MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori HPAG1 chromosome

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008086	TTAAA	2	10	440	449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008086	GTTTT	2	10	3945	3954	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008086	TTTTA	2	10	6454	6463	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008086	AAATT	2	10	8616	8625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008086	GCTTT	2	10	14885	14894	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008086	AATCA	2	10	24462	24471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008086	AGCCT	2	10	27193	27202	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_008086	TTTAG	2	10	45484	45493	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008086	TTAAA	2	10	59169	59178	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008086	TTTTA	2	10	75960	75969	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008086	TTACA	2	10	77845	77854	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008086	TTTGT	2	10	81778	81787	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008086	TCCAT	2	10	92637	92646	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_008086	ATAAA	2	10	99185	99194	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008086	GAATG	2	10	113085	113094	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008086	TCCTT	2	10	115745	115754	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_008086	ATTTA	2	10	117330	117339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008086	CAATC	2	10	126599	126608	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_008086	AGATT	2	10	137667	137676	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008086	CAAAT	2	10	158554	158563	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008086	AACAA	2	10	165850	165859	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008086	ATATT	2	10	176849	176858	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008086	GAATG	2	10	176986	176995	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008086	GATTT	2	10	179807	179816	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008086	AAATC	2	10	180019	180028	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008086	TTTAA	2	10	183477	183486	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008086	AATGA	2	10	189006	189015	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008086	TTCAA	2	10	195113	195122	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008086	TTTAT	2	10	202861	202870	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008086	TGCCA	2	10	216179	216188	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_008086	TTGGT	2	10	216428	216437	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008086	GTTTT	2	10	231106	231115	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008086	TTTTA	2	10	242322	242331	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008086	CTAAC	2	10	242363	242372	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_008086	CAAAA	2	10	243701	243710	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008086	AAATT	2	10	253041	253050	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008086	CAATC	2	10	262116	262125	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008086	AAATA	2	10	280629	280638	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008086	GTTTT	2	10	286254	286263	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008086	TTATA	2	10	329554	329563	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008086	TTTTA	2	10	330943	330952	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008086	ATTAA	2	10	345941	345950	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008086	AATAA	2	10	350031	350040	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008086	AATAA	2	10	350043	350052	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008086	AAAAG	2	10	363829	363838	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008086	TAAAA	2	10	375239	375248	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008086	AGGAA	2	10	427646	427655	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008086	CCTTG	2	10	434004	434013	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008086	ATAAA	2	10	439382	439391	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008086	AAAAT	2	10	439416	439425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008086	TTTTG	2	10	447081	447090	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008086	AAAGC	2	10	452540	452549	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_008086	TAACA	2	10	460109	460118	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008086	AAAAT	2	10	466263	466272	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008086	TATCC	2	10	475044	475053	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008086	ACACC	2	10	478402	478411	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_008086	AGTTT	2	10	483948	483957	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008086	TAACT	2	10	488275	488284	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008086	TTCAA	2	10	503184	503193	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008086	GCTTT	2	10	511769	511778	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_008086	TATAG	2	10	530266	530275	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008086	TAAAA	2	10	533151	533160	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008086	TATAT	2	10	534685	534694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008086	GCATT	2	10	545745	545754	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_008086	ATTTT	2	10	552434	552443	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008086	TTGTA	2	10	556644	556653	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008086	AAAAG	2	10	565662	565671	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008086	ACTCT	2	10	580954	580963	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_008086	CTTAT	2	10	588798	588807	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008086	TAAGG	2	10	592621	592630	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008086	CGCTT	2	10	592733	592742	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_008086	ATTTT	2	10	592848	592857	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008086	TTTAA	2	10	624747	624756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008086	TTTGC	2	10	638860	638869	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008086	TTTAA	2	10	648505	648514	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008086	GCATA	2	10	686899	686908	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008086	AAATC	2	10	694733	694742	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008086	TTTCC	2	10	695385	695394	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_008086	TTTCC	2	10	696634	696643	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_008086	CTTAT	2	10	698539	698548	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008086	TAAAT	2	10	701773	701782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008086	AAAAC	2	10	707631	707640	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_008086	ATTTA	2	10	740937	740946	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008086	TACTA	2	10	745069	745078	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008086	TCTTT	2	10	780012	780021	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_008086	TTTTA	2	10	798222	798231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008086	TTTTA	2	10	807467	807476	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008086	CTTTT	2	10	813313	813322	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_008086	TTTGT	2	10	813344	813353	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008086	TTCTT	2	10	821954	821963	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_008086	TTTAT	2	10	833845	833854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008086	TTTTA	2	10	856094	856103	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008086	TCTTA	2	10	856106	856115	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_008086	AAAAT	2	10	856296	856305	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008086	TTAAA	2	10	856411	856420	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008086	TTTTA	2	10	864835	864844	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008086	TTTAA	2	10	887930	887939	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008086	AAAGA	2	10	890921	890930	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008086	ATTTT	2	10	892646	892655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008086	TATAA	2	10	900953	900962	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008086	AAGAA	2	10	904092	904101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008086	GAAAG	2	10	904102	904111	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008086	ATAAG	2	10	913316	913325	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008086	TCGTA	2	10	919072	919081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_008086	TAAAA	2	10	922452	922461	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008086	TTTGT	2	10	935118	935127	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008086	TTTAT	2	10	939780	939789	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008086	TCAAG	2	10	954440	954449	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_008086	AGATT	2	10	965794	965803	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008086	CGATC	2	10	986634	986643	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_008086	AGTTT	2	10	1000551	1000560	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008086	TATTT	2	10	1003554	1003563	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008086	CTCAT	2	10	1009884	1009893	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_008086	CCAAT	2	10	1011222	1011231	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_008086	TTCAA	2	10	1014694	1014703	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008086	CTCAT	2	10	1014924	1014933	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_008086	TCACT	2	10	1016402	1016411	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_008086	TACTT	2	10	1016700	1016709	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_008086	TTTTA	2	10	1016863	1016872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008086	AAATC	2	10	1017213	1017222	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_008086	AAATC	2	10	1017252	1017261	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_008086	TCTTT	2	10	1021398	1021407	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008086	AAAAT	2	10	1040980	1040989	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008086	TCTTT	2	10	1057670	1057679	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008086	TAAAA	2	10	1073384	1073393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008086	CTTAT	2	10	1081036	1081045	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_008086	CGCAC	2	10	1082913	1082922	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_008086	TTTAA	2	10	1087957	1087966	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008086	ATTAA	2	10	1087983	1087992	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008086	TTATT	2	10	1090492	1090501	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008086	AAATC	2	10	1103012	1103021	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_008086	CCCTC	2	10	1113067	1113076	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
133	NC_008086	GATTT	2	10	1137222	1137231	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008086	CAAAA	2	10	1138244	1138253	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_008086	CACGA	2	10	1138961	1138970	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_008086	TTACC	2	10	1139758	1139767	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_008086	TTATT	2	10	1140332	1140341	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008086	GTTCT	2	10	1141421	1141430	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_008086	CCAAT	2	10	1141831	1141840	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_008086	TTAAA	2	10	1148309	1148318	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008086	AAAAG	2	10	1149900	1149909	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008086	TAAAA	2	10	1157256	1157265	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008086	TAAAA	2	10	1159316	1159325	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008086	GAAGC	2	10	1163213	1163222	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_008086	TTTAA	2	10	1165057	1165066	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008086	ATTTA	2	10	1171240	1171249	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008086	TTAAT	2	10	1174006	1174015	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.