MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus influenzae Rd KW20 chromosome

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000907	AATTT	2	10	1073	1082	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_000907	AAAAC	2	10	17984	17993	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000907	TTAAA	2	10	21139	21148	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_000907	AACAT	2	10	28010	28019	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_000907	ATAAA	2	10	30188	30197	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_000907	TATGA	2	10	54723	54732	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000907	GTTTT	2	10	104152	104161	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000907	CTGAA	2	10	104237	104246	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_000907	GCAAA	2	10	108198	108207	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_000907	AGAAA	2	10	116324	116333	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_000907	AAACT	2	10	122887	122896	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_000907	TAACC	2	10	125254	125263	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_000907	CGACT	2	10	125582	125591	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_000907	TCGGT	2	10	125957	125966	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_000907	GTTTT	2	10	126823	126832	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_000907	GCTTC	2	10	127453	127462	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_000907	TTCAA	2	10	128707	128716	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_000907	AAGAT	2	10	128980	128989	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_000907	ATCAA	2	10	129590	129599	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_000907	AAATC	2	10	130772	130781	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_000907	CAAAG	2	10	131304	131313	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_000907	AAAAG	2	10	131538	131547	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_000907	AATTG	2	10	131688	131697	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_000907	AAAAG	2	10	137010	137019	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000907	AAATA	2	10	139416	139425	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_000907	AAAGA	2	10	151871	151880	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000907	CTGTT	2	10	157758	157767	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_000907	TTAAT	2	10	161240	161249	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000907	TACAA	2	10	164527	164536	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_000907	TGATG	2	10	170287	170296	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_000907	TGGTC	2	10	171231	171240	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_000907	AATTC	2	10	173308	173317	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_000907	CAAAG	2	10	173552	173561	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_000907	ATCAA	2	10	173708	173717	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_000907	ATTTA	2	10	175040	175049	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_000907	TCACA	2	10	201144	201153	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_000907	ATACA	2	10	203241	203250	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_000907	TAATT	2	10	222167	222176	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_000907	AATAA	2	10	224756	224765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_000907	TTCAA	2	10	225561	225570	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_000907	AAAGA	2	10	237966	237975	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000907	ACGGC	2	10	238374	238383	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_000907	TAAAA	2	10	239417	239426	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_000907	AATTC	2	10	240733	240742	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_000907	TAACC	2	10	244080	244089	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_000907	CGACT	2	10	244408	244417	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_000907	TCGGT	2	10	244783	244792	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_000907	GTTTT	2	10	245649	245658	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_000907	GCTTC	2	10	246279	246288	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_000907	TTCAA	2	10	247533	247542	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_000907	TTAGT	2	10	254260	254269	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_000907	ATTTT	2	10	270783	270792	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_000907	TTGAA	2	10	274211	274220	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_000907	ATCTT	2	10	279304	279313	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_000907	TTTTA	2	10	282982	282991	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_000907	TTGAA	2	10	284917	284926	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_000907	AATCT	2	10	287714	287723	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_000907	ATTTT	2	10	287963	287972	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_000907	TTTCT	2	10	313410	313419	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_000907	TTTAT	2	10	314268	314277	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_000907	AATAA	2	10	345704	345713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000907	AATTA	2	10	346325	346334	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000907	CTAGG	2	10	347146	347155	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_000907	TTATT	2	10	352284	352293	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_000907	GTTTT	2	10	353206	353215	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_000907	TAAAG	2	10	353270	353279	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000907	ATTTA	2	10	353288	353297	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_000907	TGTTT	2	10	369405	369414	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_000907	AATAA	2	10	379118	379127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_000907	AAAAT	2	10	379995	380004	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_000907	TTTTC	2	10	380560	380569	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_000907	AAAAC	2	10	402051	402060	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_000907	TTATT	2	10	413707	413716	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000907	AAAAC	2	10	413730	413739	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_000907	GTAAT	2	10	414117	414126	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_000907	TAAAA	2	10	414532	414541	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_000907	ATCAT	2	10	433778	433787	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_000907	TTTTA	2	10	437025	437034	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000907	TTATA	2	10	437117	437126	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_000907	TTTAT	2	10	437722	437731	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_000907	CCTGA	2	10	441462	441471	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_000907	CAAAG	2	10	443990	443999	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_000907	CTATA	2	10	444000	444009	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_000907	TTCAT	2	10	453662	453671	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_000907	GAAAA	2	10	490242	490251	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_000907	TACAA	2	10	498364	498373	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_000907	AAGTT	2	10	505423	505432	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000907	AATTT	2	10	524578	524587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000907	AGTTA	2	10	542814	542823	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_000907	AAAAT	2	10	553975	553984	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_000907	AATTA	2	10	553995	554004	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_000907	TTTTA	2	10	567728	567737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_000907	GCTTT	2	10	576216	576225	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_000907	ATTAG	2	10	576864	576873	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_000907	AAGAA	2	10	582868	582877	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_000907	GGAAA	2	10	588056	588065	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_000907	AGAAT	2	10	592615	592624	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_000907	CTTTT	2	10	596425	596434	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_000907	AGAAT	2	10	600946	600955	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_000907	ATTTT	2	10	603655	603664	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_000907	AATAA	2	10	614846	614855	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_000907	TAAAT	2	10	614905	614914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_000907	TGATA	2	10	619701	619710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_000907	TAAAA	2	10	622668	622677	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_000907	TTGAA	2	10	623803	623812	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000907	GAAGC	2	10	625057	625066	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_000907	GTGTA	2	10	625525	625534	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000907	TTATT	2	10	625741	625750	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000907	AATTT	2	10	625773	625782	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_000907	AAAAC	2	10	625932	625941	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_000907	AGTCG	2	10	627173	627182	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_000907	TAGGT	2	10	627499	627508	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_000907	TCATA	2	10	629582	629591	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_000907	GAAAT	2	10	647234	647243	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000907	AATGG	2	10	654747	654756	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_000907	TTGAA	2	10	657081	657090	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000907	GAAGC	2	10	658335	658344	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_000907	AAAAC	2	10	658965	658974	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_000907	AGTCG	2	10	660206	660215	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_000907	TAGGT	2	10	660532	660541	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_000907	AAAAG	2	10	672969	672978	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_000907	GTTTG	2	10	673090	673099	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_000907	ATTTA	2	10	691454	691463	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_000907	TAAAA	2	10	693298	693307	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_000907	TATAA	2	10	702672	702681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_000907	ACTGA	2	10	703634	703643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_000907	ATTAA	2	10	712432	712441	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000907	TTTTA	2	10	713876	713885	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_000907	TTTCT	2	10	713900	713909	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_000907	TTTTA	2	10	716633	716642	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_000907	TATTC	2	10	722333	722342	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_000907	GCAAA	2	10	723277	723286	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_000907	CAAAG	2	10	723635	723644	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_000907	ACATT	2	10	723770	723779	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_000907	TTTTA	2	10	736612	736621	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000907	AATAA	2	10	737261	737270	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000907	GAAAA	2	10	764927	764936	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_000907	TTACA	2	10	767415	767424	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_000907	TTGAA	2	10	771181	771190	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_000907	GAAGC	2	10	772435	772444	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_000907	GTGTA	2	10	772903	772912	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000907	TTATT	2	10	773119	773128	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_000907	AATTT	2	10	773151	773160	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000907	AAAAC	2	10	773310	773319	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_000907	AGTCG	2	10	774551	774560	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_000907	TAGGT	2	10	774877	774886	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000907	AATTC	2	10	778630	778639	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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323	NC_000907	GTTTT	2	10	1819794	1819803	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
324	NC_000907	AAATT	2	10	1819953	1819962	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_000907	AATAA	2	10	1819985	1819994	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.