MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus ducreyi 35000HP chromosome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002940	CGAAGG	2	12	11361	11372	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_002940	TGAAAT	2	12	14754	14765	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002940	GTTTCA	2	12	22139	22150	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_002940	TATTGC	2	12	28434	28445	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_002940	ATAAAA	2	12	37554	37565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002940	TCAATT	2	12	40126	40137	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_002940	TTTATT	2	12	60241	60252	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002940	ACGGAC	2	12	74877	74888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_002940	AAAGAA	2	12	75468	75479	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002940	TTGCCG	2	12	88576	88587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_002940	GTTAAT	2	12	110971	110982	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002940	TAACAA	2	12	144040	144051	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_002940	TATAAC	2	12	152748	152759	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_002940	TTATAA	2	12	157571	157582	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002940	AATTTG	2	12	191297	191308	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002940	TAGGTG	2	12	193005	193016	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002940	ATTGAA	2	12	212604	212615	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002940	CTAAAT	2	12	215242	215253	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_002940	AAATAA	2	12	228202	228213	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002940	GTTAAA	2	12	228262	228273	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002940	CGAAGG	2	12	240874	240885	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_002940	TGAAAT	2	12	244267	244278	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002940	ATAAAA	2	12	254462	254473	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002940	TTATTT	2	12	268098	268109	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002940	TTTTGC	2	12	279211	279222	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_002940	TTCTCA	2	12	284154	284165	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_002940	GCGATT	2	12	298585	298596	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_002940	GTTATT	2	12	346650	346661	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002940	GATGAA	2	12	379769	379780	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002940	TCGAAA	2	12	390411	390422	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_002940	CTTTAA	2	12	428899	428910	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_002940	TATTTT	2	12	444607	444618	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002940	TCAAAA	2	12	480035	480046	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_002940	ATGCTA	2	12	480900	480911	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_002940	CGAAGG	2	12	490037	490048	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_002940	TGAAAT	2	12	493210	493221	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002940	TAAAAT	2	12	534365	534376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002940	GTTTTT	2	12	535332	535343	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002940	AAATCA	2	12	538973	538984	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_002940	AATTGA	2	12	549926	549937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002940	TAATGA	2	12	550035	550046	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_002940	TTAACG	2	12	598077	598088	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_002940	CGAAGG	2	12	617459	617470	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_002940	TGAAAT	2	12	620852	620863	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002940	TAAATA	2	12	693676	693687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002940	ACCGGC	2	12	739985	739996	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_002940	ATTTGA	2	12	749373	749384	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002940	AACTTT	2	12	768438	768449	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_002940	AAAATG	2	12	800892	800903	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002940	TAATTT	2	12	802060	802071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002940	CTGTTT	2	12	806650	806661	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_002940	GTTTAT	2	12	811799	811810	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_002940	AAGATA	2	12	817806	817817	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002940	AATTTT	2	12	818153	818164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002940	CAAAAC	2	12	847578	847589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_002940	GCTTGT	2	12	847772	847783	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_002940	AATTTT	2	12	848384	848395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002940	TTGATC	2	12	850175	850186	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_002940	TTAACT	2	12	858790	858801	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_002940	GGTGTT	2	12	874143	874154	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002940	TCAGCT	2	12	895581	895592	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_002940	TTAAAT	2	12	903301	903312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002940	TAAAAA	2	12	909816	909827	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002940	CAATAA	2	12	916518	916529	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_002940	ATTAAA	2	12	919080	919091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_002940	TCTTAA	2	12	960910	960921	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_002940	AAATTT	2	12	991548	991559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_002940	CATATA	2	12	992195	992206	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_002940	TTTTTC	2	12	1016880	1016891	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_002940	ATTTTT	2	12	1024941	1024952	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_002940	TACGTG	2	12	1033885	1033896	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_002940	TGCTAT	2	12	1034302	1034313	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_002940	CGTTTT	2	12	1054737	1054748	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_002940	TTGAAG	2	12	1101708	1101719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002940	TGAAAA	2	12	1102211	1102222	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002940	TAATGG	2	12	1102807	1102818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002940	AAAGAA	2	12	1146696	1146707	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_002940	AATGGC	2	12	1149373	1149384	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_002940	CAATTG	2	12	1152390	1152401	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_002940	TGTTAA	2	12	1165056	1165067	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_002940	TATTAA	2	12	1174297	1174308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002940	ATTGAA	2	12	1177401	1177412	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002940	ATTCTT	2	12	1185564	1185575	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_002940	CATTGT	2	12	1194621	1194632	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_002940	GCTGTG	2	12	1227727	1227738	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_002940	TGTAAG	2	12	1229321	1229332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002940	AAGCTA	2	12	1253061	1253072	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_002940	ATTTGG	2	12	1322555	1322566	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002940	TAAAAA	2	12	1390527	1390538	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_002940	CTAAAG	2	12	1397578	1397589	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_002940	CAAGCA	2	12	1398284	1398295	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_002940	TTTATT	2	12	1405746	1405757	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002940	AGCCAT	2	12	1411308	1411319	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_002940	AGTTTT	2	12	1412241	1412252	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002940	CTTATA	2	12	1429308	1429319	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_002940	AATAGA	2	12	1444669	1444680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_002940	ACTTTA	2	12	1444709	1444720	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_002940	TTATAT	2	12	1500649	1500660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002940	AAATGC	2	12	1505462	1505473	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_002940	ATTTCA	2	12	1537354	1537365	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_002940	GCCTTC	2	12	1540526	1540537	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_002940	CATTCG	2	12	1568745	1568756	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_002940	ATTTCA	2	12	1602174	1602185	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_002940	GCCTTC	2	12	1605346	1605357	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_002940	AGTTTT	2	12	1607415	1607426	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002940	ATTAAA	2	12	1615432	1615443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002940	TAAGCG	2	12	1628128	1628139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_002940	AAAGCT	2	12	1635644	1635655	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_002940	TCAATG	2	12	1673366	1673377	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.