MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC200

Total Repeats: 1789

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_002608	GCC	2	6	301507	301512	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1502	NC_002608	TTTC	2	8	304296	304303	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1503	NC_002608	AAGT	2	8	304356	304363	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1504	NC_002608	ATGG	2	8	304369	304376	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1505	NC_002608	TCG	2	6	304436	304441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1506	NC_002608	CGT	2	6	304443	304448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1507	NC_002608	GGT	2	6	304487	304492	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1508	NC_002608	CGA	2	6	306131	306136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1509	NC_002608	CCG	2	6	306149	306154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1510	NC_002608	TCG	2	6	306402	306407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1511	NC_002608	CGT	2	6	306426	306431	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1512	NC_002608	CGC	2	6	306491	306496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1513	NC_002608	TCA	2	6	306945	306950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1514	NC_002608	TGC	2	6	307007	307012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1515	NC_002608	AT	3	6	307357	307362	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1516	NC_002608	GC	3	6	308355	308360	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1517	NC_002608	G	6	6	308376	308381	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1518	NC_002608	CGG	2	6	308391	308396	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1519	NC_002608	ACGC	2	8	308400	308407	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1520	NC_002608	CGAT	2	8	308409	308416	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1521	NC_002608	GTC	2	6	308481	308486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1522	NC_002608	GTT	2	6	308521	308526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1523	NC_002608	GGC	2	6	308539	308544	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1524	NC_002608	GAAGA	2	10	308790	308799	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
1525	NC_002608	AAG	2	6	308864	308869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1526	NC_002608	AGT	2	6	309287	309292	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1527	NC_002608	GTC	3	9	309783	309791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1528	NC_002608	GAG	2	6	311111	311116	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1529	NC_002608	TTCC	2	8	311147	311154	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1530	NC_002608	GCC	2	6	311172	311177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1531	NC_002608	ATT	2	6	311224	311229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1532	NC_002608	TTCT	2	8	314059	314066	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1533	NC_002608	GC	4	8	314084	314091	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1534	NC_002608	CGA	2	6	314094	314099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1535	NC_002608	GAGC	2	8	314103	314110	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1536	NC_002608	CGGAG	2	10	314112	314121	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
1537	NC_002608	CA	3	6	314152	314157	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1538	NC_002608	A	7	7	314160	314166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1539	NC_002608	CA	3	6	315671	315676	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1540	NC_002608	ATC	2	6	317131	317136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1541	NC_002608	GGT	2	6	317170	317175	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1542	NC_002608	CTGTG	2	10	317193	317202	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
1543	NC_002608	AG	3	6	317355	317360	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1544	NC_002608	ACT	2	6	317385	317390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1545	NC_002608	GTAA	2	8	317406	317413	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1546	NC_002608	GTTC	2	8	318351	318358	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1547	NC_002608	ATCA	2	8	318416	318423	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1548	NC_002608	GGT	2	6	318427	318432	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1549	NC_002608	AGC	2	6	318434	318439	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1550	NC_002608	CGC	2	6	318442	318447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1551	NC_002608	CGGGCG	2	12	318503	318514	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1552	NC_002608	GGTC	2	8	318543	318550	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1553	NC_002608	ACG	2	6	318555	318560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1554	NC_002608	GGC	2	6	318566	318571	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1555	NC_002608	GCGGG	2	10	318581	318590	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
1556	NC_002608	GTC	2	6	318677	318682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1557	NC_002608	GC	3	6	318713	318718	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1558	NC_002608	GAGCG	2	10	318733	318742	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
1559	NC_002608	TCG	2	6	319007	319012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1560	NC_002608	AG	3	6	320531	320536	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1561	NC_002608	GAG	2	6	320597	320602	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1562	NC_002608	GCC	2	6	320633	320638	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1563	NC_002608	CG	3	6	322382	322387	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1564	NC_002608	CGA	2	6	323043	323048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1565	NC_002608	ACTC	2	8	323108	323115	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
1566	NC_002608	GAG	2	6	323116	323121	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1567	NC_002608	GGTG	2	8	323128	323135	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
1568	NC_002608	GGT	2	6	323191	323196	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1569	NC_002608	GAT	2	6	323272	323277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1570	NC_002608	TGGC	2	8	324419	324426	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1571	NC_002608	CTT	2	6	324458	324463	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1572	NC_002608	CTG	2	6	324505	324510	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1573	NC_002608	CGA	2	6	324519	324524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1574	NC_002608	CACGT	2	10	324578	324587	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
1575	NC_002608	CGA	2	6	324655	324660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1576	NC_002608	G	6	6	324784	324789	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1577	NC_002608	CCT	2	6	324827	324832	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1578	NC_002608	CGATG	2	10	324842	324851	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
1579	NC_002608	TAG	3	9	324900	324908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1580	NC_002608	GAT	2	6	324916	324921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1581	NC_002608	CAC	2	6	325550	325555	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1582	NC_002608	TG	3	6	326145	326150	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1583	NC_002608	TTG	2	6	326152	326157	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1584	NC_002608	ACGG	2	8	326166	326173	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1585	NC_002608	TTC	2	6	326218	326223	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1586	NC_002608	TCA	2	6	326264	326269	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1587	NC_002608	G	6	6	326321	326326	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1588	NC_002608	G	6	6	326355	326360	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1589	NC_002608	G	6	6	326389	326394	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1590	NC_002608	GT	3	6	326427	326432	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1591	NC_002608	GCGGT	2	10	326945	326954	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
1592	NC_002608	GTT	2	6	326992	326997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1593	NC_002608	TTG	2	6	327019	327024	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1594	NC_002608	GCT	2	6	327044	327049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1595	NC_002608	GTT	2	6	327663	327668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1596	NC_002608	CCG	2	6	327932	327937	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1597	NC_002608	AGT	2	6	328006	328011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1598	NC_002608	CTA	2	6	328090	328095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1599	NC_002608	AT	3	6	328113	328118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1600	NC_002608	CA	3	6	328555	328560	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1601	NC_002608	CGCT	2	8	328647	328654	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1602	NC_002608	GAG	2	6	328658	328663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1603	NC_002608	GGT	2	6	328687	328692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1604	NC_002608	GGA	2	6	328736	328741	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1605	NC_002608	GTTC	2	8	328745	328752	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1606	NC_002608	GGC	2	6	328759	328764	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1607	NC_002608	ACG	2	6	328770	328775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1608	NC_002608	GAG	2	6	328796	328801	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1609	NC_002608	CGAG	2	8	328803	328810	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1610	NC_002608	CGCA	2	8	328814	328821	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1611	NC_002608	CCG	2	6	328843	328848	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1612	NC_002608	GCG	2	6	328871	328876	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1613	NC_002608	CAA	2	6	328898	328903	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1614	NC_002608	CGT	2	6	329169	329174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1615	NC_002608	TAG	2	6	329663	329668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1616	NC_002608	CGAT	2	8	329670	329677	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1617	NC_002608	CGA	2	6	329774	329779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1618	NC_002608	TC	3	6	330449	330454	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1619	NC_002608	CTGTT	2	10	330597	330606	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
1620	NC_002608	AGG	2	6	330708	330713	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1621	NC_002608	ACC	2	6	330719	330724	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1622	NC_002608	C	6	6	330723	330728	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1623	NC_002608	AATA	2	8	330739	330746	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1624	NC_002608	CTG	2	6	330755	330760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1625	NC_002608	GT	4	8	331607	331614	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1626	NC_002608	AATC	2	8	332439	332446	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1627	NC_002608	GAC	2	6	332564	332569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1628	NC_002608	ATC	2	6	332609	332614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1629	NC_002608	TAC	2	6	332615	332620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1630	NC_002608	ATA	2	6	332634	332639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1631	NC_002608	GCGG	2	8	332669	332676	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
1632	NC_002608	GA	3	6	334179	334184	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1633	NC_002608	ACC	2	6	334221	334226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1634	NC_002608	CAG	2	6	334239	334244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1636	NC_002608	AAC	2	6	334388	334393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1771	NC_002608	CTG	2	6	364710	364715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1772	NC_002608	GAT	2	6	364734	364739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1773	NC_002608	CTG	2	6	364873	364878	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1774	NC_002608	TTC	2	6	364927	364932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1775	NC_002608	CG	3	6	364936	364941	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1776	NC_002608	GGT	2	6	364968	364973	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1777	NC_002608	GTC	2	6	365010	365015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1778	NC_002608	TCA	2	6	365017	365022	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1779	NC_002608	GTA	2	6	365025	365030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1780	NC_002608	CGA	2	6	365081	365086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1782	NC_002608	GAT	2	6	365150	365155	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1783	NC_002608	CGG	2	6	365222	365227	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1784	NC_002608	CGA	2	6	365234	365239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1785	NC_002608	GTT	2	6	365274	365279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1786	NC_002608	GA	3	6	365289	365294	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1787	NC_002608	TGCT	2	8	365358	365365	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
1788	NC_002608	AGCA	2	8	365384	365391	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1789	NC_002608	CTAA	2	8	365398	365405	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.