MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001869	GCGA	2	8	102	109	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_001869	GAAA	2	8	1770	1777	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_001869	GCGG	2	8	3856	3863	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
4	NC_001869	ACTA	2	8	8693	8700	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_001869	CGGT	2	8	12871	12878	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_001869	CCGT	2	8	13228	13235	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_001869	GTAC	2	8	13240	13247	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_001869	CTTG	2	8	13344	13351	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_001869	AAGA	2	8	13444	13451	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_001869	GTGA	2	8	13623	13630	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_001869	TGCT	2	8	13993	14000	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_001869	AGCA	2	8	14020	14027	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_001869	GGAA	2	8	14254	14261	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_001869	GAGC	2	8	15609	15616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_001869	CGAG	2	8	29448	29455	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_001869	TACA	2	8	29570	29577	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_001869	GGAC	2	8	29598	29605	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_001869	TCAC	2	8	30505	30512	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_001869	TTCC	2	8	31943	31950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_001869	TTAG	2	8	32062	32069	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_001869	TGCT	2	8	32076	32083	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_001869	AGCA	2	8	32103	32110	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_001869	GTAC	2	8	32856	32863	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_001869	ACGG	2	8	32868	32875	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_001869	GGCG	2	8	33125	33132	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_001869	CACC	2	8	33258	33265	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
27	NC_001869	TCGC	2	8	35676	35683	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_001869	AGTG	2	8	38344	38351	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_001869	TTGA	2	8	38483	38490	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_001869	ACTT	2	8	38619	38626	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_001869	GTAC	2	8	38951	38958	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_001869	ATCA	2	8	39615	39622	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_001869	CGGC	2	8	39623	39630	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_001869	TCAC	2	8	39821	39828	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_001869	TTCG	2	8	40790	40797	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_001869	GGGC	2	8	41528	41535	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_001869	GACC	2	8	44704	44711	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_001869	GTCT	2	8	45651	45658	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_001869	ACCG	2	8	52683	52690	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_001869	GCAG	2	8	55688	55695	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_001869	CCGA	2	8	55706	55713	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_001869	AATG	2	8	57928	57935	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_001869	CTGG	2	8	57979	57986	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_001869	TGTC	2	8	58018	58025	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_001869	TTCA	2	8	58389	58396	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_001869	TTAG	2	8	58511	58518	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_001869	GGAA	2	8	58563	58570	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_001869	CGAG	2	8	62282	62289	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_001869	TAGA	2	8	70112	70119	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_001869	TAGA	2	8	72125	72132	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_001869	CAGC	2	8	72210	72217	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_001869	TTGC	2	8	79381	79388	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_001869	GACA	2	8	79412	79419	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_001869	AATA	2	8	79426	79433	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_001869	TAGT	2	8	79712	79719	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_001869	ACGG	2	8	80334	80341	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_001869	GCAG	2	8	80875	80882	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_001869	CGCT	2	8	81054	81061	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_001869	CTAA	2	8	81088	81095	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_001869	CACT	2	8	81193	81200	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_001869	CTCA	2	8	81252	81259	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_001869	TGCT	2	8	82014	82021	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_001869	AGCA	2	8	82041	82048	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_001869	TCAC	2	8	82411	82418	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_001869	TCTT	2	8	82590	82597	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_001869	CAAG	2	8	82690	82697	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_001869	GTAC	2	8	82794	82801	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_001869	ACGG	2	8	82806	82813	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_001869	ACCG	2	8	83163	83170	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_001869	GTGG	2	8	85746	85753	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
71	NC_001869	GAAA	2	8	86747	86754	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_001869	GCGG	2	8	88834	88841	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
73	NC_001869	ATGC	2	8	90955	90962	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_001869	TTAG	2	8	101460	101467	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_001869	TGCT	2	8	101474	101481	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_001869	AGCA	2	8	101501	101508	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_001869	GTAC	2	8	102254	102261	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_001869	GGCG	2	8	102523	102530	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
79	NC_001869	CGGT	2	8	102756	102763	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_001869	GACT	2	8	102795	102802	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_001869	GTCA	2	8	103081	103088	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_001869	TGCT	2	8	105603	105610	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_001869	AGCA	2	8	105630	105637	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_001869	GTAC	2	8	106383	106390	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_001869	ACGG	2	8	106395	106402	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_001869	GGCG	2	8	106652	106659	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
87	NC_001869	CACC	2	8	106785	106792	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_001869	AAAC	2	8	114191	114198	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_001869	TCTG	2	8	114786	114793	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_001869	GACG	2	8	115543	115550	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_001869	ACTC	2	8	115613	115620	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_001869	CTGG	2	8	116870	116877	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_001869	GTTC	2	8	120547	120554	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_001869	GTCG	2	8	120882	120889	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_001869	CCCT	2	8	120952	120959	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
96	NC_001869	ATAG	2	8	122720	122727	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_001869	ACCG	2	8	124043	124050	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_001869	CGTG	2	8	124088	124095	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_001869	TCGC	2	8	124223	124230	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_001869	ACAG	2	8	126932	126939	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_001869	GGCA	2	8	127138	127145	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_001869	CACG	2	8	127888	127895	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_001869	ACTC	2	8	128127	128134	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_001869	CCAC	2	8	129985	129992	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_001869	CAAC	2	8	130965	130972	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_001869	GTAA	2	8	131108	131115	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_001869	AGTG	2	8	131491	131498	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_001869	GGAC	2	8	133757	133764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_001869	GTCA	2	8	133866	133873	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_001869	GCGG	2	8	135827	135834	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
111	NC_001869	AAAG	2	8	137179	137186	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_001869	CACC	2	8	137432	137439	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
113	NC_001869	CGCT	2	8	137471	137478	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_001869	TCGT	2	8	137486	137493	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_001869	CGTC	2	8	137763	137770	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_001869	TGTT	2	8	140139	140146	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_001869	CGAA	2	8	140266	140273	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_001869	AAAG	2	8	141689	141696	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_001869	GAGT	2	8	142412	142419	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_001869	GAGT	2	8	142486	142493	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_001869	AGTC	2	8	142550	142557	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_001869	GACC	2	8	142588	142595	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_001869	CGCC	2	8	142822	142829	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
124	NC_001869	GTAC	2	8	143091	143098	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_001869	TGCT	2	8	143844	143851	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_001869	AGCA	2	8	143871	143878	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_001869	CTAA	2	8	143885	143892	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_001869	AGGG	2	8	148694	148701	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
129	NC_001869	TGGT	2	8	149041	149048	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_001869	TTAG	2	8	150895	150902	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_001869	TGCT	2	8	150909	150916	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_001869	AGCA	2	8	150936	150943	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_001869	GTAC	2	8	151689	151696	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_001869	ACGG	2	8	151701	151708	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_001869	GGCG	2	8	151958	151965	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
136	NC_001869	CACC	2	8	152091	152098	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
137	NC_001869	AAAC	2	8	152683	152690	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_001869	TCTA	2	8	152739	152746	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_001869	AGGA	2	8	158546	158553	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_001869	CTCG	2	8	161100	161107	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_001869	TTCC	2	8	164819	164826	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_001869	CTAA	2	8	164871	164878	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_001869	TGAA	2	8	164993	165000	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_001869	GACA	2	8	165364	165371	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_001869	GCCA	2	8	165402	165409	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_001869	CATT	2	8	165454	165461	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_001869	GTCG	2	8	167675	167682	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_001869	CTGC	2	8	167694	167701	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_001869	CGGT	2	8	170699	170706	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_001869	AGAC	2	8	177731	177738	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_001869	GGTC	2	8	178678	178685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_001869	AGTG	2	8	181399	181406	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_001869	GCCC	2	8	181854	181861	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
154	NC_001869	CCGA	2	8	182123	182130	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
155	NC_001869	CGAA	2	8	182592	182599	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
156	NC_001869	GAGT	2	8	183559	183566	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_001869	GCCG	2	8	183759	183766	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
158	NC_001869	TGAT	2	8	183767	183774	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
159	NC_001869	GTAC	2	8	184431	184438	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
160	NC_001869	TCAA	2	8	184899	184906	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
161	NC_001869	CACT	2	8	185038	185045	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
162	NC_001869	GCGA	2	8	187706	187713	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
163	NC_001869	ATTC	2	8	189038	189045	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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165	NC_001869	GGTG	2	8	190124	190131	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_001869	CCGT	2	8	190514	190521	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
168	NC_001869	GTAC	2	8	190526	190533	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
169	NC_001869	TGCT	2	8	191279	191286	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
170	NC_001869	AGCA	2	8	191305	191312	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
171	NC_001869	CTAA	2	8	191319	191326	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.