	10	652454	652463	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008309	ATTTT	2	10	656969	656978	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008309	TTTAT	2	10	695344	695353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008309	AGTAG	2	10	696767	696776	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008309	GATCT	2	10	699559	699568	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_008309	GACTT	2	10	701081	701090	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_008309	CTGTA	2	10	748829	748838	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008309	TAAAA	2	10	772636	772645	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008309	ATTTA	2	10	774523	774532	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008309	TAAAT	2	10	774778	774787	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008309	GTTTT	2	10	775839	775848	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008309	TTTTA	2	10	776482	776491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008309	ATTTT	2	10	789879	789888	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008309	TAAAA	2	10	799424	799433	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008309	GTATG	2	10	804701	804710	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008309	TTTTA	2	10	813218	813227	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008309	ATAAA	2	10	813239	813248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008309	TAAAA	2	10	823110	823119	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008309	ATTTT	2	10	835174	835183	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008309	GTTAA	2	10	842929	842938	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008309	ATAGA	2	10	846721	846730	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008309	AAAGC	2	10	847026	847035	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008309	ATTTT	2	10	861185	861194	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008309	TAAAT	2	10	861238	861247	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008309	TTTTA	2	10	865307	865316	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008309	GAAAT	2	10	873743	873752	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008309	AGTTA	2	10	877330	877339	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008309	ATGAT	2	10	878378	878387	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008309	GAGAG	2	10	893521	893530	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008309	TAGAA	2	10	917715	917724	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008309	TAAAA	2	10	917731	917740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008309	AGATC	2	10	917750	917759	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_008309	TATTT	2	10	939675	939684	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008309	GAAAA	2	10	942229	942238	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008309	ATTGA	2	10	949376	949385	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008309	CGAAA	2	10	953017	953026	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008309	TTAAA	2	10	953391	953400	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008309	TAAAT	2	10	953541	953550	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008309	AATAA	2	10	953918	953927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008309	TATTT	2	10	954763	954772	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008309	CTATT	2	10	957375	957384	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_008309	GAAAA	2	10	961720	961729	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008309	TAAAA	2	10	996427	996436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008309	TTCGA	2	10	1006480	1006489	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_008309	CTAAA	2	10	1009382	1009391	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008309	TAAAA	2	10	1014540	1014549	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008309	AATCT	2	10	1015598	1015607	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008309	CCTAT	2	10	1020156	1020165	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_008309	ACCTA	2	10	1029140	1029149	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_008309	TAAAA	2	10	1030151	1030160	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008309	TGAAA	2	10	1036201	1036210	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008309	AATTC	2	10	1051848	1051857	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_008309	ATTAC	2	10	1070008	1070017	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_008309	ATTTA	2	10	1088153	1088162	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008309	ATTTT	2	10	1096007	1096016	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008309	GTTTT	2	10	1102553	1102562	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008309	TTCTG	2	10	1106703	1106712	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_008309	TCTAA	2	10	1106722	1106731	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_008309	TAATT	2	10	1107017	1107026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008309	ATTTA	2	10	1112291	1112300	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008309	ATGGC	2	10	1119464	1119473	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_008309	TTCAT	3	15	1143962	1143976	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008309	TAAAA	2	10	1144032	1144041	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008309	TCTTT	2	10	1145725	1145734	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_008309	AAATT	2	10	1162313	1162322	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008309	TATTT	2	10	1173033	1173042	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008309	ATTTT	2	10	1173291	1173300	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008309	GTTTC	2	10	1185858	1185867	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_008309	AAATA	2	10	1203088	1203097	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008309	GAAAA	2	10	1214834	1214843	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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277	NC_008309	GGCAT	2	10	2006540	2006549	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.